Adolf vient proposer à Chise de rejoindre une école où l'intégralité des élèves et des professeurs sont liés à la magie. Bien que cela remonte de mauvais souvenirs en elle, Chise souhaite découvrir de nouvelles sensations pour mieux réagir vis-à-vis de son entourage, et notamment d'Elias, prêt à l'accompagner en tant que tuteur.

Chise intègre le Collège rassemblant de jeunes magiciens, mais en tant que sorcière. Elle y fait la rencontre de plusieurs élèves particuliers, dont Philomela, Veronica et Rian, le plus énigmatique et fasciné par les capacités de Chise.

Chise fait la connaissance de la plupart de ses camarades qui ont chacun leur particularité, notamment Rian, qui tient plus que tout à apprendre la sorcellerie. Mais son odeur de rouille, détectée par les créatures, ne semble pas lui offrir cette possibilité.

Chise passe du bon temps avec Elias et Stella loin du Collège, et fait la rencontre de Rabab, une personne connaissant très bien Elias.

Chise poursuit ses journées au Collège, et fait la connaissance de Lucy Webster, ainsi que de ses camarades, notamment Zoey Ivy, qui semble se méfier de Chise comme de la peste.

Chise passe la nuit auprès d'Alice, perturbée par une conversation entendue entre son maître Renfred et Elias. La nature des relations qu'elles entretiennent avec leurs mentors semblent perturber les jeunes filles.

Chise et Elias se font à la vie au Collège, tandis que Philomela, toujours un peu à l'écart des autres élèves, est convoquée par sa famille.

Chise est en binôme avec Lucy pour la session de camping. Elias tient absolument à accompagner sa protégée, mais celle-ci souhaite uniquement être observée. Est-ce une si bonne idée, alors que les jeunes filles vont rencontrer des tas de créatures nouvelles ?

Durant le camp en forêt, Lucy a été vidée de son énergie magique et demeure inconsciente. Chise, à son chevet, semble découvrir ce qui se cache derrière la tragédie des Webster.

En veillant sur Lucy, Chise découvre son lien avec Seth et l'histoire tragique de leur famille. Tandis qu'un professeur semble avoir été victime d'un utilisateur d'un livre interdit, un mystérieux tueur semble refaire surface…

Elias et Chise découvrent que Simeon comme Lucy ont leur magie en permanence absorbée, sans savoir où. En étant cette fois-ci observatrice des problématiques, Chise se rend mieux compte de son comportement vis-à-vis de ses proches.

L'heure est aux explications familiales, que ce soit entre Lucy et son frère, ou Alice et Renfred. Le Collège traverse par ailleurs une période compliquée où d'autres magiciens semblent vouloir nuire aux nouveaux élèves.

Suite aux diverses attaques mystérieuses, la directrice décide d'empêcher toute venue et départ du Collège. C'est dans ce contexte que Chise et ses camarades rencontrent Fabio Zaccheroni, un professeur suppléant peu commode.

Philomela est dans un état très affaibli et se fait assister par Alcyone et tous ses camarades. En parallèle, Mariel et Isaac sont à la recherche du grimoire perdu.

Le Collège est toujours confiné et ravive les tensions entre jeunes élèves, notamment entre Rian et Philomela qui se connaissent depuis des années. En parallèle, un mystérieux rhume semble se propager.

La classe de Chise se lance dans un test de courage au sein du Collège. Les binômes formés permettent de briser certains tabous entre les camarades au destin familial particulier.

Tandis que Philomela s'isole de plus en plus, les victimes du grimoire interdit augmentent au sein du Collège pourtant à huis clos, jusqu'au moment où Chise croise une victime qui semble convoiter son énergie magique.

Rian cherche désespérement à approcher Philomela qui s'est enfermée dans sa chambre. Chise cherche également à la rassurer et à lui venir en aide, mais l'affaire du grimoire au sein du Collège toujours à huis clos prend une dimension de plus en plus angoissante.

Philomela est la fameuse coupable en possession du grimoire et a pris une forme difficile à combattre pour l'ensemble du personnel du Collège, prêts à en découdre avec elle. Chise veut absolument lui venir en aide et la sauver, contre l'avis du corps professoral.

Chise a décidé de partir au manoir des Sargent pour sauver Philomela, mais la voilà confrontée à une déesse bien étrange. En parallèle, Alcyone semble petit à petit se souvenir des parents de Philomela.

Au travers de plusieurs flashbacks, on découvre les véritables souhaits de Lizbeth, la grand-mère de Philomela. Comment Chise et ses amis vont-ils pouvoir sauver cette dernière ?

Chise est parvenue à sauver Philomela des griffes du grimoire et de sa grand-mère, qui invoque à son tour un dieu que Elias, Chise et leurs amis vont devoir vaincre. Mais Alcyone, le garde du corps de Philomela, semble avoir un dernier sortilège en elle.

Le combat opposant Lizbeth à Chise et Philomela se poursuit. À cause des multiples convoitises autour du grimoire, le situation se complique : Chise et ses amis vont-ils s'en sortir ?