Abril. Arato está no segundo ano do ensino médio e leva uma vida normal, com os amigos Ryo e Kengo. Até aquela noite. Voltando para casa, ele é atacado por um hIE defeituoso, mas uma linda hIE chamada Lacia o salva.

Depois de assinar um contrato com Arato, Lacia veio morar com os Endo. Yuka, a irmã de Arato, aceita Lacia tão bem que até a inscreve num teste de modelos hIE. Enquanto isso, Arato não consegue esconder que está apreensivo por morar com uma garota bonita da idade dele.

Apesar de saber muito bem que invasões analógicas existem, Arato não consegue evitar a atração que sente por Lacia. Em meio a tudo isso, Lacia é "sequestrada" diante de Yuka. Arato fica chateado com a polícia e sua falta de disposição para tratar o caso como sequestro, não como roubo de propriedade, então pede a ajuda de Ryo e Kengo na investigação.

Kouka, a hIE violenta que se diz irmã de Lacia, aparece. Controlando a rede de anticorpos, ela planeja um ato terrorista horrível. Quando Arato descobre que o esquema de Kouka põe Kengo em perigo, ele vai salvar o amigo com a ajuda de Lacia.

Arato consegue salvar Kengo da calamidade no centro de promoção industrial. Mas, mesmo depois de voltar à vida normal, ele se vê consumido por mistérios cada vez mais profundos. Enquanto isso, na Memeframe, uma disputa entre facções toma proporções alarmantes. Na revolta, a hIE Methode está prestes a agir.

Lacia faz outro trabalho como modelo. É um comercial para promover um novo tipo de relacionamento entre hIEs e humanos - no qual as pessoas enxergam as hIEs do sexo oposto como parceiras. Na campanha, chamada de “Garoto conhece Garota”, Arato é surpreendido por esse conceito ousado de propaganda, que desafia a sociedade.

Após ter um contrato com Shiori, Methode ataca Lacia durante a filmagem de um comercial. Quando as circunstâncias entre Arato e Lacia estão prestes a mudar de novo, uma nova aluna chega à escola de Arato. Ela é Erica Burrows, a Princesa Adormecida que nasceu no Século 21, e acabou de acordar. Arato sente hostilidade da parte dela.

Shiori coloca o seu plano em ação. A esta altura, Arato perderá a propriedade de Lacia. "Sr. Arato, por favor, deixe-me ficar com você." Este apelo inesperado de Lacia sensibiliza Arato e ele se dirige ao Aeroporto Internacional Chubu para deter Shiori.

Arato é suspenso por duas semanas, após a briga entre Methode e Lacia deixá-lo com uma dívida de 4.5 milhões de ienes, devido aos prejuízos causados. Para se desculpar com o seu pai, Kozo, que se ofereceu para pagar a metade dos prejuízos, Arato leva Lacia, Yuka e Ryo para Tsukuba, onde um grande experimento hIE está sendo feito.

Methode sequestra Yuka diante de Lacia. Arato e Ryo vão resgatá-la, mas no caminho se deparam com todos os hIEs da cidade experimental que foram infectados por Ginga Watari para agirem como zumbis. Para que os hIEs recuperem o controle, Arato e Ryo vão ao centro administrativo, mas...

A morte de Ginga Watarai põe fim ao incidente na cidade experimental. Durante a confusão, Arato se declarou para Lacia e ela correspondeu. Yuka fica confusa sobre o surgimento desse novo casal na família. Enquanto isso, a polícia e os mestres da classe Lacia começam a reagir às mudanças constantes.

Após terem sido trazidas por Erika à propriedade dos Burrow, a luta das hIEs Classe Lacia entra em outra fase. Enquanto cada uma delas pensava no próximo passo, Kouka viu a porta do seu futuro fechando-se, já que ela estava sendo perseguida pela polícia como suspeita pelo ataque ao Aeroporto Chubu.

Kouka executa, por conta própria, um ataque terrorista da rede de anticorpos contra o Centro de Pesquisa da Sociedade Nova Geração. O esmagador poder destrutivo de Kouka é espalhado ao redor do mundo, gerando medo em massa. Este foi o caminho de Kouka para o futuro.

Kengo é preso pela polícia vinculado às atividades terroristas de Kouka. Arato decide salvar Kengo e dá a ordem à Lacia. Seguindo o plano que ela concebeu, Arato se vê cara a cara com o PMC "HOO", o grupo militar responsável por destruir Kouka.

Afetada pela destruição de Kouka, Snowdrop adapta seus próprios planos, assumindo o controle da subestação de transformação de Mitaka para garantir um fornecimento de energia estável, levando o desastre aos arredores. Arato e Lacia tentam detê-la, mas Methode e Ryo ficam no caminho deles.

O segredo de Lacia é revelado. Arato é incapaz de lidar com isso e se afasta de Lacia. Indefeso e por conta própria, ele é capturado por Ryo e Methode, onde ele não pode fazer nada, a não ser assistir pelo monitor enquanto Snowdrop espalha as sementes da destruição.

Pressionado por Shiori e Yuka, Arato decidiu encarar Lacia mais uma vez. Se a sua última ordem ainda estivesse em vigor, Lacia deveria estar tentando impedir Snowdrop. Com este pensamento, Arato se dirige à Mitaka, um lugar transformado em uma paisagem irreconhecível devido ao poder de Snowdrop.

Já se passaram dois meses desde os trágicos acontecimentos em Mitaka. O mundo voltou a ter uma aparência de normalidade. Arato e Lacia estão tranquilos, enquanto se preparam para o que quer que venha a seguir. Entretanto, o seu breve período de felicidade é perturbado após serem contatados pela hIE Astraia.

A Inteligência Artificial estimulou a sociedade a mudar. À medida que a luta em torno de Arato e Lacia se intensifica, os líderes da velha guarda discutem como poderiam maximizar seus próprios lucros. Entre os participantes, somente Erika Burrows expressa raiva diante da estupidez deles.

HIE Higgins, o coração da Memeframe, uma das chaves para o futuro da humanidade, e o criador de Lacia. Arato e Lacia atravessam uma gigantesca instalação subterrânea a fim de entrar em contato com Higgins. Lá eles encontrarão um futuro muito além da imaginação humana...

Mais uma vez, Methode aparece para ficar no caminho de Arato e Lacia na instalação subterrânea onde está Higgins. Eles também devem ter cuidado com Snowdrop que foi enviada lá por uma hIE rival. À medida que o conflito aumenta, Arato e Ryo tentam ao máximo cumprir seus deveres como representantes da humanidade.

Snowdrop aparece na instalação subterrânea como uma espécie de híbrido entre pássaro e pessoa, uma estranha nova criatura criada por uma hIE que não precisa mais da forma humana para existir. Lacia tenta invadir o sistema que armazena os controles de comportamento hIE a fim de deter Snowdrop. Os esforços dela determinariam o destino de toda a raça humana.

Arato e Lacia caminham em direção ao centro da instalação de armazenamento Higgins a fim de escolher um futuro. Os dois agem como um só, ajudando e apoiando um ao outro. Entretanto, danificada pela intensa batalha, Lacia não tem muito tempo restante...