Στην Ιαπωνία το έτος 2035, συμβαίνει ένα ατύχημα γνωστό ως "έκρηξη" κατά τη διάρκεια ενός ερευνητικού έργου, που δημιουργεί μια τεχνητή μορφή ζωής εκτός ελέγχου που ονομάζεται "Matter" που έχει εξαπλωθεί σε όλο το φαράγγι του Kurobe. Η ερευνητική πόλη που κάποτε χαιρέτιζε ελπίδα για την ανθρωπότητα είναι εγκλωβισμένη από την κυβέρνηση. Δύο χρόνια αργότερα, η 15χρονη Aiko Tachibana, η οποία έχασε την οικογένειά της στο Burst, μαθαίνει κάτι απίστευτο από την Yuya Kanzaki, μια νέα φοιτήτρια στο σχολείο της. Ένα μυστικό είναι κρυμμένο μέσα στο σώμα της και η απάντηση στο παζλ βρίσκεται στο «Πρωτεύον σημείο» που ήταν το κέντρο της έκρηξης. Το Aiko αποφασίζει να διεισδύσει στην περιορισμένη περιοχή, συνοδευόμενη από μια ομάδα δύτες και με τον Yuya ως οδηγό της. Όταν το αγόρι συναντά κορίτσι με τη μοίρα της ανθρωπότητας στα χέρια τους, ποια νέα αλήθεια θα φανεί στο φως