有半數居民都是能力者的城鎮咲良田市。居住在那裡的少年淺井惠，擁有能完全保持自身記憶的能力。他在同學相麻堇的介紹下，與缺乏情感的少女春埼美空相遇。春埼美空擁有最多能倒轉世界到三天前的狀態，名為“重啟”的能力。而且春埼說只要看到哭泣的人就會重啟。惠對春崎那樣的能力感興趣。然後..

倉川真理於7年前胎死腹中，跟春埼要好的倉川真理，其實是不存在的人。媽媽對於一直愛著“真理”心生倦意，便將“真理”交給“管理局”下定決心離開咲良田。知道那件事的惠，為了拿回春埼的感情跟倉川真理的幸福展開行動。

惠跟春埼成為高中生，進行服務社的活動。使用能力解決各式各樣的問題。他們自名叫村瀨陽香的少女那邊，接下讓死去的貓復活的委託。不過在這次的委託中，有許多令人納悶的地方。當他們尋求情報販子“隱藏號碼”的協助，對方卻提到神秘物品“麥高芬”的話題。

出現在惠面前的皆實未來記憶有所欠缺，那是因為“隱藏號碼”的能力吸取了她的情報，接著事件發展成殺人事件。另一方面，村瀨陽香擁有“能夠消除觸碰事物的能力”。並且她的委託另有目的，她是為了拿到“麥高芬”而接近惠他們。村瀨使用能力盯上惠跟春埼的性命。

三個月前，惠跟春埼才剛結束入學典禮，就被津島強迫加入服務社。並且把第一個委託推給他們。一位名叫世良佐和子的少女，因為能力跑進了彈珠裡。津島指示他們使用重啟，回歸到事件發生前的狀態。不過惠卻沒有重啟，而是從四處探聽世良佐和子開始。

名叫佐佐野的老人，擁有能進入照片裡世界的能力，但他表示因為“紅眼少女”而失去能力了。佐佐野為了取回能力想要“麥高芬”，然而惠說這件事“麥高芬”解決不了。惠跟春埼於是開始調查事件。另外，自稱是“魔女”的人物傳喚他們兩人到“管理局”去。

紅眼少女岡繪里，對惠抱持敵意表示要奪走春埼美空的重啟能力。岡繪里從前為家庭狀況所苦之際，是惠拯救了她。不過她如今憎恨著已經改變了的惠。受到惠拜託而進行調查的村瀨遇上了岡繪里，隨後遭到岡繪里能力的攻擊。

岡繪里使用照片的能力封住惠的行動，逼近春埼美空想奪走她的重啟能力。另一方面，“魔女”身為“沒有名字的系統”，正在進行一個計劃，佐佐野也隱瞞了能力的秘密展開行動。而想要更強大力量的岡繪里，以魔女預見未來的能力為目標，襲擊“管理局”。

2年前――惠跟春埼美空還是國中二年級的時候。在相麻堇死後，兩人變得生疏了。彼此不再去頂樓，惠也在躲著春埼。然後服務社來了委託。為了解決問題，兩人久違地碰面，不過春埼卻說用不了重啟。

4年前－－在小學6年級的暑假，惠來到了“咲良田”。在那裡第一次目睹“能力”的惠，對咲良田與能力相關的事感興趣展開調查。在那樣做的途中，惠自己的能力也開花結果了。接著“管理局”主動接觸得到了“記憶”這種能力的惠。惠在那裡遇見了自稱為“索引小姐”的女性。

惠得了感冒請假沒去學校。於是皆實未來便說著“難得有個戀愛事件”催促春埼美空去探望他。面對仍舊一副不懂情理的模樣說著“感冒跟戀愛沒有關係”的春埼，皆實提出一個迅速治好感冒的方法─“接吻能夠治好感冒！”漸漸地，春埼打算去探望惠了。

