進学率・就職率１００％と言われる進学校・東京都高度育成高等学校に入学した綾小路清隆。しかし彼が所属する１年Ｄクラスは、進学校とは思えないような問題児ばかりだった。さらに学校は、生徒に現金と同価値のポイントを月１０万円分も与え、授業に関しては私語・居眠り・サボタージュをも黙認する放任主義。自堕落な生活を送る生徒たちだったが、違和感を抱く者もいた——他人との交流を徹底的に避け、孤独を貫く美少女・堀北鈴音だ。彼女は、生徒に大金が与えられているはずなのに、校内に『お金を持たない者への救済』が多く用意されていることに気づく。やがて１ヶ月後、綾小路、堀北、Ｄクラスの面々は学校のシステムの真実を知る……。

ＡからＤの各クラスは生徒の能力によって分けられ、Ｄクラスは『不良品』と呼ばれる生徒が集まる落ちこぼれクラスだった。彼らは入学後１ヶ月間の自堕落な生活のため、学校からの評価を徹底的に落とし、毎月もらえるはずの１０万円分のポイントをすべて帳消しにされる。極貧生活を強いられ、さらに今後試験で赤点を取れば即退学という厳しいルールを告げられ、大騒ぎに陥るＤクラス。そんな中、自分がＤクラス配属であることに納得できない堀北は、ＤクラスをＡクラスへ昇格させることを目指す。成り行きから彼女を手伝うことになる綾小路。最初の課題は、間もなく行われる中間試験を、赤点者を一切出さずに乗り切ることだった。

成績の悪い生徒たちが多かったにも関わらず、Ｄクラスは学校側の予想に反し、高得点を叩き出して中間試験を終えた。その試験結果の裏には、堀北たちの必死の努力、そして綾小路の暗躍があった。しかし成績面を最も不安視された須藤が、たった１点だけ及ばず赤点となってしまう。「須藤健、お前は退学だ」——冷徹に言い渡す担任教師・茶柱。既に採点も終わり、決着がついてしまった中間試験の結果を覆すため、綾小路が繰り出した最後の一手とは……？　そして中間試験の騒がしいゴタゴタの中で、綾小路はクラスのアイドル的存在である櫛田桔梗の知られざる一面を、目の当たりにしてしまうのだった。

中間試験を終え、わずかながらもポイントを得たＤクラス。極貧生活を抜け出せることを喜ぶクラスの面々だが、また新たな問題が発生する。須藤がＣクラスの生徒に対し、暴行事件を起こしたというのだ。彼は正当防衛を主張するが、生徒会立ち会いの下で審議が行われることになり、結果次第でＤクラスはポイントを剥奪されてしまう。正当防衛の証拠探しに奔走する綾小路やＤクラスの面々。綾小路はとあるきっかけから、Ｂクラスのリーダーである少女・一之瀬帆波と協力関係を結ぶ。一之瀬はこの暴行事件の裏に、Ｃクラスの統率者・龍園翔の暗躍があると推測。事件はＤクラスとＣクラスの代理戦争の様相を呈していく。

事件の目撃者と思われるＤクラスの生徒・佐倉愛里。彼女だけが須藤の正当防衛を裏付けられるが、佐倉はなぜか審議で証言することを拒否する。他人と友好関係を築くことにおいて右に出る者がいない櫛田でも、佐倉の閉じた心を開くことができない。結局、彼女の協力を取り付けることができないまま、審議当日を迎えてしまう綾小路たち。ＤクラスとＣクラスが争う審議に立ち会うのは、生徒会長であり堀北鈴音の兄でもある堀北学。須藤の弁護役である堀北は、学の存在に萎縮し、まったく話すことができなくなってしまう。審議はＣクラス側の有利に進み、追い込まれていくＤクラス。その時、綾小路の手が堀北の脇腹に迫り……!?

