Au début du XVIe siècle, le Japon est une société guerrière dirigée par des samouraïs et leurs chefs de guerre daimyo. Lorsque les marchands portugais arrivent en 1543, ils sont les premiers Européens à mettre le pied au Japon. Les missionnaires ont rapidement entrepris de convertir la nation au christianisme. La même année, un samouraï nommé Tokugawa Ieyasu est né dans une famille de daimyo de rang inférieur. Pour prouver la loyauté de sa famille envers leur seigneur de guerre au pouvoir, Ieyasu est donné en otage, et il le reste pendant la majeure partie de son enfance. Lorsqu'il est enfin libéré, Ieyasu reprend le domaine de sa famille et s'allie aux dirigeants les plus puissants du Japon: Oda Nobunaga, et son successeur, Toyotomi Hideyoshi. Lui attribuant un petit village de pêcheurs nommé Edo, plus tard connu sous le nom de Tokyo, Hideyoshi fournit à Ieyasu un vaste territoire à gouverner. Mais les deux sont des alliés inquiets. Sur son lit de mort, Hideyoshi place Ieyasu aux commandes jusqu'à ce que son véritable héritier et fils Hideyori soit en mesure de régner. Lorsque les rebelles daimyo défient son contrôle, les armées de Tokugawa Ieyasu les battent à la bataille de Sekigahara. La victoire apporte à Ieyasu le titre de Shogun. Hideyori est désormais le seul obstacle d'Ieyasu au contrôle total du Japon. En 1614, Ieyasu renonce à son allégeance à Hideyori et attaque le château d'Osaka, massacrant plus de 100 000 personnes. C'est le début d'une dynastie qui durerait plus de 250 ans.

Avec Ieyasu sous contrôle, la paix descend sur le Japon, et une nouvelle société basée sur l'éthique samouraï de l'obéissance et de la loyauté est établie. En 1600, William Adams devient le premier Anglais à mettre les pieds au Japon. Impressionné par les navires de commerce européens, Ieyasu demande à Adams de l'aider à construire sa propre flotte. Conscient que les Anglais n'ont aucun intérêt à convertir les Japonais au christianisme, Ieyasu décide d'expulser les Portugais et les Espagnols, qui combinent trop souvent le travail missionnaire avec le commerce. Lorsqu'il meurt à 72 ans, la vision d'Ieyasu d'un système de classe strictement contrôlé basé sur la règle des samouraïs est une réalité. Mais son petit-fils, Iemitsu, gouvernera plus sévèrement. Sans guerre à mener, Iemitsu resserre le contrôle sur le pouvoir et le mouvement des daimyo et de leurs armées de samouraïs agités. Bien que des missionnaires étrangers aient été expulsés, Iemitsu craint toujours l'influence du christianisme. En 1637, des paysans appauvris et des chrétiens persécutés explosent de colère lors de la rébellion de Shimabara, et des milliers de personnes meurent. Afin d'éviter de nouvelles dissensions résultant d'une influence étrangère, Iemitsu ferme le Japon au monde occidental. Il faudra plus de 200 ans avant que la nation n'ouvre à nouveau ses portes.

En 1690, le Japon est une nation complètement isolée du monde extérieur, à l'exception d'une petite communauté de commerçants néerlandais. Parmi eux se trouve le docteur allemand Englebert Kaempfer, dont les écrits fournissent des informations précieuses sur la vie quotidienne au Japon. La culture et le commerce fleurissent. Mais les chefs de guerre daimyo au pouvoir et leurs armées de samouraïs continuent de s'agiter. Le Shogun Tsunayoshi est un produit des deux classes. Sous son règne, l'art et l'éducation excellent et les «lois de la compassion» sont introduites. Samouraï, geisha, courtisanes, marchands, écrivains et acteurs sont attirés par Edo, et les classes commencent à se mélanger. L'intérêt du Japon pour la science occidentale augmente, ce qui rend la politique d'isolement plus difficile. En 1853, Mathew C. Perry navigue sur des navires américains dans la baie d'Edo et demande une ouverture officielle de la nation. Réalisant que la résistance est vaine, les Japonais négocient des traités avec les États-Unis et d'autres pays occidentaux. Dix ans plus tard, la classe des samouraïs est dissoute et le shogunat Tokugawa prend fin. Après 265 ans d'isolement, l'ère moderne du Japon a commencé.