Hiro, también conocido como 016, es un joven que se prepara en una academia para pilotar un FRANXX, un robot de enormes proporciones para luchar contra sus enemigos.

Aún no es capaz de creérselo, pero Hiro está convencido de que pudo pilotar el Strelizia junto a Zero Two, así que insistirá hasta que le dejen volver a intentarlo.

Ichigo todavía no ha superado el fracaso de la prueba de pilotaje junto a Hiro. Pero eso da igual, los muchachos tienen que seguir adelante con su trabajo.

La leyenda de Zero Two como asesina de compañeros no deja de crecer, sobre todo tras el incidente con Mitsuru. Pese a eso, Hiro sigue empeñado en subir a Strelizia con ella.

Tras la gran hazaña de Hiro a bordo de Strelizia, todos dan por hecho que es el piloto compatible, pero él guarda un secreto en su interior.

Se aproxima una verdadera horda de klaxosaurios dispuestos a destruirlo todo, y resulta que Hiro no está en condiciones de pilotear Strelizia cuando más falta hace.

Tras una durísima y compleja operación, los muchachos tendrán unos días de descanso que pasarán en la playa relajándose y alejándose del conflicto.

Debido a un incidente en la lucha contra un klaxosaurio, las chicas se enojan mucho con los chicos y no quieren saber nada de ellos.

Goro parece haberse dado cuenta de lo que siente realmente por Ichigo, aunque sabe perfectamente que es una batalla perdida.

Durante una salida a la ciudad, Zorome se separa del grupo y se encuentra por accidente con una adulta.

El pasado es una losa terriblemente pesada para Mitsuru, quien parece guardar un cierto rencor hacia Hiro.

Hiro y todos sus compañeros acuden a un sitio que conocen de su juventud. Allí tendrán que hacerles unas pruebas físicas para determinar su estado.

Tras saber que el pasado de Hiro y Zero Two tenía mucha importancia, se produce un acontecimiento que provoca que todos quieran evitar que vuelvan a verse.

Hiro y Zero Two se vieron obligados a separarse. Ese hecho tiene devastado a Hiro, que se ve incapaz de seguir viviendo, y si no lo remedia, la vida de Zero Two también correrá peligro.

Los muchachos han recuperado la normalidad tras la última batalla. Pero por ahora se encuentran encerrados y no pueden volver a su vida habitual.

Kokoro lleva mucho tiempo intrigada por algo que leyó en un viejo libro y se pregunta si podría llevarlo a cabo con Mitsuru, pero en ese instante aparece una visita inesperada.

Gracias a que Hiro lo comenta, Kokoro y Mitsuru están pensando en casarse, así que es el momento de hacer numerosos preparativos.

La historia vuelve al año 2025 para mostrarnos el origen de la inmortalidad de la humanidad y los klaxosaurios, entre otras cosas.

La humanidad se prepara para librar la batalla final contra los klaxosaurios haciendo uso de su nueva arma, pero de repente aparece la princesa klaxosaurio.

Con la llegada de los VIRM, la princesa klaxosaurio explica su situación y el origen de los que la humanidad trató como enemigos mucho tiempo. Con un enemigo común, las lealtades y los objetivos cambian por completo y los secretos se revelan.

Los chicos se encuentran en una situación terrible debido al desabastecimiento de comida y otras fuentes de energía, así que buscarán opciones para subsistir. Entretanto, Hiro solo puede ver a una distante Zero Two.

Hiro y los demás parten al espacio para rescatar a Zero Two. Allí tendrán que luchar sin cuartel hasta conseguir su objetivo.

Mientras Hiro y Zero Two siguen luchando en el espacio, los jóvenes que se quedaron en la Tierra se esfuerzan duramente por seguir con sus vidas.