Abby Mills torna ad Harper's Island per la celebrazione del matrimonio del suo migliore amico, Henry Dunn, e della sua fidanzata, Trish Wellington. Abby non torna a casa da sette anni, da quando sua madre e altre cinque persone sono state uccise da John Wakefield.

La festa di matrimonio parte per una caccia al tesoro. Nel frattempo, Trish incontra una vecchia fiamma, Henry parla con la gente del posto e Abby si imbatte in un amico che è stato perseguitato da John Wakefield.

Quando la morte di una ragazza del posto viene dichiarata suicida, Abby sfida suo padre, lo sceriffo, a indagare su ciò che è realmente accaduto. Con l'avvicinarsi del matrimonio, Trish deve prendere una decisione su Hunter.

Un giro in bicicletta padre/figlia nel bosco porta a una rivelazione sorprendente. Abby scopre l'ossessione segreta dello sceriffo mentre le prove del matrimonio di Trish ed Henry prendono una piega inaspettata.

Dopo il tragico episodio, i presenti vengono invitati a rientrare in albergo e lì interrogati dallo sceriffo uno alla volta. I principali sospettati sono Katherine e Richard.

Gli invitati al matrimonio iniziano a prepararsi per lasciare l'isola, ma lo sceriffo sospetta che uno di loro sia l'assassino. Alcune nuove informazioni rivelano una misteriosa connessione tra Abby e Wakefield.

Mentre gli ospiti si preparano a lasciare l'isola, un ospite scompare misteriosamente. Abby riceve una telefonata da qualcuno che minaccia di uccidere l'ospite scomparso se qualcuno lascia l'isola.

Il gruppo si rivolta l'uno contro l'altro. Tuttavia trovano una mappa e sono costretti a riunirsi per trovare Madison.

Un tentativo di lasciare l'isola dopo che Katherine è stata uccisa si trasforma in un disastro che per ora terrà intrappolati i restanti membri del matrimonio. Nel frattempo scoprono un segreto che li lascerà vacillanti e vengono rivendicate altre quattro vittime.

Abby affronta l'assassino, ma gli ospiti iniziano a pensare che possa avere un complice. Un altro ospite muore e un altro scompare.

Otto dei sospetti combattono per la sopravvivenza quando la verità viene rivelata.

Le risposte vengono finalmente svelate nel finale di stagione.