Abril. El estudiante de segundo año de secundaria, Arato, tenía una vida ordinaria que compartía con sus amigos Ryo y Kengo. Hasta esa noche. Cuando iba camino a casa de hacer compra, Arato es atacado por una hIE dañada, pero una hermosa hIE llamada Lacia lo rescata.

Luego de vincular un contrato de propiedad con Arato, Lacia se va a vivir con los Endo. La hermana de Arato, Yuka, ha aceptado a Lacia y hasta la inscribe en una audición de modelaje de hIE. Mientras, Arato no puede ocultar su aprensión por vivir con alguien que parece ser una chica hermosa de su edad.

A pesar de su conocimiento del hackeo análogo, Arato no puede evitar sentirse atraído por Lacia. En medio de todo esto, Lacia es "secuestrada" frente a Yuka. Arato está molesto con la policía y su falta de voluntad para tratar esto como algo más que un robo de propiedad, por lo que obtiene la ayuda de Ryo y Kengo para investigar por su cuenta.

Kouka, la violenta hIE que se hace llamar a sí misma la primera hermana de Lacia. Con su control sobre la red de anticuerpos, planea llevar a cabo un aterrador acto de terrorismo. Cuando Arato descubre que su plan pone a Kengo en peligro, se dispone a rescatarlo con la ayuda de Lacia.

Arato llega al centro de promoción industrial, que es el objetivo del ataque terrorista de la red de anticuerpos. Sube las escaleras, y ve a la androide política creada por su padre, Mikoto, lo cual lo inquieta. Poco después, la unidad terrorista liderada por Kouka, al igual que otra hIE de clase Lacia llegan a la escena. ¡Una gran batalla está por desatarse!

La vida de Arato ha cambiado dramáticamente desde que conoció a Lacia. Estaba la emoción de vivir juntos, junto con la experiencia de ser el propietario de un HIE de alto funcionamiento. Si bien hubo incidentes como su secuestro, hubo otros en los que voluntariamente se lanzó al peligro con la ayuda de Lacia. Y ahora nuestra historia está a punto de avanzar a la siguiente etapa.

Arato logra rescatar a Kengo de la calamidad en el centro de promoción industrial. Sin embargo, incluso después de volver a la vida normal, se encuentra consumido por los misterios cada vez más profundos. Mientras tanto, en la Corporación Memeframe, una disputa entre facciones se intensifica. Dentro de la agitación, el Methode de HIE de clase Lacia está a punto de hacer que se mueva.

Lacia tiene un nuevo concierto de modelaje. Es una imagen comercial para promover un nuevo tipo de relación entre los HIE y los seres humanos, una en la que las personas ven a los HIE del sexo opuesto como una pareja igual.

Habiendo hecho un contrato con Shiori, Methode repentinamente ataca a Lacia mientras ella está filmando un comercial. Como las circunstancias que rodean a Arato y Lacia están a punto de cambiar dramáticamente, un nuevo estudiante transferido llega a la escuela secundaria de Arato. Erica Burrows, la princesa durmiente nacida en el siglo XXI que acaba de despertar de una animación suspendida, y Arato siente animosidad en ella.

Shiori pone en marcha su plan. A este ritmo, Arato perderá la propiedad de Lacia. "Sr. Arato, por favor permítame estar con usted". Esta inesperada petición de Lacia mueve a Arato, y él se dirige al Aeropuerto Internacional de Chubu para detener a Shiori.

Kouka, Snowdrop, Methode ... Conocidos colectivamente como Cajas Rojas, ¿qué aportó el alto desempeño de estos HIE de clase Lacia a la relación de Arato y Lacia, y qué está por venir? Lento pero seguro, el mundo de Arato está empezando a cambiar.

A Arato se le dan dos semanas de suspensión después de que la pelea entre Methode y Lacia lo deje pagando 4.5 millones de yenes por los daños que causaron. Para disculparse con su padre, Kozo, quien se ofreció a pagar la mitad de los daños, Arato lleva a Lacia, Yuka y Ryo a Tsukuba, donde se está llevando a cabo un experimento a gran escala de HIE.

Methode secuestra a Yuka justo en frente de Lacia. Arato y Ryo se dirigen a rescatarla, pero en su camino están todos los HIE de la ciudad experimental que han sido infectados por Ginga Watarai para actuar como zombies. Para lograr que los HIE recuperen el control, Arato y Ryo se dirigen al centro de administración, pero ...

La muerte de Ginga Watarai pone fin al incidente en la ciudad experimental. Durante todo el caos, Arato había revelado sus sentimientos a Lacia, que ella aceptó. Yuka tiene sentimientos encontrados acerca de este nuevo acoplamiento repentino dentro de su hogar. Mientras tanto, la policía de seguridad y los maestros de la clase de Lacia comienzan a responder a la situación siempre cambiante.

Después de ser convocada por Erika a la finca Burrows, la pelea de HIE de clase Lacia entró en la siguiente fase. Mientras cada uno de ellos contemplaba su próximo movimiento, Kouka sintió su posibilidad de que un futuro se cerrara rápidamente mientras la policía de seguridad la perseguía como sospechosa en el ataque al Aeropuerto de Chubu.

Kouka lleva a cabo un ataque terrorista de la red de anticuerpos contra el Centro de Investigación de la Sociedad de la Próxima Gen por su cuenta. El abrumador poder destructivo de Kouka se transmite por todo el mundo, inspirando miedo y celo a las masas. Este era el camino de Kouka hacia su futuro.

Kengo es arrestado por la policía de seguridad en relación con las actividades terroristas de Kouka. Arato decide salvar a Kengo y le da la orden a Lacia. Siguiendo el plan que ha ideado, Arato se encuentra cara a cara con el PMC "HOO", El grupo militar responsable de destruir Kouka.

Afectada por la destrucción de Kouka, Snowdrop desarrolló sus propios planes, asumiendo el control de la subestación transformadora Mitaka para asegurar un suministro de energía constante y traer el desastre a los alrededores. Arato y Lacia intentan detenerla, pero Methode y Ryo se interponen en su camino.

Que es lacia ¿Alguna vez la humanidad podrá dar una respuesta? Una nueva era provocada por la inteligencia artificial altamente inteligente. Atrapado en medio de esta agitación, Arato toma la mano de Lacia con algunas reservas. ¿Sus decisiones conducirán al fin de la humanidad? ¿O el comienzo de un nuevo comienzo?

Se revela el secreto de Lacia. Arato no puede manejarlo y se aleja de Lacia. Defensivo por su cuenta, fue capturado por Ryo y Methode donde no podía hacer nada más que ver el monitor mientras Snowdrop esparcía sus semillas de destrucción.

Presionado por Shiori y Yuka, Arato decidió enfrentar a Lacia una vez más. Si su último pedido todavía estaba en su lugar, Lacia debería estar tratando de detener a Snowdrop. Con este pensamiento, Arato se dirige hacia Mitaka, un lugar que se ha transformado en un paisaje irreconocible por el poder de Snowdrop.

Han pasado dos meses desde los trágicos eventos en Mitaka. El mundo volvió a tener cierta apariencia de normalidad, y Arato y Lacia permanecieron en silencio mientras se preparan para lo que venga a continuación. Sin embargo, su breve período de felicidad se ve perturbado después de ser contactados por el súper inteligente AI Astraia.

Cambios sociales causados por la súper altitud AI. Con Arat y Lacyia como su principal lucha por sus consecuencias, la antigua generación de personas poderosas repetidamente hará discusiones feas para maximizar sus intereses. Solo Erica Burroughs, una de las participantes, estaba enojada con esa estupidez.