綾小路清隆進入了號稱就業率、升學率百分之百的升學高中「東京都高度育成高級中學」就讀，但他所屬的1年D班卻全都是一些問題兒童，完全不像是一所升學高中的班級。而且，學校一個月給學生等同於現金10萬元的點數，課堂上聊天、睡覺、打混摸魚也全都不管，採取放任主義。學生們過著自甘墮落的生活，但也有人感覺到異常，那就是徹底不想與人交流，完全孤單一個人的美少女，堀北鈴音。她發現學校明明給學生一大筆錢，校園內卻準備了很多「救助窮困者的措施」。而一個月後，綾小路、堀北和D班的學生，終於知道整個學校體系的真相……

A到D班是根據學生的能力來分班，而D班是聚集了被稱為「瑕疵品」的落後班級。因為他們入學之後的一個月，都過著自甘墮落的生活，所以學校對他們的評價完全掉到低谷，每個月應該可以拿到的十萬點數也完全一筆勾銷了。老師告訴他們，他們不但被迫要過極度貧困的生活，而且接下來的考試只要一不及格，他們就會被退學，D班整個議論紛紛。在這當中，堀北無法理解為什麼自己會被分到D班，而訂下了目標，要讓D班升格為A班。綾小路迫於情勢而幫助她，他們第一個面臨的問題是，即將要舉行期中考，他們要努力不要讓任何人不及格。

雖然成績不好的學生很多，但D班還是與學校所預料的相反，在期中考考出了高分。而這考試的結果背後，是堀北她們拚命努力，以及綾小路在暗中謀劃而來的。然而，成績最差的須藤，卻因為一分之差而不及格。「須藤健，你要退學。」班導師茶柱冰冷無情地如此說。期中考的分數已經公佈，校方也已做出結論，為了改變這個結果，綾小路使出的最後一手是……？而在期中考的混亂情況中，綾小路卻意外地親眼目賭了班上的偶像—櫛田桔梗不為人知的一面。

期中考結束，D班總算拿到了很少的點數。當班上同學正歡慶自己終於脫離極度貧困的生活時，卻又出現新的問題，說須藤對C班的同學施暴。雖然他強調那是正當防衛，但學校還是決定要學生會的見證下，進行審查會議，根據審查結果，D班有可能會被扣除點數。綾小路和D班的人為了尋找證據，證明他是正當防衛而努力奔走。綾小路因為某件事，與B班的領袖—少女一之瀨帆波結下了互相合作的關係。一之瀨推測，在這件暴力事件的背後，是C班的領袖龍園翔在暗中搞鬼，從這件事可以看出C班與D班的班級之爭。

D班的學生佐倉愛裡可能是事件的目擊者，只有她能證明須藤是正當防衛，但佐倉不知為何，卻拒絕在審查會議上幫忙作證。就算是最擅長和別人建立良好關係的櫛田，也沒辦法打開佐倉關閉的心門。結果，綾小路他們還沒讓她答應幫忙，就來到了審查會議當中。D班與C班爭論不休的審查會議上，堀北鈴音的哥哥，也就是學生會長堀北學也前來與會，負責幫須藤辯護的鈴音，因為學的到來而萎靡不振，完全沒辦法說話。審查會議朝對C班有利的方向發展，D班被逼到了絕境，這時綾小路的手卻伸向堀北的腹側……

波濤洶湧的第一學期結束，學校進入了暑假。強調完全不需要朋友的孤獨少女堀北鈴音，暑假期間完全沒跟任何人見面，每天都在讀書與用功。某一天，綾小路打電話約她：「跟D班的男生女生一起去游泳池玩吧！」原本照正常來說，堀北必定會拒絕，結果卻因為「某個原因」答應了綾小路的邀約。另一方面，這時以D班的池同學為中心，那些男生好像擬定了什麼可疑的計畫。而前去游泳地的當天，他們遇到B班的一之瀨等人，開始一同享受沙灘排球等各種娛樂。在那當中，D班的男生在暗中活躍，卻沒想到阪柳與龍園等其他班級的領袖，也來到了游泳池……

1年級的暑假學校舉辦活動，帶學生們到南方的島嶼渡假。帶他們前往島上搭的也是超級豪華郵輪，船內餐廳的菜色一應俱全，所有的休閒設施都可以免費使用。D班的學生第一學期在不及格就要退學的嚴格規定下，被迫過著沒有任何點數的超窮生活，現在終於可以鬆一口氣，享受假期。然而，A班的葛城康平用冷淡的視看著這樣他們，葛城與阪柳有棲同樣都是受到A班學生支持的領導人物，現在阪柳因為身體不適而無法參加活動，因此A班完全由葛城統率。另一方面，C班的少女伊吹為了反抗龍園的獨裁而引起的騷動，也將為這假期帶來一場風波……？

原以為是渡假到南方的島嶼旅行，結果那卻是學校所策畫的特別考試，所有學生要在既定的規則下，在無人島生活一週。主要的規定是「給各班300點，能用這些點數購買物品」「佔領島內的特定據點能獲得點數」「各班決定一位領袖，說中別班的領袖，就可以得到點數」等……。根據這個考試的成績，各班所擁有的班級點數將會巨幅增減。A到C班在理解考試內容之後，就迅速展開行動。不過，D班的學生卻因為不習慣無人島生活而感到困惑，無法決定行動方針，散發陰暗的氣氣。

特別考試的第一天結束，D班的學生終於團結一致，形成互相合作繼續過著無人島生活的狀態。在這當中，綾小路與堀北開始調查其他班及是如何面對這個考試。B班的一之瀨他們，運用高團結力，在有效節約的同時，享受著無人島的生活。A班的葛城他們則是以一座洞窟作為紮營的基地，完全不讓人看到內部情況。然而，最難理解的是龍園所率領的C班，龍園嘲笑別班為了在考試中獲勝而努力節約點數，並一舉將所有點數浪費掉，大肆玩樂。堀北認為這是自取滅亡的行為，但是……？

特別考試開始到了第五天，D班女學生的內褲被偷，雖然行李檢查跟搜身都一無所獲，但D班的男學生與女學生之間還是出現裂痕，女生要求要與男生分開住，請男生將帳篷移開。然而，一波未平一波又起，偷內褲事件尚未平息，D班的營區竟然起火，女生們懷疑是內褲賊為了轉移其他人的焦點而縱火，男女雙方的裂痕加大，但沒想到除了這件事以外，在暗地裡也發生了一件足以讓D班動搖的大事……

堀北鈴音判斷偷走鑰匙卡的人是伊吹，而冒雨追趕逃走的伊吹，兩人大打一架，但鈴音也因為病況更嚴重，不得不面臨淘汰出局，回船上休養的情況。而考試的最後一天終於到來，葛城已經算好A班和其他班最後能得到的點數，準備迎接最終的勝利，然而考試的結果公佈之後，真的能他所預料嗎？