無人島での試験を終え、綾小路清隆たち1年Dクラスのメンバーは豪華客船で夏休みを堪能していた。ところが休息も束の間、新たな特別試験が。軽井沢恵らと同じ部屋に呼び出され説明を受ける綾小路。今度の試験はクラスの枠を超えたものだった。

「シンキング」試験の1日目が終了。膠着した状況を打破するために、綾小路は平田たちと話し合いをしていたそのとき、携帯に一通のメールが届く。その内容に苛立ちを募らせる堀北。一方、綾小路は軽井沢の行動に違和感を覚え、堀北に彼女の情報を求めるが…。

Cクラスの真鍋たちに詰め寄られ、取り乱す軽井沢。綾小路はその様子を冷静に観察しようとするが、我慢できなくなった幸村が軽井沢たちの前に飛び出してしまう。綾小路は異常な怯え方をする軽井沢を見て、何かを思いついた様子で……。

2学期を迎え、体育祭の準備期間が始まる。競技の結果は良くも悪くも次の筆記試験に影響するため、生徒たちは動揺を隠せない。さらに独特のチーム分け、生徒に委ねられた出場者の選出など、生徒たちにのしかかるプレッシャーも大きく……。

櫛田に疑念を向ける綾小路。他クラスの偵察という名目で堀北と櫛田を引き合わせる。そこで堀北は予想外の行動を見せる。体育祭当日、堀北や須藤の活躍もあり赤組は幸先のよいスタートを切るが、綾小路は結果に冷ややかな表情を向けていた。

Dクラスの生徒たちと衝突し、怒りのままに体育祭を抜け出した須藤。そんな彼を追いかけたのは、堀北だった。須藤を呼び止め話し合いの場を設けた堀北は、須藤からの反発を受けながらも、辛抱強く彼に向き合おうとする。

生徒会長の引き継ぎ式が終わり、綾小路は佐藤から突然の呼び出しを受ける。そんな中、中間テストの試験結果が発表され、Dクラスは退学者ゼロを達成する。だが茶柱曰く、本番は期末テストとして行われる特別試験、通称「ペーパーシャッフル」にあるという。

ペーパーシャッフル対策の勉強会が開かれ、幸村を中心としたグループに参加することになった綾小路。同グループの長谷部・三宅ペアは得意科目も苦手科目もまったく同じであり、問題によっては簡単に共倒れしてしまう。だが、綾小路は試験問題の傾向を探る方法があると言い……。

ペーパーシャッフルの裏で、堀北と櫛田の退学を賭けた勝負が始まった。片や勉強会に参加する綾小路の前に、龍園が現れる。龍園から送られたメールについてふっかけられるが……。

綾小路との協力関係が突然解消となった軽井沢は、彼との接点が完全になくなることに戸惑いを隠せないでいた。そんな中、Dクラスで今後の方針を相談しているところに、龍園たちCクラスが高圧的に現れる。

黒幕の正体を暴こうとする龍園に拘束され、追い詰められる軽井沢。フラッシュバックするいじめられた記憶――。さらに追い打ちを掛けるように黒幕が軽井沢を利用していたことを突きつけられるが、それでも軽井沢は綾小路が黒幕であることを隠し通そうとする。

先の事件を経て、軽井沢は自身の中に大きな気持ちの変化があることに気づき始めていた。そんな中、佐藤からクリスマスに綾小路とデートするのだと相談される。軽井沢は複雑な思いを抱きつつも佐藤の相談に真剣に応えてあげようとするが……。