진학률 및 취업률 100%를 자랑하는 도쿄도 고도 육성 고등학교에 입학한 아야노코지 키요타카. 하지만 그가 속한 1학년 D반은 왜인지 문제아들 투성이었다. 더욱이 학교에선 학생들에게 현금과 동일한 포인트를 10만엔씩 지급하고, 수업 중에 놀고 조는데도 주의를 주지 않고 방임주의로 일관하는데.

A반부터 D반까지, 학생의 능력에 따라 나눠져 배정받는 S시스템. 그 중 D반은 불량품이라 불리는 학생들이 모인 낙오자 반이다. 그들은 입학 후 한 달간 계획 없이 생활을 한 탓에 S시스템의 평가는 곤두박질 쳐져, 앞으로 받아야 할 다음달 분의 10만 포인트가 전부 소멸되었다. 빈곤한 생활을 면치 못한 채 심지어 학생들은 앞으로 있을 시험에서 낙제점을 받으면 퇴학이라는 엄격한 룰을 통보 받게 되는데.

성적이 안 좋은 학생이 많았음에도 D반은 학교측의 예상과는 반대로 중간고사에서 고득점을 낸다. 그 시험결과에는 사실 호리키타 일행의 필사적인 노력과 아야노코지의 뒷거래가 있었다. 하지만 성적이 제일 불안했던 스도가 고작 1점 때문에 낙제점을 받아 퇴학 위기에 처한다. 그 상황에서 아야노코지는 조용히 해결에 나서는데.

중간고사 후 적은 양이더라도 포인트를 얻게 된 D반은 빈곤한 생활에서 탈출하게 되어 기뻐한다. 하지만 스도가 폭행사건을 일으켜 새로운 문제가 발생한다. 스도는 정당방위라고 주장하지만 그것을 입증할 증거조차 없어 다시 퇴학 위기에 처하게 되는데.

사건의 목격자인 D반 사쿠라 아이리. 그녀만이 스도의 정당방위를 입증할 수 있지만 사쿠라는 어째선지 심의에서 증언하는 것을 거부한다. 마침내 심의 당일. 심의에는 학생회장인 호리키타의 오빠도 참석해 있었고, 스도의 변론을 맡은 호리키타는 오빠의 존재에 패닉에 빠지는데.

자주 자신의 사진을 블로그에 올리는 사쿠라. 하지만 요즘 블로그에 이상한 댓글이 달리고 기숙사엔 기분 나쁜 편지가 자주와 아야노코지에게 도움을 요청하려 하지만 타이밍을 놓쳐 털어놓지 못한다. 한편, 재심의를 앞두고 D반에게 유리한 증거를 내밀며 C반에게 고발을 취소하라고 몰아붙이는 호리키타와 아야노코지였는데.

1학기 기말고사가 끝나고 여름방학이 찾아왔다. 친구따윈 필요없다고 생각하는 호리키타는 여름방학 중 다른 누구와도 만나지 않고 독서와 공부만 하는 나날을 보내고 있었다. 그러던 어느 날, 아야노코지에게서 D반 아이들과 함께 수영장에 가자는 제안을 받는다. 평소 같았으면 거절했을 테지만 무언가의 사정 때문에 결국 수영장에 함께 가기로 하는데...

학교행사로서 가게 된 남쪽 섬의 바캉스. 섬까지 가는 호화 여객선 안에 있는 레스토랑, 각종 레저 스포츠 시설 등을 전부 무료로 이용할 수 있어 빈곤생활에 지쳐있던 D반 학생들은 기분전환으로 바캉스를 만끽한다. 한편, C반의 독재자 류엔에게 반발하는 소녀 이부키가 소동을 일으키는데.

바캉스인 줄 알았던 여행은 사실 학교에서 시행하는 특별시험이었다. 학생들은 일주일동안 정해진 규칙을 지키며 무인도 생활을 하게 되었는데.

특별시험의 첫날을 마치고 다음날이 밝았다. 아야노코지와 호리키타는 다른 반에선 어떻게 시험을 치르고 있는지 조사하러 다니던 중 류엔이 속한 C반은 포인트를 다 쓰며 바캉스를 즐기고 있는 것을 목격하게 되는데.

