Tôya Mochizuki, un adolescent japonais sans histoire, se retrouve face à Dieu. Le jeune garçon est mort par sa faute et a donc le droit d’être réincarné dans un nouveau monde, avec son smartphone. Tôya devra alors apprendre à vivre dans un monde fantastique, bien différent du sien.

Tôya, Else et Linse sont en pleine quête et doivent se rendre à la capitale. Sur leur chemin, ils feront d’abord la rencontre de Yae, samouraï de talent, puis viendront au secours de Soucie, une jeune fille issue de la noblesse.

Tôya fait découvrir le shôgi à certains villageois et au duc. Toujours à la capitale royale, le petit groupe décide de se lancer dans une quête qui les mène vers des ruines souterraines, là où se trouvait jadis l’ancienne capitale.

Le duc Alfred demande à Tôya de sauver son frère, le roi, qui a été empoisonné. Le jeune prodige mènera ensuite son enquête pour trouver le coupable. Par ailleurs, la princesse Yumina s’éprend de Tôya et rejoint alors la bande.

La petite troupe part enquêter sur une bande de slimes terrés dans un château avec le savant un peu fou qui les a créés. Ensuite, Tôya aide Linse à ajouter une corde à son arc.

Tôya a réussi à échapper au titre de noblesse, mais c’est pour se retrouver avec un manoir dix fois trop grand pour lui. Là-dessus, le duc le charge d’une nouvelle mission : il doit se rendre à Mismede avec une imposante escorte. Mais le voyage ne se déroule pas comme prévu.

Tôya, enfin de retour dans son manoir, compte bien se reposer de toutes ses aventures. Néanmoins, il ne reste pas les bras croisés : il fabrique des vélos pour toutes ses amies, permet à un amour naissant d’éclore et sauve quelqu’un.

Le groupe se téléporte en Eashen et se rend à Oedo, la ville natale de Yae. Sur place, Tôya et sa bande apprendront qu’un conflit armé est en cours, dans lequel sont mêlés le père et le frère de Yae…

À la recherche des vestiges, toute la bande se retrouve à la plage. Tôya et ses camarades profitent d’un peu de bon temps avant de reprendre les investigations.

Tôya découvre les jardins de Babylone ainsi qu’une étrange demoiselle, Francesca, qui le testera… Pendant ce temps, les autres filles se rendent compte des sentiments qu’elles éprouvent à l’égard de Tôya.

Tôya est perdu et ne sait plus quoi faire ! Toutes les filles veulent se marier avec lui ! Le jeune garçon va devoir prendre des décisions et fera alors appel à une personne en particulier pour l’éclairer dans ses choix…