波乱の１学期が終わり、学校は夏休みに入っていた。友人など一切不要と言い、孤独を貫く少女・堀北鈴音は、夏休み中も誰とも会うことなく、読書と勉強だけの日々を送っている。そんなある日、綾小路から「Ｄクラスの男女合同でプールに行こう」と誘いの電話が入った。普段であれば断るのだが、『とある事情』により誘いに乗る堀北。一方その頃、Ｄクラスの池を中心とした男子たちは、何やら怪しい計画を立てていた。そしてプール当日、Ｂクラスの一之瀬たちとも合流し、ビーチバレーなどのレジャーを楽しむ面々。その中で暗躍するＤクラス男子たちだが、プールには坂柳と龍園といった他クラスのリーダーたちも訪れていて……？

１年生夏休みの学校行事として行われる南の島でのバカンス。島への渡航にも超豪華客船が使われ、船内ではレストランの料理も各種レジャー施設もすべて無料で堪能できる。１学期には赤点即退学という厳しいルールや、現金代わりのポイントが０という極貧生活を強いられてきたＤクラス生徒たちは、気を緩めてバカンスを楽しんでいた。そんな彼らを冷淡な視線で見つめるＡクラスの葛󠄁城康平。彼は坂柳有栖とＡクラス生徒の支持を二分する男であり、坂柳が体調不良で行事を欠席している今、Ａクラスは葛󠄁城の統率下にある。一方、Ｃクラスでは独裁を敷く龍園に反発する少女・伊吹による喧嘩騒動が起こり、バカンスも一騒ぎありそうで……？

バカンスと思われた南の島への旅行だが、その実は学校が定めた特別試験だった。生徒たちは１週間、決められたルール下で無人島生活を行うことになる。主なルールは、『各クラスに３００ポイントが与えられ、そのポイントで物品を購入できる』、『島内の特定スポットを占有することでポイントを得られる』、『各クラスでリーダーを決め、他クラスのリーダーを当てればポイントが与えられる』など……。この試験の成績次第で、各クラスが保有するクラスポイントは大きく増減する。Ａ〜Ｃクラスは試験内容を理解すると同時に、迅速に動き始めた。だがＤクラスの生徒たちは慣れない無人島生活に困惑し、行動方針も決まらず険悪な空気が漂い出す。

特別試験の初日が終了した。やっとＤクラスの生徒たちは一つにまとまり、協力して無人島生活を続けられる態勢になる。そんな中、綾小路と堀北は他クラスがどのように試験に臨んでいるか調査し始める。高い団結力を活かし、ポイントを有効に節約しながら、無人島生活を楽しんでいる一之瀬たちＢクラス。洞窟をベースキャンプに定め、その内部を決して見せようとしない葛城たちＡクラス。だが、最も理解に苦しむ行動をしているのは龍園率いるＣクラスだった。龍園は、試験に勝つためポイントを節約しようと努力する他クラスの生徒たちを嘲笑い、すべてのポイントを一気に浪費して豪遊していた。堀北はその行為を自滅と批判するが……？

Ｄクラスリーダーのキーカードを保有している堀北。彼女の体調が悪化していた。それに気づいて指摘する綾小路だが、リタイアすればマイナス３０ポイントのペナルティが課されるため、体調不良を隠して乗り切るという堀北。その頃、Ｄクラスでは女子の下着が盗まれる事件が発生し、男子と女子が対立。クラスは再びバラバラになっていく。さらに試験６日目、体調を崩していた堀北の隙を見て、何者かがリーダーのキーカードを盗み出した。直後、ベースキャンプ内で放火騒動まで起こる。下着泥棒、キーカード盗難、放火騒ぎ——誰がなぜこんなことをしているのか。生徒たちの疑心暗鬼と対立が強まり、Ｄクラスは混乱に陥っていく……。

堀北のキーカードを盗んだ犯人は伊吹澪だった。キーカードを取り返すために彼女と戦った堀北は、体調が悪化し、ついに倒れてしまう。兄に認められるために、またＡクラスへ昇格するために、リタイアを拒む堀北。しかし体力的に限界と見た綾小路は、彼女を無理矢理にリタイアさせるのだった。リーダーを知られたことによる失点、リタイア２名分の失点、そしてクラスが団結できなかったために起こったポイントの浪費……Ｄクラスの試験結果は、惨憺たるものになると予想された。一方、Ａクラスは着実にスポット占有によるポイントを集め、莫大なポイントを得ていた。そして試験最終日——生徒たちの前に、意外な人物が姿を現す。