D반의 키 카드를 가지고 있는 호리키타의 몸 상태가 좋지 않은 것을 눈치 챈 아야노코지. 하지만 호리키타는 기권하면 30포인트가 차감되기에 참겠다고 말한다. 그러나 몸을 씻던 도중 키 카드를 도둑맞고 마는데.

호리키타의 키 카드를 훔친 범인은 바로 이부키였다. 키 카드를 되찾기 위해 이부키와 싸우던 호리키타는 원래 안 좋았던 몸 상태가 악화되어 결국 쓰러지고 만다. 아야노코지는 호리키타에게 기권을 제안하지만 오빠에게 인정받기 위해, A반으로 올라가기 위해 기권하기를 거부한다. 하지만 아야노코지는 리더인 호리키타를 기권시켜버리는데.

무인도에서의 시험을 마치고 아야노코지 키요타카를 비롯한 1학년 D반은 호화 크루즈에서 여름 방학을 즐긴다. 하지만 휴식도 잠시뿐 새로운 특별 시험이 시작된다. 카루이자와 케이와 같은 방으로 호출을 받고 시험에 대한 설명을 듣는 아야노코지. 이번 시험은 반이라는 틀을 넘어선 것이었는데.

'씽킹' 시험 첫째 날이 종료. 교착된 상황을 타파하기 위해 아야노코지가 히라타 일행과 상의하던 그때, 핸드폰에 한 통의 메일이 도착한다. 그 내용을 보고 초조해지는 호리키타. 한편, 아야노코지는 카루이자와의 행동에서 위화감을 느끼고 호리키타에게 그녀에 대한 정보가 필요하다고 말하는데.

C반의 마나베 무리에 의해 몰아세워져 평정심을 잃고 흐트러진 모습을 보이는 카루이자와. 아야노코지는 그 모습을 냉정하게 관찰하려고 하지만 참지 못한 유키무라가 뛰쳐나가 버린다. 아야노코지는 이상할 정도로 겁을 먹은 카루이자와를 보고 뭔가를 눈치챈 듯했는데.

2학기를 맞이해 체육 대회 준비 기간이 시작됐다. 경기 결과가 좋든 나쁘든 다음 필기시험에 영향을 미치기 때문에 학생들은 동요를 감출 수 없다. 게다가 독특한 팀 나누기, 학생에게 출전 선수의 선출을 맡기는 것 등, 학생들에게 가해지는 부담도 커졌는데.

쿠시다를 의심하는 아야노코지. 다른 반을 정찰한다는 명목으로 호리키타와 쿠시다를 대면시킨다. 그 자리에서 호리키타는 예상 밖의 행동을 한다. 체육 대회 당일, 호리키타와 스도의 활약으로 홍팀은 순조롭게 스타트를 끊었지만 아야노코지는 결과를 보고 냉담한 표정을 짓는데.

D반 학생들과 의견이 충돌해서 화가 난 채로 체육 대회에서 빠져나간 스도. 그런 스도를 뒤쫓아간 사람은 호리키타였다. 스도를 불러 세워 이야기를 시작한 호리키타는 스도의 반발을 받으면서도 참고 견디며 강하게 스도와 마주하는데.

학생회장 승계식이 끝나고 아야노코지는 사토에게서 갑자기 호출을 받는다. 그리고, 중간고사 시험 결과가 발표되어 D반은 퇴학자 제로를 달성한다. 하지만 차바시라 선생님이 말에 따르면 진짜는 기말고사로 치는 특별 시험 통칭 '페이퍼 셔플'이라는 것이라고 하는데.

페이퍼 셔플을 대비해 스터디가 열리게 되고 유키무라를 중심으로 하는 그룹에 참가하게 된 아야노코지. 같은 그룹이고 짝이 된 하세베, 미야케의 잘하는 과목과 못하는 과목이 겹쳐서 문제에 따라서는 간단히 함께 망해버릴 가능성이 있다. 하지만, 아야노코지는 시험 문제의 경향을 알아낼 방법이 있다고 말하는데.

