주인공 아사이 케이는 옥상으로 와달라는 편지를 소마 스미레에게서 받는다. 옥상에 올라가니 그곳에 있던 사람은 하루키 미소라. 그러나 하루키의 「리셋」 단 한마디에 아사이 케이는 편지를 받았던 순간으로 돌아간다. 하지만 「리셋」에는 능력을 쓴 본인도 영향을 받아 기억을 잃게 된다는 결점이 있었다. 하지만 어떤 것이라도 절대로 잊지 않는 「기억보유」능력을 가진 케이는 리셋의 영향을 받지 않았는데.

하루키와 친해진 쿠라카와 마리는 원래라면 7년 전에 사망해 존재하지 않는 인간이었다. 어머니는 마리를 더이상 사랑할 수 없게 되자 마리를 관리국에 맡기고선 사쿠라다를 떠날 것을 결심하고 있었다. 그것을 알게 된 케이는 하루키의 감정과 마리의 행복을 되돌려놓기 위해 행동을 개시한다.

케이의 앞에 나타난 미나미는 아무것도 기억을 하지 못하는데 그 이유는 비통지군에게 정보를 빨렸기 때문이었다. 한편 무라세 요카는 언급한 것을 없애는 능력을 갖고 있었고 그 능력을 사용해 케이와 하루키의 목숨을 노리는데.

3개월 전, 입학식을 막 마친 케이와 하루키에게 츠시마는 봉사 클럽에 입부할 것을 제안 한다. 케이와 하루키에게 처음 맡겨진 의뢰는 세라 사와코라는 소녀가 능력으로 유리구슬 속으로 들어가버린 사건이었다. 리셋을 사용해 사건이 일어나기 전의 상태로 돌릴 것을 지시 받지만 케이는 리셋을 사용하기 전에 세라 사와코에게서 이야기를 들으며 조사 하는데.

사사노 히로유키라는 노인은 사진 속으로 들어갈 수 있는 능력을 갖고 있다. 하지만 빨간 눈의 소녀에게서 능력을 봉인 당하게 된다. 능력을 되찾기 위해 맥거핀을 양보해줬으면 한다는 요청에 케이는 맥거핀으로는 문제를 해결할 수 없다고 거절한다. 사건 조사를 시작한 케이와 하루키지만 두 사람은 마녀의 부름을 받아 관리국에 가게 되었는데.

빨간 눈의 소녀, 오카 에리는 케이에게 적대심을 갖고, 하루키의 리셋 능력을 빼앗겠다고 말한다. 오카 에리는 예전에 가족사정으로 고통스러워하고 있을 때, 도와준 케이를 동경했지만 그 때와 달라져버린 지금의 케이를 미워하고 있다. 케이의 부탁으로 조사를 하고 있던 무라세는 오카 에리와 마주치고, 공격을 당하는데.

사진의 능력을 사용해 케이의 행동을 봉해버린 오카 에리는 리셋능력을 빼앗으려 하루키에게 다가간다. 한편, 마녀는 또 하나의 계획을 준비하고 있었는데.

2년전 케이와 하루키가 아직 중학교 2학년이었던 그 시절. 소마 스미레가 죽은 후, 두 사람의 사이는 소원해졌다. 케이도 더이상 옥상에 올라가지 않고 하루키를 피했다. 그 때, 봉사클럽에서 의뢰가 들어온다. 문제를 해결하기 위해 두 사람은 오랜만에 만나게 되지만 하루키는 리셋을 쓸 수 없게 되었다고 말하는데.

4년전, 초등학교 6학년 때의 여름방학. 케이는 사쿠라다에 오게 된다. 그리고 처음 능력이란 것을 본 케이는 사쿠라다와 능력에 대해 흥미가 생겨 조사를 시작한다. 그러던 중 자신에게도 능력이 생긴 것을 깨달은 케이에게 관리국에서 사람이 찾아오게 되는데.

케이의 조언대로 친구를 만들기 위해 행동에 나선 하루키. 한편, 케이가 감기에 걸려 학교에 나오지 않았다. 병문안을 갈지 말지 고민하던 하루키에게 미나미는 단연코 갈 것을 제안하는데. 그리고 미나미가 알려준 감기가 빨리 낫는 방법은?

관리국에 먼저 부탁해 꿈의 세계에 대해 조사하게 된 케이. 그곳은 카타기리 호노카라는 9년간 혼수상태에 빠져있던 소녀의 능력으로 만든 세계로, 현실 세계와 똑같은 세계였다. 사실 케이는 그곳에서 소마 스미레에 대한 하나의 실험을 계획하고 있었다. 그리고 하루키와 함께 꿈의 세계로 들어가자 미치르라는 소녀와 만나게 되는데.

