Джокер предаёт Харли Квинн и та попадает в руки Бэтмена, а затем и в лечебницу Аркем. Тем не менее, девушка по-прежнему влюблена в Джокера и ежедневно ждёт, что тот вот-вот спасёт её. Больницу ей удаётся покинуть лишь через год при помощи Ядовитого Плюща. Ядовитый Плющ использует Загадочника, чтобы открыть девушке глаза на Джокера. Харли Квинн рвёт со своим бывшим возлюбленным. Она меняет свой образ и избавляется от костюма арлекина. Теперь Харли Квинн собирается стать самостоятельным суперзлодеем Готэма и попасть в злодейскую организацию «Легион Смерти».

Харли Квинн отправляется на бар-мицву племянника Пингвина, поскольку на мероприятии будут присутствовать члены «Легиона Смерти». Она пытается впечатлить их, ограбив сейф, но тот оказывается муляжом, приготовленным для племянника Пингвина. Тем временем ради шутки Кайтмен распыляет феромоны Ядовитого Плюща на детей. Дети влюбляются в Плюща, а затем начинают превращаться в деревья.

Харли Квинн пытается собрать команду приспешников, но никто не хочет с ней работать, поскольку её никто не воспринимает всерьёз. В конечном итоге с ней соглашается сотрудничать Доктор Психо, от которого другие злодеи отвернулись из-за его женоненавистничества. Попутно к команде Харли присоединяется Глиноликий. Первым делом новоиспечённая команда грабит особняк Макси Зевса.

Харли Квинн попытается найти себе заклятого врага среди хороших супергероев.

Харли и команда грабят компанию Брюса Уэйна. Ограбление проходит не по плану и Глиноликий теряет руку. Рука попадает в руки полицейских и заводит дружбу с комиссаром Джеймсом Гордоном, который сейчас очень переживает из-за холодности к себе со стороны Бэтмена. Ядовитый Плющ и Доктор Психо тем временем пытаются разыскать анонима из сети, который распускает о них сплетни.

Чтобы впечатлить «Легион Смерти» Харли Квинн собирается выкрасть из лаборатории машину управления погодой, которую сами члены «Легион Смерти» похитить не смогли. Для этого сложного дела Харли освобождает из заточения Королеву Сказок. Королева на деле оказывается слишком жестокой. Она без зазрения совести убивает невинных людей направо и налево, что не нравится Харли. Ядовитый Плющ в это время идёт на свидание с Кайтменом.

Харли и команда похищают сокровища из подводного музея Атлантиды, а благодаря помощи Ядовитого Плюща, справляются и с Акваменом. «Легион Смерти» приглашает Харли в свои ряды. На этой почве у Плюща и Харли начинается конфликт. В это время под злодейским логовом Харли Квинн обнаруживается огромный монстр со щупальцами.

В «Легионе Смерти» Харли Квинн приходится постоянно пересекаться с Джокером. В какой-то момент ей начинает казаться, что их отношения снова налаживаются и на время она забывает об остальных своих друзьях. Остальная команда Харли переживает, что в «Легионе Смерти» они превратились в мальчиков на побегушках и должны выполнять поручения других злодеев, в том числе Бейна. Ядовитый Плющ тем временем хочет разрушить фабрику, которая вредит окружающей среде, но ей нужна помощь.

Харли Квинн осталась совсем одна. Её команда оставила её, а Айви куда-то пропала. В этой ситуации девушка решает навестить родительский дом, где живёт её мать. Там она встречает и своего отца, который уже вышел из тюрьмы и с которым с юности у неё конфликт. В прошлом он задолжал много денег играя на тотализаторе и Харли из-за него пришлось отказаться от своей мечты в гимнастике. Ядовитый Плющ всё это время находится в плену, её похитителем оказывается Пугало.

Невзирая на свои прошлые обиды команда Харли воссоединяется, когда узнаёт, что Айви попала в беду. Выясняется, что Пугалу были нужны феромоны Ядовитого Плюща для создания на их основе биологического оружия. Харли же с удивлением узнаёт, что для Айви она является основным страхом. Невзирая на отчаянную борьбу, биологическое оружие попадает в атмосферу и заражает деревья, которые сходят с ума и начинают нападать на людей.

С обезумевшими деревьями справляется «Лига Справедливости», с которой в свою очередь расправляется Королева Сказок. Харли же вместе с её командой она при помощи бобового стебля забрасывает на облако в логово великана. Вернуться обратно в Готэм им помогает Кайтмен. Теперь Харли Квинн собирается разрушить штаб-квартиру «Легиона Смерти», чтобы покончить с этой организацией раз и навсегда, но неожиданно её опережает Джокер. Выясняется, что именно он стоит за всеми разрушениями в городе. Ядовитый Плющ выпивает заражённую воду, чтобы мутировать и увеличиться в размерах, однако Джокеру удаётся проткнуть её гигантским флагштоком.

Чтобы одолеть Джокера Харли Квинн объединяется с Бэтменом, но из этого ничего не выходит. Джокер берёт в плен, как Бэтмена, так и всю команду Харли, кроме неё самой. Тем не менее, подчинив себе Готэм, Джокер начинает скучать. Харли Квинн сдаётся ему в обмен на спасение жизней членов своей команды, которых тот собирается казнить. Выясняется, что Джокер по-прежнему любит Харли и чтобы избавиться от этого чувства он решает снова сбросить её в кислоту, чтобы таким образом сделать её «обычной». Харли неожиданно спасает Ядовитый Плющ, которая восстала из мёртвых при помощи сил природы, перемешанных со слезами самой Харли. Джокер отправляется в чан с кислотой, Бэтмен пропадает, а Готэм лежит в руинах.