綾小路清隆進入了號稱就業率、升學率百分之百的升學高中「東京都高度育成高級中學」就讀，但他所屬的1年D班卻全都是一些問題兒童，完全不像是一所升學高中的班級。而且，學校一個月給學生等同於現金10萬元的點數，課堂上聊天、睡覺、打混摸魚也全都不管，採取放任主義。學生們過著自甘墮落的生活，但也有人感覺到異常，那就是徹底不想與人交流，完全孤單一個人的美少女，堀北鈴音。她發現學校明明給學生一大筆錢，校園內卻準備了很多「救助窮困者的措施」。而一個月後，綾小路、堀北和D班的學生，終於知道整個學校體系的真相……

A到D班是根據學生的能力來分班，而D班是聚集了被稱為「瑕疵品」的落後班級。因為他們入學之後的一個月，都過著自甘墮落的生活，所以學校對他們的評價完全掉到低谷，每個月應該可以拿到的十萬點數也完全一筆勾銷了。老師告訴他們，他們不但被迫要過極度貧困的生活，而且接下來的考試只要一不及格，他們就會被退學，D班整個議論紛紛。在這當中，堀北無法理解為什麼自己會被分到D班，而訂下了目標，要讓D班升格為A班。綾小路迫於情勢而幫助她，他們第一個面臨的問題是，即將要舉行期中考，他們要努力不要讓任何人不及格。

雖然成績不好的學生很多，但D班還是與學校所預料的相反，在期中考考出了高分。而這考試的結果背後，是堀北她們拚命努力，以及綾小路在暗中謀劃而來的。然而，成績最差的須藤，卻因為一分之差而不及格。「須藤健，你要退學。」班導師茶柱冰冷無情地如此說。期中考的分數已經公佈，校方也已做出結論，為了改變這個結果，綾小路使出的最後一手是……？而在期中考的混亂情況中，綾小路卻意外地親眼目賭了班上的偶像—櫛田桔梗不為人知的一面。

期中考結束，D班總算拿到了很少的點數。當班上同學正歡慶自己終於脫離極度貧困的生活時，卻又出現新的問題，說須藤對C班的同學施暴。雖然他強調那是正當防衛，但學校還是決定要學生會的見證下，進行審查會議，根據審查結果，D班有可能會被扣除點數。綾小路和D班的人為了尋找證據，證明他是正當防衛而努力奔走。綾小路因為某件事，與B班的領袖—少女一之瀨帆波結下了互相合作的關係。一之瀨推測，在這件暴力事件的背後，是C班的領袖龍園翔在暗中搞鬼，從這件事可以看出C班與D班的班級之爭。

D班的學生佐倉愛裡可能是事件的目擊者，只有她能證明須藤是正當防衛，但佐倉不知為何，卻拒絕在審查會議上幫忙作證。就算是最擅長和別人建立良好關係的櫛田，也沒辦法打開佐倉關閉的心門。結果，綾小路他們還沒讓她答應幫忙，就來到了審查會議當中。D班與C班爭論不休的審查會議上，堀北鈴音的哥哥，也就是學生會長堀北學也前來與會，負責幫須藤辯護的鈴音，因為學的到來而萎靡不振，完全沒辦法說話。審查會議朝對C班有利的方向發展，D班被逼到了絕境，這時綾小路的手卻伸向堀北的腹側……

儘管這次審議無疾而終，但佐倉的證言優勢很大，如果擇日再審絕對能徹底翻盤。為了鞏固佐倉的努力，綾小路和堀北又一次前往暴行事件發生的地點，試圖尋找更多證據。另一邊，佐倉的周圍突然出現了某個神秘的黑影，這個跟蹤狂非常鍾愛佐倉以「雫」為藝名拍攝的偶像寫真，甚至還對她伸出了魔掌？！在失去了重要的證人後，這次綾小路和堀北又將面臨什麼困境？！

波濤洶湧的第一學期結束，學校進入了暑假。強調完全不需要朋友的孤獨少女堀北鈴音，暑假期間完全沒跟任何人見面，每天都在讀書與用功。某一天，綾小路打電話約她：「跟D班的男生女生一起去游泳池玩吧！」原本照正常來說，堀北必定會拒絕，結果卻因為「某個原因」答應了綾小路的邀約。另一方面，這時以D班的池同學為中心，那些男生好像擬定了什麼可疑的計畫。而前去游泳地的當天，他們遇到B班的一之瀨等人，開始一同享受沙灘排球等各種娛樂。在那當中，D班的男生在暗中活躍，卻沒想到阪柳與龍園等其他班級的領袖，也來到了游泳池……

