Désormais président de l’hôpital, le docteur Andrews prend ses marques et assoit son autorité. Pendant ce temps, Jared accompagne Shaun pour soigner des sans-abris, afin d’apprendre à mieux communiquer avec les patients.

Shaun tente de convaincre le docteur Melendez de lui permettre de soigner Paul, le concierge de l’hôpital, qu'il soupçonne d'être gravement malade. Côté vie privée, le retour inattendu de Lea dans sa vie le pousse à s'interroger sur ses sentiments.

En l’absence du docteur Lim, Shaun et Morgan ont la responsabilité du service des urgences. Dans le même temps, Claire et Alex assistent le docteur Melendez sur l’opération d’une patiente atteinte d’endométriose.

Grâce aux souvenirs de son passé, Shaun aide un adolescente atteinte de déficience intellectuelle, tandis que Claire se retrouve au milieu d’un conflit entre une jeune fille blessée et ses parents inquiets. En parallèle, les hallucinations de Glassman l’obligent à faire face à une tragédie personnelle.

Tandis qu'une patiente souffrant d'anorexie n’arrive pas reprendre le poids nécessaire pour subir une opération du coeur, Claire suggère une opération expérimentale à laquelle Melendez s'oppose fermement. De son côté, Shaun fait tout son possible pour que Glassman se remette à marcher.

L’indécision de Shaun et Morgan sur le traitement d’une violoniste pourrait avoir de lourdes conséquences sur l’avenir de la jeune femme. Pendant ce temps, Lim, Claire et Park ne savent pas si l’un de leur patient est vraiment malade ou si il cherche seulement à attirer l’attention.

Shaun et Morgan essayent de traiter un patient grâce à l’aide du frère de ce dernier. De son côté, Claire demande de l’aide au Dr Melendez pour soigner une amie mourante, et Glassman fait face aux effets de son traitement.

La patiente des docteurs Murphy, Lim et Brown est obligée de révéler un secret à son mari après que son traitement a entraîné une complication. En parallèle, Melendez, Reznick et Park ont des difficultés avec les parents d’un patient qui ne croient pas en la vaccination.

Les docteurs Melendez, Reznick et Brown s'attachent au souhait d'un patient de subir une opération qui l'empêcherait de donner suite à ses pulsions pédophiles. De son côté, Shaun reçoit une leçon d'empathie.

Shaun Murphy et Audrey Lim traitent deux patients qui se sont effondrés à l'aéroport et dont les symptômes laissent présager une infection susceptible de se transmettre dans l’air. Le personnel de l’hôpital s'efforce alors de contenir l'infection avant qu'elle ne se propage au reste des patients des urgences.

Alors que l’hôpital est toujours en quarantaine, le Dr Murphy continue d’être submergé par le chaos qui règne dans la salle d’urgence. De son côté, le Dr Reznick fait son possible pour garder ses patients en vie, et le Dr Lim se bat pour sa vie.

Au lendemain de la quarantaine, tandis que le personnel de l’hôpital tente de reprendre ses activités habituelles, le Département de la santé publique décide de faire un compte rendu de ce qu’il s’est passé pour rétablir la confiance. Tout en se remettant du virus qui l’a affectée, le Dr Lim et le Dr Melendez cherchent à trouver un équilibre en leur relation personnelle et professionnelle. Pendant ce temps, le Dr Murphy et le Dr Glassman, qui essaient de se détendre, rendent visite à Lea au travail.

Le docteur Glassman tente de minimiser les effets néfastes de la chimiothérapie sur son organisme en présence de Shaun. Une patiente atteinte d'autisme souffre d'une maladie cérébrale. Les médecins vont devoir gérer, simultanément, la relation complexe qu'elle entretient avec son colocataire, lui aussi atteint de TSA (Trouble du Spectre de l'Autisme). Léa ayant un nouveau copain, la cohabitation avec Shaun devient compliquée...

Le Dr Andrews tente de convaincre une mère endeuillée de donner le visage de sa fille à une adolescente défigurée depuis un terrible accident de voiture. Shaun se lance dans une expérimentaiton aux côtés du Dr Glassman...

Nigel et Diane sont les parents d'une petite fille née avec une anomalie congénitale. Le bébé a besoin d'une opération de toute urgence. Est-ce que les parents vont accepter cette opération qui peut mettre plus rapidement en péril l'existence de la fillette ? Face à ce cas, l'honnêteté absolue de Shaun provoque la colère du nouveau chef du département de chirurgie qui veut le garder comme simple résident.

Le nouveau chef du service de chirurgie, le docteur Jackson Han estime que le docteur Shaun Murphy est une faiblesse plus qu’un atout au bloc. Il s'efforce de le maintenir hors de la salle d’opération de façon permanente.

Le docteur Shaun Murphy est désespéré de ne pas pouvoir participer au retrait d'une tumeur d'un patient après la prise de décision du docteur Jackson Han de l'écarter de l'équipe de chirurgie. Murphy doit alors mettre en avant ses compétences afin de découvrir la cause des blessures d'un nourrisson.

Victime d'une bagarre dans un bar, le docteur Shaun Murphy doit aller se faire soigner à Saint-Bonaventure. Au même moment, Alex Park et Audrey Lim sont en désaccord à propos des symptômes postopératoires d’une femme âgée. Quant aux docteurs Neil Melendez et Lim, ils assument au grand jour leur histoire d'amour.