페이퍼 셔플 이면에서 호리키타와 쿠시다의 퇴학을 건 승부가 시작된다. 한편, 스터디에 참가하는 아야노코지의 앞에 류엔이 나타난다. 류엔은 자신이 보낸 메시지와 관련해 아야노코지를 떠보는데.

크리스마스를 앞두고 들뜨는 학생들. 카루이자와도 그중 한 명이었고 온 거리를 감싼 크리스마스 분위기를 즐기고 있었다. 하지만, 사토와 함께 방과 후를 보내고 있을 때, C반의 학생에게 미행당하고 있다는 것을 알게 된다. 게다가 아야노코지도 스터디 중 누군가에게 감시 당하고 있었는데.

아야노코지와의 협력 관계가 갑자기 끝나버린 카루이자와는 아야노코지와의 접점이 완전히 사라지는 것에 당황을 감추지 못했다. 그러던 중, D반이 앞으로의 방침에 대해 상담하고 있을 때 C반의 류엔 무리가 고압적인 태도로 D반에 찾아왔는데.

흑막의 정체를 밝히려는 류엔에게 구속당해 궁지에 몰린 카루이자와. 플래시백 되는 따돌림의 기억. 거기에 뒤를 잇듯이 흑막이 처음부터 카루이자와를 이용했다는 사실이 드러난다. 하지만 그럼에도 카루이자와는 아야노코지가 흑막이라는 사실을 말하려 하지 않았는데.

일련의 사건을 겪으면서 카루이자와는 자신 안에서 큰 감정의 변화가 생겼다는 것을 알게 되었다. 그러던 중, 사토가 크리스마스에 아야노코지와 데이트를 한다는 이야기를 듣게 된다. 카루이자와는 복잡한 감정을 품으면서도 사토의 데이트 상담 요청에 진지하게 응하려고 했지만.

3학기를 맞이해, D반에서 C반으로 승격한 아야노코지 일행은 전 학년 합동으로 실시되는 특별 시험 ′혼합 합숙′을 하기 위해 떠났다. 지금까지 적이라고 여겼던 다른 반과 그룹을 결성하는 특별 시험에서 그룹원의 불화는 예견된 미래였다. 하지만 커트라인에 도달하지 못하면 퇴학을 당하는 룰이 있었는데...

그룹원들과 협력하지 못하고 반발하는 이시자키와 자유롭게 행동하는 코엔지가 속한 아야노코지의 그룹 책임자인 유키무라는 좀처럼 그룹의 결속을 이끌어 내지 못했고 그룹 내의 험악한 분위기가 계속되고 있었다. 한편, 아야노코지는 독자적으로 어떤 학생에게서 정보를 얻기 위해 행동을 개시했다. 그러던 중, A반 하시모토의 이야기를 계기로 그룹에 변화가 일어나기 시작했는데-.

카루이자와와 히라타가 헤어졌다── C반이 그 화제로 떠들썩한 가운데 야마우치가 A반의 사카야나기에게 불려 나갔다. 우쭐해진 야마우치는 호리키타의 '함정이야'라는 말도 귀담아듣지 않았다. 한편, 아야노코지는 호리키타로부터 이치노세의 주변에 묘한 소문이 퍼지고 있다는 말을 들었는데.

밸런타인데이 당일. C반 남자들은 초콜릿을 받느냐 마느냐로 들떠 있었다. 한편, 아야노코지의 호출을 받고 들뜬 마음을 감추지 못하던 카루이자와. 약속 장소에서 아야노코지와 이야기를 하던 중 예상 밖의 인물이 나타나는데......

게시판으로 소문을 퍼트린 것은 사카야나기의 명령을 받은 하시모토였다. 이시자키와 이부키는 그렇게 믿었지만 증거가 없어서 끝까지 추궁할 수 없었다. 그리고, 사카야나기를 필두로 A반이 B반으로 찾아갔다는 말을 들은 아야노코지. 이치노세의 소문에 관한 증거를 가지고 있다고 말하는 사카야나기에게 지금까지 소문에 대해 소극적인 태도를 취했던 이치노세는......

