El melancólico y desmotivado Kiyotaka Ayanokouji asiste a su primer día a la Academia Tokyo Koudo Ikusei, una institución establecida por el gobierno para formar a una generación de los mejores y más brillantes de Japón. Se dice que en esta escuela todo se decide en función de los méritos, lo que incluye la generosa asignación mensual de puntos que los estudiantes pueden gastar en las tiendas locales. A medida que Ayanokouji empieza a desenvolverse en este sistema, también entabla una curiosa relación con la distante compañera de fuera Suzune Horikita y con la terminantemente gregaria Kikyou Kushida.

Los alumnos de la clase 1-D se han quedado de piedra tras saber la verdad sobre el sistema de puntos con el que evalúa la escuela a sus alumnos. Tienen que cambiar sus hábitos si quieren puntuar. Pero algunos alumnos se niegan a cambiar aunque se enfrenten a la expulsión.

Kiyotaka le explica a Suzune lo que hizo los últimos tres días antes del examen. Y por qué todos obtienen tan buenas notas en los exámenes. Pero Sudo suspende los exámenes de todos modos y va a ser expulsado.

Ha habido un ligero retraso en la entrega de puntos y parece ser que se ha debido a un incidente violento dentro del recinto escolar. Tres estudiantes de la clase 1-C denuncian a Sudo por atacarles.

Kiyotaka y Kushida van con la Sakura al centro comercial donde la Sakura intentará reparar su cámara. Después, Kiyotaka habla con Sakura sobre la situación de Sudo y si debe hablar de lo que vio.

Con el caso de Sudo aún por decidir si es inocente o no, ahora también hay un nuevo problema: la supuesta veracidad tras las palabras de Airi. Kiyotaka y Suzune intentan encontrar pruebas que absuelvan Sudo.

Incluso durante las vacaciones de verano, la solitaria Horikita prefiere quedarse encerrada en su habitación estudiando que relacionarse con los demás. Un día, Ayanokouji la invita a ir la piscina con otros compañeros.

La escuela entera va a realizar un viaje repleto de lujos en un crucero por cortesía de la dirección. Chabashira informa a Kiyotaka de que alguien ha pedido su expulsión. Si no ayuda a los demás a ascender a la clase A, aprovechará la primera oportunidad para expulsarlo.

Como parte de una prueba especial, la escuela ha llevado a los estudiantes a una isla tropical deshabitada donde deben vivir durante una semana. Su rendimiento en la prueba puede tener un enorme impacto en la clasificación de puntos de las cuatro clases.

La clase D ha logrado cierto grado de unidad al enfrentarse a la prueba especial, por lo que Ayanokouji y Horikita se dirigen a ver cómo se llevan las otras clases. La clase B está trabajando en conjunto para lograr una vida cómoda, mientras que la clase A se mantiene en secreto.

La prueba de supervivencia está llegando a su fin. Las cosas no pintan bien para la clase 1-D debido al robo de la tarjeta de líder. Y ahora Suzune se ve obligada a retirarse debido a su enfermedad. Kiyotaka intentará cambiar las cosas.