Chise Hatori, 15 anni, giapponese. Sola e senza una famiglia, la ragazza viene acquistata all'asta da un eccentrico mago dalle sembianze animalesche. L’antico essere la conduce nella sua casa, con l’intenzione di fare di lei la propria discepola… e la propria sposa.

In pochi sanno che dietro la faccia della libreria che Elias è solito frequentare, si nasconde in realtà il laboratorio di Angelica, vecchia conoscenza dell’uomo ed esperta di Magus Craft. Recatisi lì per acquistare gli strumenti necessari per iniziare l’apprendistato come maga, su invito della donna Chise prova a usare la magia, ma le cose non vanno esattamente come sperato…

Mentre Chise ed Elias si trovano in Islanda per portare a termine uno degli incarichi che sono stati affidati loro da Simon, la ragazza viene da rapita da un uomo misterioso a cavallo di un drago, che la porta con sé nel paese dei draghi.

Chise ed Elias si recano a Ulthar, la patria dei gatti, per svolgere il secondo incarico affidato loro dalla Chiesa. Chise ascolta il racconto del Re dei Gatti delle tristi vicende avvenute secoli prima in quelle terre, ignara che un personaggio sospetto la sta seguendo…

Renfred cattura Chise prima che questa possa eseguire l’incantesimo di purificazione sul Grumo. Lo stregone, che vede la ragazza come una povera creatura ingannata dalle fate, le rivela il triste destino che attende tutte le Sleigh Beggy.

Purificato il Grumo, Elias riporta a casa Chise, caduta in un sonno profondo. Mentre la ragazza si trova nella foresta per recuperare le forze, giunge da Tír na nÓg Titania, la Regina delle Fate.

Risvegliata dal suo sonno, Chise inizia a studiare la magia. Mandati dalla Chiesa a indagare sull'apparizione di un Black Dog, Chise ed Elias si trovano di fronte a un macabro spettacolo. Mentre Elias indaga su quanto accaduto, Chise si trova di fronte uno strano ragazzo dai capelli neri come la notte e gli occhi rossi come il fuoco. Nel frattempo anche Alice, la discepola di Renfred, si mette sulle tracce del Black Dog.

L’attacco a sorpresa di Cartaphilus, scatena l’ira di Elias, che assume la sua vera e mostruosa forma. Mentre è priva di sensi, Chise vede in sogno il passato del Black Dog.

Due settimane dopo la conclusione dell’ultimo incarico affidato loro dalla Chiesa, Elias continua a rimanere chiuso nelle sue stanze. Mentre si trova fuori casa con Ruth, Chise incontra Angelica, venuta a trovarla per assicurarsi che stia bene.

Chise e Selkie salgono a bordo del dorso di un drago per incontrare Lindel, per farsi realizzare il bastone da mago. Frustrato dall'accettazione da parte di Chise del fatto che lei fosse tenuta come animale domestico da Elias, descrive la volta in cui ha trovato Elias nell'oscurità. Nel frattempo Elias, che era rimasto a casa da solo, riceve una lettera dal collegio di uno stregone.

Elias, è uno strano fallito che finge di essere umano, ma è a causa delle parole del suo padrone, o a causa della sua sfiducia nei confronti degli umani, che ha smesso di comunicare di se stesso? Lo pseudonimo di Lindel, Echoes, si riferisce a una canzone simile al suono della neve sciolta, che viaggia attraverso il vento, provocando la fioritura dei fiori e la danza delle fate. La magia della canzone si trasforma in uno specchio in cui Chise scruta la superficie dell'acqua. Cosa vede oltre lo specchio?

Lindel finisce il bastone che Chise aveva finito di intagliare. Quando finisce, incontra un vecchio amico, che le offre alcuni saggi consigli.

Chise ed Elias sono nel bel mezzo della tosatura dei Wooly Bugs, creature magiche che mangiano il freddo dell'aria e coltivano lana con proprietà magiche. Chise si distrae e viene attaccato. Mentre Chise si riprende, lei ed Elias si aprono di più l'uno con l'altro.

Con Chise trasformata in una volpe, scappa correndo nel bosco. Elias la insegue. Più tardi, Chise riceve la visita del Leanan sídhe, che è attaccato a Joel, sostenendo che Joel non si sveglierà.

Con Re Oberon che porta Chise nel regno delle fate per riprendersi, Silke si agita mentre aspetta a casa. Chise si riprende lentamente sotto le cure della dottoressa Shanon, una fata cresciuta come umana.

Il Natale si avvicina. Alice invita Chise a Londra, dove escono insieme e vanno a comprare regali per Renfred ed Elias.

Stella fa visita a Chise con il pagamento dei dolci. Elias, irritato e geloso di Stella, scappa. Chise lo trova nascosto nell'ombra ma si preoccupa mentre la trattiene e sembra volerla mangiare.

Nella terra dei draghi due giovani draghi vengono rapiti a Lindel da Cartaphilius. Chise si risveglia da un sogno oscuro e trova Alice, Renfred, Adolf e l'amministratore del college Tory Innis a casa di Elias. Spiegano che Cartaphilius ha rubato i due draghi usando un dispositivo di teletrasporto che ha rubato a Renfred e vogliono che Elias trovi i draghi e li porti a casa.

Mentre il drago si scatena, Elias dice a Chise che devono assorbire la magia del drago per fermarlo. Ciò lascia Chise in una situazione difficile poiché Elias non è in grado di aiutare.

Elias e Chise partecipano alla riunione della congrega di Mariel e incontrano Phyllis, l'alta sacerdotessa di Mariel. Segretamente, Elias riceve informazioni che potrebbero aiutare Chise. Dopo l'incontro, Chise diventa sospettoso delle attività di Elias.

Dopo aver catturato Chise, Cartaphilus inizia a innestare parti di lei su se stesso. La costringe a rivivere alcuni dei suoi peggiori ricordi.

Elias si guadagna l'aiuto di molti e formano un gruppo di ricerca per Chise. Nel frattempo, Chise e Cartaphilus rivivono insieme il suo passato.

Cartaphilus e Chise discutono sui rispettivi approcci per affrontare la propria sofferenza, picchiandosi brutalmente a vicenda nel processo