학년말 시험에서 전원 합격한 C반. 모두가 기뻐하며 안도하던 중, 차바시라는 갑자기 추가 특별 시험 '반 내부 투표'의 실시를 알렸다. 시험 내용은 자신의 반 친구 중에서 '칭찬할 만한 학생 세 명'과 '비판받아야 할 학생 세 명'을 선택해서 투표를 진행하여 수석과 꼴찌를 결정하는 간단한 내용이었는데......

'반 내부 투표'가 발표된 후 서로를 의심하게 된 C반에는 불온한 분위기가 감돌고 있었다. 그런 가운데 아야노코지는 2학년 A반의 아사히나로부터 이치노세가 나구모 학생회장에게 협력을 요청했다는 이야기를 들었다. 그 후 아야노코지는 반을 걱정하는 히라타로부터 모두를 구할 수 있는 방법에 대한 상담을 요청받았는데.

오빠인 마나부와의 대화를 거쳐 특별 시험에서 퇴학시킬 인물로서 야마우치의 이름을 거론한 호리키타. 야마우치는 지금까지 반에서 공헌도가 낮을 뿐만 아니라 아야노코지를 퇴학시키기 위해 비판 표를 모으고 있었다. 게다가 야마우치의 배후에는 A반의 리더 사카야나기가 있었다. 하지만 퇴학자를 결정하는 것을 인정하지 못하는 히라타가 반대하면서 상황은 극도로 혼란스러워졌는데.

′반 내부 투표′의 결과로 C반에서는 첫 퇴학자가 나오게 되었다. 사카야나기는 특별 시험이 아야노코지를 퇴학시키기 위해서 준비된 무대 장치였다고 말한다. 그러던 중, 아야노코지와 사카야나기의 앞에 이사장 대리를 맡게 된 츠키시로가 나타난다. 츠키시로는 아야노코지의 아버지가 파견한 인물이었다. 그의 존재를 알게 되면서 아야노코지는 사카야나기에게 다음 시험에서 정면 대결할 것을 제안했는데.

특별 시험에 대비해 다양한 대책을 생각하는 C반 하지만 뭔가 결정타가 될 만한 것은 없었다. 호리키타가 생각한 플랜을 아야노코지가 평가하는 한편, '반 내부 투표' 결과를 아직도 받아들이지 못하던 히라타는 여전히 반에 협력하려 하지 않았다. 걱정하는 미짱에게도 차갑게 행동하는 히라타에게 아야노코지가 말을 걸었는데.

히라타가 다시 일어서고 반이 단합하는 가운데 드디어 아야노코지 VS 사카야나기의 1학년 최종 특별 시험이 시작되었다. 첫 번째 종목으로 선택된 것은 '농구'. C반은 선전하고 있었지만 그것은 당연했다. A반이 대충 경기에 임한 것이었다. 게다가 사카야나기는 경기 도중 출전한 스도를 정신적인 공격으로 흔들며 무너뜨리려 했는데......

최종 특별 시험 결과 아깝게 A반에 패배한 아야노코지의 반은 다시 D반으로 강등되었다. 하지만 학생들은 1년 동안 착실하게 성장해 있었다. 특히 호리키타는 반 친구들의 의견을 듣거나 언젠가는 쓰러뜨려야만 하는 B반과의 협력 관계 해소를 이치노세에게 요청하는 등 리더로서 성장한 모습을 보이고 있었는데.

봄방학. 아야노코지는 시이나로부터 책에 관해 이야기를 나누고 싶다는 말과 함께 불려 나갔다. 한편, 하시모토와 밀회를 하던 류엔의 앞에 나타난 것은 B반의 칸자키였다. 반은 패배했지만 칸자키는 류엔에게 겁먹지 않고 대면했다. 2학년 진급을 앞두고 1년간이라는 시간을 거쳐서 학생들 간의 인간관계에도 변화가 일어나려 하고 있었는데.