3学期を迎え、DクラスからCクラスへと昇格した綾小路たちは、全学年合同で行われる特別試験「混合合宿」へと向かっていた。今まで敵同士だった別のクラスとグループを組む特別試験で、不仲は必至。だが、ボーダーラインを下回ると退学者が出るというルールで……。

協力せず何かと反発する石崎や、自由に振る舞う高円寺がいる綾小路たちのグループ責任者・幸村は上手くグループをまとめられず、険悪なムードが続いていた。一方、綾小路は独自にある生徒から情報を得ようと行動を始める。そんな中、Aクラス・橋本の話をきっかけにグループに変化が生まれて――。

軽井沢と平田が別れたらしい――Cクラスがその話題で持ちきりになる中、山内がAクラスの坂柳から呼び出しを受ける。有頂天になる山内は、堀北の「罠だ」という言葉にも耳を貸すことはなかった。一方、綾小路は堀北から一之瀬の周辺に妙な噂が流れていると聞く。

掲示板に噂を流したのは、坂柳に命令された橋本――。石崎や伊吹はそう信じるが証拠はなく、深く追及をすることは出来なかった。そして、坂柳を筆頭にAクラスがBクラスに乗り込んだという話が綾小路たちに届く。一之瀬の噂に関する証拠を握っていると告げる坂柳に対し、これまで噂に対して消極的だった一之瀬は……。

学年末試験に全員合格したCクラス。安堵の空気が教室に流れる中、茶柱から急遽、追加の特別試験『クラス内投票』の実施を告げられる。試験の内容は、自分のクラスメイトの中から「賞賛に値する3名」と「批判に値する3名」を選んで投票し、首位と最下位を決めるというシンプルなものだが……。

『クラス内投票』が発表され、疑心暗鬼になったCクラス内は不穏な雰囲気に包まれていた。そんな折りに、綾小路は2年Aクラスの朝比奈から一之瀬が南雲生徒会長に協力を依頼したという話を聞かされる。その後綾小路は、クラスを心配する平田からも全員を助ける方法について相談を持ちかけられる。

兄の学との対話を経て、特別試験で退学にすべき人物として山内の名を上げた堀北。山内はこれまでクラスへの貢献度が低いだけでなく、綾小路を退学にするために批判票を集めていたのだ。しかも、その裏にはAクラスのリーダー・坂柳の存在があった。だが、退学者を認められない平田が反対し、状況は混迷を極める。

『クラス内投票』の結果、Cクラスから初の退学者が出た。坂柳はこの特別試験が綾小路を退学させるために用意された舞台装置だと語る。そんな中、綾小路と坂柳の前に、理事長代理を名乗る月城が姿を見せる。月城は綾小路の父によって送り込まれた人物だった。その存在を知り、綾小路は坂柳に次の試験での勝負を持ちかける。

特別試験に向けて、さまざまな対策を考えるCクラス。しかし、どれも決め手に欠けるものばかり。堀北が考えたプランを綾小路は評価する一方で、『クラス内投票』の結果を引きずる平田は、一向にクラスに協力しようとしなかった。心配するみーちゃんにも冷たく振る舞う平田に、綾小路は声をかける。

平田が立ち直り、クラスがまとまりを見せる中、ついに綾小路VS坂柳の1年度最終特別試験が始まった。1戦目に選ばれたのは「バスケットボール」。Cクラスは善戦していたが、それもそのはず、Aクラスは手を抜いていたのだ。さらに坂柳は、須藤が途中出場してきても精神的揺さぶりをかければ崩れると踏んでいて……。

最終特別試験の結果、Aクラスに惜敗した綾小路たちは、またDクラスへと降格する。しかし生徒たちは1年を通じて着実な成長を遂げていた。特に堀北はクラスメイトの意見を聞いたり、いずれは倒さなければならないBクラスとの協力関係の解消を一之瀬に申し出たりするなど、リーダーとしての成長を見せていた。

春休み。綾小路は椎名から本の話がしたいと呼び出される。一方、橋本と密会をする龍園の前に現れたのはBクラスの神崎だった。クラスは敗北を喫したものの、神崎は龍園に臆することなく対面する。2年生への進級を前に、1年間という月日によって生徒同士の人間関係に変化が起きようとしていた。