1年級的暑假學校舉辦活動，帶學生們到南方的島嶼渡假。帶他們前往島上搭的也是超級豪華郵輪，船內餐廳的菜色一應俱全，所有的休閒設施都可以免費使用。D班的學生第一學期在不及格就要退學的嚴格規定下，被迫過著沒有任何點數的超窮生活，現在終於可以鬆一口氣，享受假期。然而，A班的葛城康平用冷淡的視看著這樣他們，葛城與阪柳有棲同樣都是受到A班學生支持的領導人物，現在阪柳因為身體不適而無法參加活動，因此A班完全由葛城統率。另一方面，C班的少女伊吹為了反抗龍園的獨裁而引起的騷動，也將為這假期帶來一場風波……？

原以為是渡假到南方的島嶼旅行，結果那卻是學校所策畫的特別考試，所有學生要在既定的規則下，在無人島生活一週。主要的規定是「給各班300點，能用這些點數購買物品」「佔領島內的特定據點能獲得點數」「各班決定一位領袖，說中別班的領袖，就可以得到點數」等……。根據這個考試的成績，各班所擁有的班級點數將會巨幅增減。A到C班在理解考試內容之後，就迅速展開行動。不過，D班的學生卻因為不習慣無人島生活而感到困惑，無法決定行動方針，散發陰暗的氣氣。

特別考試的第一天結束，D班的學生終於團結一致，形成互相合作繼續過著無人島生活的狀態。在這當中，綾小路與堀北開始調查其他班及是如何面對這個考試。B班的一之瀨他們，運用高團結力，在有效節約的同時，享受著無人島的生活。A班的葛城他們則是以一座洞窟作為紮營的基地，完全不讓人看到內部情況。然而，最難理解的是龍園所率領的C班，龍園嘲笑別班為了在考試中獲勝而努力節約點數，並一舉將所有點數浪費掉，大肆玩樂。堀北認為這是自取滅亡的行為，但是……？

特別考試開始到了第五天，D班女學生的內褲被偷，雖然行李檢查跟搜身都一無所獲，但D班的男學生與女學生之間還是出現裂痕，女生要求要與男生分開住，請男生將帳篷移開。然而，一波未平一波又起，偷內褲事件尚未平息，D班的營區竟然起火，女生們懷疑是內褲賊為了轉移其他人的焦點而縱火，男女雙方的裂痕加大，但沒想到除了這件事以外，在暗地裡也發生了一件足以讓D班動搖的大事……

堀北鈴音判斷偷走鑰匙卡的人是伊吹，而冒雨追趕逃走的伊吹，兩人大打一架，但鈴音也因為病況更嚴重，不得不面臨淘汰出局，回船上休養的情況。而考試的最後一天終於到來，葛城已經算好A班和其他班最後能得到的點數，準備迎接最終的勝利，然而考試的結果公佈之後，真的能他所預料嗎？

無人島的考試結束後，綾小路清隆他們1年D班的學生在豪華客輪上享受著暑假。然而這只是短暫的休息，新的考試很快就展開。綾小路和輕井澤惠等人被叫到同一個房間，接受考試說明。沒想到這次考試完全跳脫班級框架…

「思考」考試的第一天結束。就在綾小路和平田等人為了打破膠著狀況而聚在一起討論時，他們的手機收到一封郵件。堀北看到郵件內容後，深感不悅。另一方面，綾小路覺得輕井澤的行動有異，向堀北打探她的情報…

綾小路意外目擊到C班女生霸凌輕井澤。幸田本想衝出去阻止，卻被綾小路阻止。綾小路看見輕井澤的反應，似乎有什麼想法…

第二學期展開，進入運動會準備期間。由於比賽成績無論好壞，都會影響下次筆試分數，學生們明顯慌亂不已。加上分組方式獨特，又讓學生自己挑選參賽者，壓在學生們身上的壓力也非比尋常地大……

綾小路對櫛田產生疑慮。他以偵查別班為名目，把櫛田約出來跟堀北見面。此時堀北採取了出乎意料的行動。運動會當天，由於堀北和須藤大顯身手，紅隊在序盤就取得優勢，但綾小路卻只是冷眼看待一切。

須藤與D班同學起衝突，就這麼憤而離去。追上他的人，是堀北。堀北叫住須藤，試圖與他溝通。儘管受到須藤強烈反彈，還是很有耐心地面對他。

學生會長交接儀式結束後，綾小路被佐藤叫過去。此時期中考的結果公佈，D班成功達成無人退學的目標。但茶柱卻說重頭戲是被視為期末考的特別考試，通稱「Paper shuffle」。

D班召開應付 Paper shuffle 的讀書會，綾小路被分配到以幸村為中心的小組。同組的長谷部、三宅這對搭檔，他們擅長的科目和不擅長的科目都相同，根據考試題目，可能兩人會一起完蛋。但綾小路卻說有辦法可以找出出題傾向……

在 Paper shuffle 的檯面下，展開了櫛田和堀北以退學為賭注的競賽。另一方面，龍園出現在正參加著讀書會的綾小路面前，詢問自己傳送出的郵件，但…

聖誕節即將到來，學生們顯得較為浮躁。輕井澤也是其中一人，享受著街上的聖誕節氣氛。但當她放學後和佐藤一起走時，卻發現有C班的人在跟蹤她。而且綾小路在讀書會時，也受到別人監視…

