Chise Hatori, 15 anni, giapponese. Sola e senza una famiglia, la ragazza viene acquistata all'asta da un eccentrico mago dalle sembianze animalesche. L’antico essere la conduce nella sua casa, con l’intenzione di fare di lei la propria discepola… e la propria sposa.

In pochi sanno che dietro la faccia della libreria che Elias è solito frequentare, si nasconde in realtà il laboratorio di Angelica, vecchia conoscenza dell’uomo ed esperta di Magus Craft. Recatisi lì per acquistare gli strumenti necessari per iniziare l’apprendistato come maga, su invito della donna Chise prova a usare la magia, ma le cose non vanno esattamente come sperato…

Nella terra dei draghi due giovani draghi vengono rapiti a Lindel da Cartaphilius. Chise si risveglia da un sogno oscuro e trova Alice, Renfred, Adolf e l'amministratore del college Tory Innis a casa di Elias. Spiegano che Cartaphilius ha rubato i due draghi usando un dispositivo di teletrasporto che ha rubato a Renfred e vogliono che Elias trovi i draghi e li porti a casa.

Dopo essere tornata dal campo, Lucy è ancora priva di sensi e non è ancora chiaro cosa si nasconda dietro la sua improvvisa perdita di forze... questo preoccupa profondamente Chise.

Mentre veglia su Lucy, Chise scopre il suo legame con Seth e la tragica storia della loro famiglia. Mentre un professore sembra essere rimasto vittima di un utente di un libro vietato, un misterioso assassino sembra riemergere...

A quanto pare, un libro magico proibito chiamato "Il Testamento di Carnamagos" viene utilizzato per derubare Lucy e Simeone dei loro poteri magici. Ma chi ci sia esattamente dietro non è ancora chiaro. Elias si occupa della questione perché teme che altrimenti Chise si metta in pericolo per la sua amica e perché lui stesso vuole proteggere un amico.

È tempo di spiegazioni familiari, sia tra Lucy e suo fratello, sia tra Alice e Renfred. Anche il College sta attraversando un periodo complicato in cui altri maghi sembrano voler fare del male ai nuovi studenti.

Annoiati di non avere altro da fare se non studiare, gli studenti giocano a un puzzle, ma questo suscita brutti ricordi in Philomela e Rian. Alcyone riflette sul ruolo assegnatole. Con l'inizio della stagione delle piogge, Elias e Chise finalmente si siedono per recuperare il ritardo.

Il mistero si approfondisce quando tutti gli studenti prosciugati dalla magia si svegliano improvvisamente sentendosi bene. Le voci sul colpevole iniziano a circolare tra il corpo studentesco. Veronica controlla Philomela.

Philomela contratta con Liza per annullare il sigillo sul College in modo che possa tornare a casa per adempiere al suo dovere. Mentre Chise la insegue, il suo potere le dà una nuova forma terrificante.