绫小路清隆进入了号称就业率、升学率百分之百的升学高中“东京都高度育成高级中学”就读，但他所属的1年D班却全都是一些问题儿童，完全不像是一所升学高中的班级。而且，学校一个月给学生等同于现金10万元的点数，课堂上聊天、睡觉、打混摸鱼也全都不管，采取放任主义。学生们过着自甘堕落的生活，但也有人感觉到异常，那就是彻底不想与人交流，完全孤单一个人的美少女，堀北铃音。她发现学校明明给学生一大笔钱，校园内却准备了很多“救助穷困者的措施”。而一个月后，绫小路、堀北和D班的学生，终于知道整个学校体系的真相……

A到D班是根据学生的能力来分班，而D班是聚集了被称为“瑕疵品”的落后班级。因为他们入学之后的一个月，都过着自甘堕落的生活，所以学校对他们的评价完全掉到低谷，每个月应该可以拿到的十万点数也完全一笔勾销了。老师告诉他们，他们不但被迫要过极度贫困的生活，而且接下来的考试只要一不及格，他们就会被退学，D班整个议论纷纷。在这当中，堀北无法理解为什么自己会被分到D班，而订下了目标，要让D班升格为A班。绫小路迫于情势而帮助她，他们第一个面临的问题是，即将要举行期中考，他们要努力不要让任何人不及格。

虽然成绩不好的学生很多，但D班还是与学校所预料的相反，在期中考考出了高分。而这考试的结果背后，是堀北她们拼命努力，以及绫小路在暗中谋划而来的。然而，成绩最差的须藤，却因为一分之差而不及格。“须藤健，你要退学。”班导师茶柱冰冷无情地如此说。期中考的分数已经公布，校方也已做出结论，为了改变这个结果，绫小路使出的最后一手是……？而在期中考的混乱情况中，绫小路却意外地亲眼目赌了班上的偶像—栉田桔梗不为人知的一面。

期中考结束，D班总算拿到了很少的点数。当班上同学正欢庆自己终于脱离极度贫困的生活时，却又出现新的问题，说须藤对C班的同学施暴。虽然他强调那是正当防卫，但学校还是决定要学生会的见证下，进行审查会议，根据审查结果，D班有可能会被扣除点数。绫小路和D班的人为了寻找证据，证明他是正当防卫而努力奔走。绫小路因为某件事，与B班的领袖—少女一之濑帆波结下了互相合作的关系。一之濑推测，在这件暴力事件的背后，是C班的领袖龙园翔在暗中搞鬼，从这件事可以看出D班与D班的班级之争。

D班的学生佐仓爱里可能是事件的目击者，只有她能证明须藤是正当防卫，但佐仓不知为何，却拒绝在审查会议上帮忙作证。就算是最擅长和别人建立良好关系的栉田，也没办法打开佐仓关闭的心门。结果，绫小路他们还没让她答应帮忙，就来到了审查会议当中。D班与C班争论不休的审查会议上，堀北铃音的哥哥，也就是学生会长堀北学也前来与会，负责帮须藤辩护的铃音，因为学的到来而萎靡不振，完全没办法说话。审查会议朝对C班有利的方向发展，D班被逼到了绝境，这时绫小路的手却伸向堀北的腹侧……

尽管这次审议无疾而终，但佐仓的证言优势很大，如果择日再审绝对能彻底翻盘。为了巩固佐仓的努力，绫小路和堀北又一次前往暴行事件发生的地点，试图寻找更多证据。另一边，佐仓的周围突然出现了某个神秘的黑影，这个跟踪狂非常钟爱佐仓以“雫”为艺名拍摄的偶像写真，甚至还对她伸出了魔掌？！在失去了重要的证人后，这次绫小路和堀北又将面临什么困境？！

1年级的暑假学校举办活动，带学生们到南方的岛屿渡假。带他们前往岛上搭的也是超级豪华邮轮，船内餐厅的菜色一应俱全，所有的休闲设施都可以免费使用。D班的学生第一学期在不及格就要退学的严格规定下，被迫过着没有任何点数的超穷生活，现在终于可以松一口气，享受假期。然而，A班的葛城康平用冷淡的视看着这样他们，葛城与坂柳有栖同样都是受到A班学生支持的领导人物，现在坂柳因为身体不适而无法参加活动，因此A班完全由葛城统率。另一方面，C班的少女伊吹为了反抗龙园的独裁而引起的骚动，也将为这假期带来一场风波……？

原以为是渡假到南方的岛屿旅行，结果那却是学校所策画的特别考试，所有学生要在既定的规则下，在无人岛生活一周。主要的规定是“给各班300点，能用这些点数购买物品”“占领岛内的特定据点能获得点数”“各班决定一位领袖，说中别班的领袖，就可以得到点数”等……。根据这个考试的成绩，各班所拥有的班级点数将会巨幅增减。A到C班在理解考试内容之后，就迅速展开行动。不过，D班的学生却因为不习惯无人岛生活而感到困惑，无法决定行动方针，散发阴暗的气气。

特别考试的第一天结束，D班的学生终于团结一致，形成互相合作继续过着无人岛生活的状态。在这当中，绫小路与堀北开始调查其他班及是如何面对这个考试。B班的一之濑他们，运用高团结力，在有效节约的同时，享受着无人岛的生活。A班的葛城他们则是以一座洞窟作为扎营的基地，完全不让人看到内部情况。然而，最难理解的是龙园所率领的C班，龙园嘲笑别班为了在考试中获胜而努力节约点数，并一举将所有点数浪费掉，大肆玩乐。堀北认为这是自取灭亡的行为，但是……？

特别考试开始到了第五天，D班女学生的内裤被偷，虽然行李检查跟搜身都一无所获，但D班的男学生与女学生之间还是出现裂痕，女生要求要与男生分开住，请男生将帐篷移开。然而，一波未平一波又起，偷内裤事件尚未平息，D班的营区竟然起火，女生们怀疑是内裤贼为了转移其他人的焦点而纵火，男女双方的裂痕加大，但没想到除了这件事以外，在暗地里也发生了一件足以让D班动摇的大事……

堀北铃音判断偷走钥匙卡的人是伊吹，而冒雨追赶逃走的伊吹，两人大打一架，但铃音也因为病况更严重，不得不面临淘汰出局，回船上休养的情况。而考试的最后一天终于到来，葛城已经算好A班和其他班最后能得到的点数，准备迎接最终的胜利，然而考试的结果公布之后，真的能他所预料吗？