輕井澤和綾小路的關係突然解除，完全失去和他的交集後，輕井澤的心慌表露無遺。此時，正當D班討論著往後的方針，龍園他們C班的人狂妄地現身。

龍園為了揪出幕後主使的真面目，囚禁輕井澤，對她施壓。被霸凌的記憶重回輕井澤的腦海——為了將輕井澤逼至絕境，龍園更挑明了幕後主使根本是在利用她。即使如此，輕井澤還是繼續隱瞞幕後主使的真實身分其實是綾小路。

經過這次事件，輕井澤開始察覺自己內心有了巨大變化。此時，佐藤來找她商量聖誕節和綾小路約會的細節。輕井澤抱著複雜的心思，努力認真回應佐藤，但……

時間來到第三學期，綾小路等人從D班升上C班，準備開始面對全學年共同進行的特別考試「混合合宿」。這場特別考試要和以前彼此敵對的其他班級組隊，可以預料一定會有摩擦。但這場考試又有一條規定，要是分數低於標準，有人就必須退學⋯⋯

石崎不肯配合，總愛唱反調，高圓寺又我行我素，綾小路他們這組有這些人，擔任負責人的幸村無法順利整合大家，小組氣氛始終很差。另一方面，綾小路開始行動，想從特定學生口中獲得情報。這時候，小組因為A班的橋本所說的話，開始產生變化 ──

輕井澤和平田分手了 ── 當C班熱烈討論此事，山內被A班的坂柳叫出去。山內喜不自勝，並未聽進堀北警告那是「陷阱」。另一方面，綾小路從堀北口中得知一之瀨身邊有莫名的謠言。

情人節當天，C班的男生們熱烈討論能否收到巧克力的話題。在這樣的情況下，輕井澤被綾小路叫出來，顯得坐立難安。但當兩人在約好的地方討論事情，有個出乎意料的人出現⋯⋯

在佈告欄放出謠言的人，是受到坂柳命令的橋本 ── 石崎和伊吹認定是他，但沒有證據，無法繼續深究。此時，綾小路他們聽說坂柳帶著A班的人，闖入B班。坂柳宣稱握有一之瀨那些謠言的證據，面對她，始終對謠言保持消極態度的一之瀨會⋯⋯

C班的期末考成績全班都及格了。當教室中飄蕩著安心的氣氛，茶柱忽然宣布要進行追加的特別考試「班級投票」。考試內容是要在班上選出三名「值得讚美的人」和三名「該被批判的人」，然後進行投票，選出第一名和最後一名，是個極為單純的考試，但是⋯⋯

自從「班級投票」公布後，C班便籠罩著不安穩的氣氛。此時，綾小路從2年A班的朝比奈口中聽聞一之瀨去委託南雲學生會長幫忙。之後，擔心班上同學的平田也找綾小路商量拯救全班同學的辦法。

堀北與哥哥學談過後，提出山內必須在這次特別考試被退學。因為山內至今不只對班級的貢獻度極低，還集中批評票，要讓綾小路退學。更有甚者，在他背後操控的人，還是A班的領袖坂柳。但平田不認同有人要被退學，反對堀北的意見，使得情況混亂到極點。

基於「班級投票」的結果，C班出現首名退學者。坂柳表示，這次的特別考試是為了讓綾小路退學的舞台。這時候，自稱是代理理事長的月城出現在綾小路和坂柳面前。月城是綾小路的父親送進校園的人。知道此人的存在後，綾小路向坂柳提出要在下次考試決勝負。

C班為了應付特別考試，想了各種策略。但每一種策略都缺少決定性要素。綾小路認同堀北想出的方案，但另一方面，平田始終糾結「班級投票」的結果，不願提供幫助。平田甚至冷落替他擔心的小美，最後綾小路上前與他攀談。

平田重新振作後，全班團結一致，綾小路VS坂柳的年度最終特別考試終於開始。第一戰選上的是「籃球」。C班雖善戰，但這很正常，因為A班放水了。儘管須藤在中途被換上場，坂柳卻認為只要動搖他的心神，他就會失常⋯⋯

最終特別考試的結果，綾小路他們可惜輸給了A班，又被降到D班。但是同學們經過這一年，已經確實成長。尤其堀北學會傾聽其他同學的意見，而且基於總有一天必須打敗B班的理由，要求一之瀨解除合作關係，展現出身為領袖的成長。

時間來到春假。椎名以討論書本內容為名，將綾小路叫出去。另一方面，神崎出現在和橋本密會的龍園面前。儘管班級在特別考試敗北，神崎面對龍園卻毫不退縮。在升上二年級的前夕，學生之間的人際關係在這一年當中，已經產生了變化。