Le vicende di Fate/Apocrypha si sviluppano in un universo alternativo alla serie principale Fate/stay night, dove gli Einzbern non hanno mai evocato Angra Mainyu e come tale non hanno mai corrotto il Santo Graal, modificando le cronache della terza Guerra.

Nel corso della terza Guerra del Santo Graal tenutasi durante la seconda guerra mondiale, un mago approfitta del caos per rubare un Graal. Dopo alcuni decenni, la famiglia Yggmillennia, che utilizzava l'artefatto trafugato come suo simbolo, proclama la sua indipendenza dall'Associazione dei Maghi. Furiosa, l'associazione invia le sue forze a combattere la famiglia, ma vengono sconfitte dai servant evocati da quest'ultima. Il sistema della Guerra del Santo Graal subisce così un cambiamento radicale, configurandosi come un confronto tra due squadre di sette servant: inizia la Grande Guerra del Graal.