꿈의 세계에서 케이는 ‘시나리오의 사본’ 능력을 쓸 수 있는 ‘길고양이 저택의 할아버지’에 대해 듣게 된다. 노노오가 이야기 했던 ‘시나리오 NO.407’을 기억해낸 케이는 치르치르로부터 들은 정보를 따라 길고양이 저택의 할아버지에게 향하는데… 한편 그 무렵, 꿈 속의 세계에선 미치르와 스미레가 만나고 있었다.

미치르가 아직 카타기리 호노카였던 시절, 꿈의 세계에서는 모든 게 가능해 그곳에 온 사람에게 무엇이든 부여하는 것이 가능했다. 하지만 길고양이 저택의 할아버지는 부여가 되면서 잃는 것도 있다는 말을 던진다. 우카와 사사네는 꿈의 세계가 올바르지 않다고 판단해 세계를 수정하겠다고 하는데.

현실세계의 카타기리 호노카의 병세가 급격하게 악화되었다. 꿈의 세계에 대한 의미를 잃고 더 이상 능력을 사용하는 것을 원치 않았기 때문이다. 하지만 카타기리 호노카에게 있어 꿈의 세계를 잃는 것은 자살과도 같은 것이었는데.

오늘은 고등학교 문화제 날. 케이와 하루키는 연극에서 연인 역할을 연기하게 되었지만 어떻게 해도 하루키는 마지막 장면의 미소를 계속 실패하기만 한다. 한편 케이는 무라세와 토모키의 힘을 빌려 하루키와 단둘이 있게 되는데.

시나리오 No.407을 기억하고 있는 케이. 그것에 써있던 것은 지금으로부터 약 40년 전, 사쿠라다시에 관리국이 만들어지기까지 1년간의 일이었다. 세계는 아직 능력자가 3명밖에 없었고, 관리국의 초기 멤버가 될 그들은 사쿠라다의 미래에 관해 계획을 세우고 있었다. 한편, 비통지 군의 연락을 받은 케이는 생각지 못한 정보를 얻게 되는데.

관리국은 오카 에리의 능력으로 위험하다고 판단한 능력들에 제한을 걸기 시작한다. 그리고 우카와 사사네는 무의식적으로 능력을 폭발시킨 것처럼 능력을 사용하라는 츠시마의 제안을 받아들인다. 그 사고를 이용해 의도적으로 능력을 없애려는 계획을 예측한 케이는 무라세 요카와 노노오 세이카에게 협력을 구해 우카와의 행방을 찾는데.

관리국 대책실의 숨겨진 진짜 의도를 알게된 아사이 케이. 하루키의 신변을 걱정하는 케이에게 예고대로 소마 스미레가 찾아온다. 스미레는 여태 비밀로 해왔던 여러 이야기를 하면서 약속대로 치킨 카레를 만든다. 그리곤 슬슬 본론으로 들어가자며 케이에게 욕실을 빌려도 되냐고 묻는데.

아무 일도 없었단 듯이 흘러가는 일상, 평화로운 사쿠라다. 항상 그랬듯이 학교 옥상에서 점심을 먹으며 장래의 꿈에 대한 이야기를 한다. 아사이 케이는 어머니가 만든 치킨카레의 맛을 기억한다. 그건 어제 소마 스미레가 만든 카레의 맛과 비슷하다. 케이는 어머니를 만나기 위해 태어나고 자란 마을로 향하고, 거기서 생각지 못한 인물과 만나게 되는데.

계획 진행에 대한 의심을 품은 우라치 마사무네. 우라치는 색인 씨, 카가야와 함께 케이 및 그의 관계자를 노리며 행동을 개시한다. 한편 케이는 스미레로부터 위임 받은 마지막 한 가지, 최후의 수단으로 스미레의 행방을 찾는데.

우라치 마사무네의 작전에 가담하고 있던 오카 에리를 불러내 만난 케이는 자신의 패배를 선언한다. 그리고 오카 에리를 하루키 일행이 기다리고 있는 장소로 안내하자 그곳엔 우카와 사사네도 자리하고 있었다. 그때, 우라치에게서 연락을 받게 된 케이는 그에게 자신의 생각을 털어놓는데.

우라치 마사무네의 편에 서려던 츠시마는 스스로를 인질로 삼는 케이의 행동에 결국 케이의 공범자가 되었다. 그리고 케이는 완고한 우라치를 설득하려 하는데. 한편, 도망갈 길을 찾는 케이의 동료들. 하지만 하루키는 색인 씨와 카가야에게 포위당하게 되는데.

사쿠라다의 미래를 위해 각자 분주하게 움직이던 중 위기에 빠진 소마 스미레. 그런 소마 스미레를 구하기 위해 아사이 케이는 하루키 미소라에게 도움을 요청하고 하루키는 평소와는 달리, 한 가지 조건을 내거는데.