Shaun ha proposto un trattamento per un senzatetto che mette lui e il dott. Kalu nel mirino del Dr. Andrews. Nel frattempo Claire cerca di superare la riluttanza del dottor Melendez nel fare un’operazione cardiaca rischiosa. Infine Dr. Glassman affronta una decisione difficile sulla sua salute.

Mentre Shaun si scaglia contro il dottor Melendez per curare un custode gravemente malato, il dottor Lim rischia una causa per riparare la circoncisione rituale di una ragazza adolescente. Il Dr. Glassman esercita una supervisione impegnativa nella scelta di un medico per il suo intervento al cervello

Il Dr. Melendez, il Dr. Brown e il Dr. Park hanno dato a una giovane coppia sposata due scelte riguardo al loro futuro: salvare la vita della moglie o la sua futura capacità di creare una famiglia. Nel frattempo, quando il Dr. Lim deve occuparsi di alcuni affari personali, lascia la supervisione del pronto soccorso al Dr. Murphy e al Dr. Reznick; mentre la guarigione post-operatoria del dottor Glassman lo fa lottare per ottenere il riposo di cui ha bisogno per il recupero e anche per affrontare il suo rapporto con sua figlia.

Quando un paziente che soffre di anoressia non riesce a guadagnare il peso necessario per sopravvivere a un'operazione al cuore, Claire suggerisce di eseguire un intervento sperimentale a cui Melendez si oppone fermamente. Shaun teme che il rifiuto di Glassman di camminare sul pavimento dell'ospedale gli impedirà di essere dimesso e cerca di convincerlo a deambulare. Nel frattempo, Shaun e Lea cambiano i termini della loro attuale relazione

L'indecisione di Morgan e Shaun su come trattare una giovane violinista che visita il pronto soccorso con un dito infetto potrebbe influenzare il suo futuro in più di un modo. Nel frattempo, Lim, Claire e Park non riescono a capire se il loro giovane paziente è davvero malato o cerca attenzione.

Il dottor Shaun Murphy e il dottor Morgan Reznick devono confrontarsi con due fratelli che si contendono la vita e la morte. Nel frattempo, l'amica della dottoressa Claire Brown che sta morendo di cancro le chiede qualcosa che lei non pensa di poterle dare; e il dottor Aaron Glassman sta affrontando gli effetti del suo trattamento.

Il dottor Shaun Murphy, la dottoressa Audrey Lim e la dottoressa Claire Brown sono costretti a rivelare un segreto al marito dopo che il loro trattamento ha causato una complicazione. Nel frattempo, il dottor Neil Melendez, il dottor Morgan Reznick e il dottor Alex Park lottano con un paziente i cui genitori non credono nelle vaccinazioni.

Il dottor Neil Melendez, il dottor Morgan Reznick e la dottoressa Claire Brown sono alle prese con il desiderio di un paziente di eseguire un'operazione che gli impedirebbe di agire sui suoi impulsi pedofili; e il dottor Shaun Murphy impara una lezione di empatia.

Il Dr. Shaun Murphy e il Dr. Alex Park trattano due pazienti che collassano all'aeroporto locale e i cui sintomi indicano un'infezione che può essere trasmessa per via aerea. Il personale corre per contenere l'infezione prima che si diffonda al resto dei pazienti del pronto soccorso, con conseguente quarantena dell'ospedale durante le vacanze.

L'ospedale è ancora in quarantena mentre il dottor Shaun Murphy continua ad essere sopraffatto dal caos e dal rumore del pronto soccorso; il dottor Morgan Reznick lotta per mantenere in vita i suoi pazienti, e la dottoressa Audrey Lim combatte per la sua vita. Nel frattempo, il dottor Neil Melendez e la dottoressa Claire Browne devono trovare un modo per completare il trapianto di midollo osseo del loro paziente, nonostante la quarantena.

All'indomani della quarantena, lo staff cerca di tornare alla sua normale routine. Nel frattempo, mentre la dottoressa Lim si riprende dal virus, lei e il dottor Melendez navigano nella loro nuova relazione personale e lavorativa, mentre il dottor Murphy e il dottor Glassman visitano Lea.

Il dottor Shaun Murphy, il dottor Morgan Reznick e la dottoressa Audrey Lim curano una donna affetta da autismo e con una delicata patologia cerebrale mentre navigano nella complicata relazione che ha con la sua compagna di stanza, anche lei nello spettro. Nel frattempo, Lea e Shaun stanno ancora cercando di capire la loro amicizia e lo status di coinquilini.

Il dottor Andrews cerca di convincere una famiglia in lutto a donare il volto della loro figlia adolescente a un'altra ragazza il cui volto è stato orribilmente sfigurato in un incidente.

La schietta onestà di Shaun con una madre sconvolta di un neonato gravemente malato fa sì che il nuovo capo di chirurgia metta in discussione il suo mantenimento come specializzando.

Il nuovo capo di chirurgia, il dottor Jackson Han, crede che il dottor Shaun Murphy sia un peso più che una risorsa e lavora per tenerlo fuori dalla sala operatoria in modo permanente.

Il dottor Shaun Murphy vuole disperatamente unirsi alla squadra per una procedura pericolosa che riguarda la rimozione del tumore di un paziente. Tuttavia, essendo stato rimosso dal team di chirurgia dal dottor Jackson Han, Shaun deve usare i suoi talenti per aiutare a capire la causa delle ferite di un neonato.

Mentre una rissa da bar manda il dottor Shaun Murphy a cercare un trattamento al St. Bonaventure, il dottor Alex Park e la dottoressa Audrey Lim non sono d'accordo sui sintomi post-operatori di un'anziana donna. Nel frattempo, il dottor Neil Melendez e la dottoressa Lim rendono pubblica la loro storia d'amore, e il dottor Aaron Glassman continua a perseguire una relazione con un buon amico.