羽鳥智世受邀前往魔術師學院生活，艾利亞斯也陪同前往成為臨時教師，不過阿道夫一開始帶他們參觀學院的醫療室，他們兩人就被迫分開行動，智世要獨自去面對陌生的環境…

羽鳥智世在雅麗絲的帶路下來到教室，魔法課程的老師是變身的艾利亞斯，雖然智世示範魔法的過程得心應手，後續的發展卻讓其他學生上了一堂震撼教育…

智世剛到學院裡就認識了很多同學和老師，陌生又熱鬧的學院環境讓她感到疲憊和不安，直到回到和艾利亞斯的家園之後才放鬆下來，不料卻在採收完南瓜和來訪的史帖拉回家途中，又突然置身未知的地方…

智世和艾利亞斯在結束學院一天的課程之後回家度過平凡的家庭生活，智世卻瞬間被召喚到艾利亞斯的老師喇合小姐住處，讓智世更加了解艾利亞斯的過去，第二天他們再經由快速卻危險的“密道”前往學院…

回到學院房間的智世意外地感受到露西的善意，又在無意間聽茉莉提起露西家族韋伯斯特的悲劇，接著又遇到佐伊．埃比對她的無視和憤怒，這一連串的事讓智世在學院的生活充滿未知的挑戰…

在智世尋問艾利亞斯為何想要自己當他的新娘時，雅麗絲也對師父雅麗絲把自己當成女兒的關係感到不滿，雅麗絲跟智世道出自己的煩惱，智世同時也整理出自己和艾利亞斯的關係…

智世第一次上學院的體育課程，透過課程讓她知道體能訓練的重要性，不過接下來是更大的挑戰“野外求生術課程”，他們被安排前往蘇格蘭露營，學習如何在不用魔術的情況下在大自然中生活…

智世和學院的同學們來到外地開始露營的實習課，擔心智世的艾利亞斯也變出分身如影隨行，白天智世看見了許多善良的鄰居，不料夜晚就出現了來者不善的不速之客，智世的室友露西因此魔力枯竭…

由於露西．韋伯斯特在露營實習課中昏倒後就昏迷不醒，學院通知她的哥哥前來。就在此時圖書館發現有一本禁書腐朽，懷疑有人把禁書掉包成偽書，而這一切似乎和韋伯斯特家的悲劇有關…

由於露西昏迷不醒學院通知她的哥哥賽斯前來，智世才得知他們的關係，隨後露西也終於甦醒。但是當年襲擊他們韋伯斯特家族的兇手又出現了， 智世為了救他們兄妹，只好帶他們逃進危險的密道…

露西雖然有醒過來，卻因為還有不明的力量不斷吸走她的魔力又陷入昏睡，當她再次甦醒實，竟然急著要去廢棄塔做採集的打工，智世和佐伊等人為了阻止她，自告奮勇代替她去採集…

智世他們代替露西前往廢棄塔採礦，未料被偽裝成帶隊者的札凱羅尼帶進危險的地方，幸好最後平安離開廣棄塔，他們一回到學院就遇到了校長，意外得知菲洛美拉她…

學院的襲擊事件頻傳，校長決定在物理上及魔術上封鎖學院，這代表外部的人無法進入，老師和學生們也無法出去。學生還得接受新的必修科目的訓練，智世他們第一堂課就受到了震撼教育…

學院封鎖之後，智世和同學們的相處更加密切，讓她更關心菲洛美拉的身心狀況。另一方面，學院校長雇用兩名魔女去尋找失蹤的魔術書，卻從她們的調查信中得知那本可怕的魔術書竟然…。

學院封鎖後學生們就只能待在學院裡讀書，不過有人想到了一種遊戲讓大家轉換心情，然而就在進行遊戲時，李安又對菲洛美拉的態度十分不滿，智世則對菲洛美拉感到更加不捨…

在紫羅蘭的主導下，學院裡的幾個學生來參加試膽大會，他們這次要到七個有傳出靈異故事的地點蓋章後，就到終點的天文台。兩人一組走在學院時，他們也紛紛說了一些心裡話…

最近送往醫護室的學生劇增，校長不得不公告有犯人偷走禁書襲擊學生之事，但是現階段仍然沒抓到還在學院裡的犯人，學生們因此感到焦慮和不安，也有許多不同的意見…

校長宣佈學院繼續封鎖，這表示師生們必須在學院過聖誕節，然而就在聖誕節派對這天，原本一直臥病在床的菲洛美拉在吞下智世親手做的護身符後…

偷走魔術書吸取大家魔力的犯人，唯一要求是開放學院讓他離開，智世擔心對方會因此徹底崩壞，急著追上去。雖然校長阻擋，但艾利亞斯支持智世並和他一起離開，同時露西也決定要跟著去…

阿爾庫俄涅回想起菲洛美拉的父母以及她年幼時的往事，更為現今的她感到心痛…另一方面，智世為了去宅邸救人，不惜召喚神靈進行一場腥風血雨的殺戮戰爭…

在佐伊擋下人狼的阻擋後，智世一行人總算到達了菲洛美拉所在之處，但是阿爾庫俄涅只允許智世及艾薩克和露西三個孩子上去找她，菲洛美拉在攻擊智世後，記憶的片段四處分散…

祖母要把菲洛美拉當作祭品，利用她收集的魔力和繼承的血脈來召喚回自己的兒子，也就是菲洛美拉的父親亞當。誰會對她伸出援手，並且破解祖母設下的魔術陣呢…

智世他們成功救回差點成為祭品的菲洛美拉，因此惹怒了她的祖母莉茲貝絲。然而它卻有出乎眾人意料之外的舉動，即使是女神也無法收拾，唯有人類之子才能結束這一切…。