惠請求“管理局”進而開始調查“夢中世界”。那裡是持續昏睡9年的女性“片桐穗乃歌”，用持有的“能力”創造出的世界，可說是與真實的咲良田分毫不差的複製世界。惠計劃在那裡進行一個與相麻堇有關的實驗。而當惠與春埼美空進入夢中世界之後，遇見了名叫米琪兒的少女。

惠在夢世界詢問關於“野貓屋的老爺爺”的事。據說他擁有書寫“劇本的抄本”的能力。惠此時回想起從野之尾盛夏轉告他的話，有關“劇本No.407”的事。惠透過從奇爾奇爾那邊問到的情報，前往老爺爺的身邊。而另一方面相麻堇也在夢世界裡跟米琪兒見面了。

在米琪兒還是“片桐穗乃歌”的時候。她在夢世界能實現任何事，也能給予來到這裡的人任何一切。然而野貓屋的老爺爺卻告訴她“有得就有失”。另一方面“宇川沙沙音”判斷夢世界並不正確，並且表示要破壞這個世界。

在現實世界中片桐穗乃歌的病情急轉直下。她不想使用能力，因為原本所待的夢世界消失了。無法清醒的她失去夢世界便等同於自殺。另一方面，野之尾盛夏前去探望野貓屋的老爺爺，然而現實世界的他已經衰老到無法行走的狀態了。

今天是惠他們的高中校慶。惠與春埼在話劇中飾演一對戀人，但是春埼在最後一場戲中，卻無論如何都沒辦法順利笑出來。因為春埼察覺到自己對惠的心意卻無法老實承認。於是惠借助村瀨陽香和中野智樹的力量，跟春埼兩人獨處，然後——

惠記住的《劇本No.407》，上頭所寫的是大約距今40年前，咲良田成立管理局初始的一年發生的事。當時世界上還只有三名能力者，他們身為管理局最初的成員，策劃出關於咲良田與能力的未來計劃。而後“隱藏號碼”打電話來，惠得到了出乎意料的情報。

管理局開始管制危險的能力，他們使用岡繪里的能力封住能力。此時宇川沙沙音接到要她使用能力的請託，希望她故意讓能力失控，說是以那起事故為原因，會更進一步管制能力。惠預測到那件事，於是拜託村瀨陽香和野之尾盛夏協助尋找宇川的行蹤。

惠知道了管理局對策室的真正企圖。儘管擔心春埼美空，然而相麻堇卻照著她所預告的出現了。堇開始講述至今保密的種種謎團。而依照約定做了雞肉咖哩的堇。請求惠讓她沖澡，並且說：“差不多該言歸正傳了。”

宛如什麼事都沒發生的日常生活。和平的咲良田小鎮，稀鬆平常的每一天。淺井惠和相麻堇吃著午餐在學校頂樓談論將來的夢想。淺井惠回想起媽媽做的雞肉咖哩的味道。那跟昨天相麻堇做給他吃的很像。惠造訪自己出生成長的城市想跟媽媽見面，卻在那裡遇見了意想不到的人物。

協助浦地正宗作戰計劃的岡繪里，碰上了淺井惠。惠表示徹底輸給了她。接著惠替繪里帶路，前往有春埼美空那些同伴在等待的地方。宇川沙沙音也在那裡等候。而後浦地打電話進來那裡。惠把至今見過、思考過的事告訴了浦地。

由津島信太郎擔任中間人，淺井惠和浦地正宗直接進行對話。由於遭到綁架，浦地無可奈何之下只好聽聽惠的意見。另一方面，惠的同伴們各自摸索逃走路線。春埼美空信賴惠獨自一人在等待，索引小姐和加賀谷卻逼得她無路可逃。惠嘗試說服浦地，然而－－

在各人為了咲良田的未來展開行動之際，相麻堇陷入了危機。淺井惠為了拯救堇四處奔走。然後春埼美空決心協助惠。各人不同的意志、選擇與決心相互交錯，不容有錯的抉擇近在眼前――