در آینده‌ای دور، دولت ژاپن مدرسه پرورش پیشرفته متروپولیتن توکیو را تأسیس کرده‌است که به آموزش و پرورش نسلی از افرادی که در آینده از کشور حمایت خواهند کرد اختصاص داده شده‌است. به دانش آموزان درجه بالایی از آزادی داده می‌شود تا از نزدیک زندگی واقعی را تقلید کنند.

داستان از دیدگاه Kiyotaka Ayanokōji پیروی می‌کند، پسری آرام و بی ادعا، که در دوست یابی خوب نیست و ترجیح می‌دهد فاصله خود را حفظ کند، اما دارای هوش بی نظیری است. او دانش‌آموز کلاس D است، جایی که مدرسه دانش آموزان پایین‌تر خود را رها می‌کند. پس از ملاقات سوزون هوریکیتا و کیکیو کوشیدا، دو دانش‌آموز دیگر در کلاسش، اوضاع شروع به تغییر می‌کند و او شروع به درگیر شدن در بسیاری از امور می‌کند و فکرش دربارهٔ زندگی عادی دبیرستانی ایده‌آل شروع به پراکنده شدن می‌کند.