Kanami et Mai, deux jeunes collégiennes de l'académie Minoseki, sont désignées comme représentantes pour le prochain tournoi réunissant l'élite des prêtresses du sabre. Elles devront y affronter les étudiantes des quatre autres grandes académies.

Après l'incident de la finale, Kanami et son adversaire Hiyori sont en fuite. Yukari Origami et sa Garde personnelle est sur leurs traces. Hiyori dévoile un immense complot.

Une ancienne élève de l'académie Minoseki vient en aide aux deux fugitives. Elles sont traquées par une adversaire du tournoi, dont l'attitude semble avoir radicalement changé sans raison.

Toujours en fuite, Hiyori et Kanami voient leurs chemins se séparer, jusqu’à ce que Kanami soit rattrapée par Kaoru et Hélène, deux sœurs de l’académie Osafune.

Après une embuscade, Kanami et Hiyori se retrouvent face aux deux membres de la Garde personnelle, Maki Shidô et Suzuka Konohana. Kaoru révèle son lien avec les Aradama.

La Garde tente de soutirer des informations à Hélène au sujet de Kanami, Hiyori et Kaoru. Les filles, elles, doivent affronter une Lame redoutable qui tire sa force de la Souillure…

Quand Sayaka prend conscience qu'elle pourrait à jamais être annihilée, elle décide de prendre la fuite. Yukina se lance à sa poursuite, mais se heurte à la Garde, qui refuse de l'aider. Kanami et les autres Lames font la connaissance de Richard Friedman, le fondateur de Mokusa.

Les filles font la rencontre d'Akane Origami, la sœur cadette de Yukari, qui leur livre le récit de son combat aux côtés de leurs mères le jour de la catastrophe du grand Aradama, vingt ans plus tôt.

Les Lames suivent leur entraînement à Mokusa. Friedman invite les filles à un festival au cours duquel la Souillure est vénérée. Mais l'étau de la Garde personnelle se resserre, et la confrontation devient inévitable.

Les forces de l'ordre dirigées par Yukari Origami ont sécurisé trois des écoles et désarmé les élèves. Les Lames et les membres de Mokusa préparent leur attaque contre Origami alors que la menace d'une nouvelle catastrophe est imminente.

Les Lames s'apprêtent à pénétrer dans l'enceinte du domaine des Origami, où se trouve la chef de famille. Mais la Garde se dresse sur leur chemin, et alors que l'affrontement fait rage, la force des membres de la Garde semble surpasser celle de Kanami et ses amies.

Un combat féroce oppose Kanami et Hiyori à Yukari Origami dans son antre. Kanami semble avoir trouvé une parade à la clairvoyance de Yukari, mais celle-ci se laisse envahir par la présence de son Aradama. Les Lames doivent alors plus que jamais unir leurs forces face à la catastrophe imminente qui les menace.

Quatre mois ont passé depuis l'incident de Kamakura, où une partie de la Souillure de Tagitsuhime est retombée sur terre, donnant lieu à de nombreuses apparitions d'Aradama. Kanami et Sayaka font la rencontre des nouvelles cadettes. La section des Sabres s'intéresse à une mystérieuse affaire de vol de Souillure.

Mai retourne auprès de sa famille pour accueillir ses parents, revenus au Japon. Son père l'emmène visiter son nouveau laboratoire de recherche sur la Souillure, et lui demande de cesser ses activités de Lame pour y travailler. Mais un incident oblige Mai à accomplir son devoir de Lame…

Kaoru se voit diriger une équipe de Lames pour enquêter sur la présence d'un Aradama à Gunma. Les sources chaudes y foisonnent, et l'équipe profite du voyage pour se détendre. Sayaka apprend à voir les Aradama sous un nouveau jour.

L'une des Lames encapuchonnées a été identifiée, mais la seconde reste un mystère pour Kanami et ses amies. Akane emmène Kanami et Hiyori voir la réponse de leurs propres yeux.

À la surprise de Hiyori, Akane annonce qu'elle emmène les Lames rendre visite à Yukari, maintenant débarrassée de l'emprise de Tagitsuhime. Ensemble, elles vont à la rencontre de la seconde entité issue de Tagitsuhime : Ichikishimahime.

La directrice Takatsu a accompli son projet de création de la nouvelle Garde rapprochée de Tagitsuhime, constituée de jeunes Lames dociles. Le combat entre les deux camps étant imminent, Akane et son groupe tentent désespérément de rallier Takirihime à leur cause.

Tagitsuhime n'entre toujours pas en action, une semaine après son affrontement avec Takirihime. Alors que la confusion règne parmi les Lames, Tagitsuhime finit par dévoiler son intention de discréditer les Lames aux yeux de la nation tout entière.

Yukari Origami et Ichikishimahime sont poursuivies par Tagitsuhime et sa Garde, et la section des Sabres part les protéger. Ichikishimahime doit recourir à une solution désespérée pour tenter de sauver sa seule amie.

Hiyori a désormais fusionné avec Ichikishimahime et doit apprendre à maîtriser ses nouveaux pouvoirs en vue de son prochain face-à-face avec Tagitsuhime.

Tagitsuhime est parvenue à se connecter à son corps dans l'au-delà. Les Lames sont profondément affectées par la perte de leur camarade, mais Kanami, elle, montre une attitude frivole qui inquiète ses amies.

Deux mois se sont écoulés depuis la disparition de Kanami et Hiyori. Piégées dans l'au-delà, les fantômes du passé semblent détenir la clé pour permettre leur retour dans le monde réel.