未認可地区。非合法の賭け試合に立つメガロボクサー・ジャンクドッグは、実力はありながら八百長で稼ぐしか生きる術のない自分の“現在”に苛立っていた。だがある日、その日常を壊す“運命”と出会う―肉体とギア・テクノロジーを融合させた究極の格闘技・メガロボクスを舞台に、男たちの熱い闘いが始まる！

リング上で向かいあう王者・勇利とジャンクドッグ。絶対的な力の差に不安を抱く南部贋作をよそに、ジャンクドッグは真の強者と闘う喜びに興奮を抑えきれないでいた。勇利から左手しか使わないというハンデを与えられながら歯が立たないジャンクドッグ。だがその拳は次第に鋭さと威力を増していき、ついに―。

ジャンクドッグは“ジョー”という名を手に入れ、メガロニアを目指し動き出すが、出場枠はたったの四つ。しかもランキング最下位のジョーをたった3か月でトップ圏内に食い込ませるという難題に南部は頭を悩ませる。強いギアを求めショップを訪れたふたりは、ストリートチルドレンのサチオたちと出会う。

ついに光り輝く公式戦のリングに立つジョーだったが、その姿に観衆は驚愕する。これこそが南部の考えた秘策。対戦相手のシャーク鮫島はその姿を挑発とみて怒りに荒れ狂う。ジョーの絶対に負けられない初戦が始まった。しかし、南部の予想に反してジョーは苦戦を強いられる。

初戦を突破し勢いに乗るチーム番外地に舞い込んだ吉報。なんと次の対戦相手としてランキング17位の強者が名乗りを上げたのだった。自分のランキングを一気に上げる好機と気合の入るジョーとサチオだったが、対戦相手のアラガキと南部の間には不穏な空気が流れる。ふたりの過去に一体何が―？

試合開始直後、いきなりダウンを取られるジョー。南部からメガロボクスのイロハを仕込まれたアラガキには、ジョーの攻撃はほとんど通用しない。「壊してみたくなった」、その言葉通りにアラガキの激しいパンチが容赦なくジョーに襲い掛かる。圧倒的不利なジョーの姿に、南部は覚悟を決める。

街は「ギアレス・ジョー」の話題で持ちきりになっていた。だが、メガロニア出場枠は残り一つ。そんな中、事実上の最終候補者と目される樹生 VS シュガー・R・ヒルの試合が開かれる。何とか残りの一枠に食い込むべく会場へ視察に訪れていた南部とサチオの前で、試合後、樹生が驚きの宣言をする。

白都ゆき子の宣言により、メガロニア出場をかけたジョーと樹生の再試合が始まった。人工知能を搭載した樹生の最新ギア「エース」。その弱点は、予測不能の生身のジョー。そう看破した南部たちは勝利を確信していたが、更なる進化を遂げた「エース」によって、追い詰められるジョーだった。

念願のメガロニア出場を決め、祝勝に湧くジョーとサチオだったが、ひとり浮かない表情の南部。藤巻の無慈悲な追い込みにより遂に南部が白状する。―初めて明かされる、南部と藤巻だけが知る真実にジョーとサチオは……。チーム番外地が最大の危機を迎える中、ついにメガロニアが開幕する！

ジョーのメガロニア初戦。相手はグレン・バロウズ。藤巻の指示通りに八百長で負けなければ、自分だけでなく南部やサチオの身にも危険が及ぶ。悩みぬいたジョーは、ある決意を固めリングに立つ。その姿にどよめく観客たち。異様な雰囲気が会場を支配する中、試合開始のブザーが鳴りひびく―。

バロウズに勝利したジョー。その勝利と引き換えに大きな代償を支払った南部だったが表情は晴れやかで、チーム番外地は更なる結束のもと、決勝戦へ向けてトレーニングに励む。一方、ジョーのファイトを目の当たりにした勇利は初めて嫉妬という感情を知り、ある決心をする。勇利の決意はゆき子を驚愕させる。

夢にまで見た勇利との直接対決に燃えるジョー。敗北した日から3か月、遂に勇利のリングまで昇りつめたのだった。迎え撃つ勇利もまた、ジョーとの掛値なしの試合に喜びを覚えていた。あの日出会ったことで、運命が変わったふたりがメガロニア決勝戦のリングで対峙する。己の全てをかけた死闘が始まる！