Shoko, une jeune lycéenne, est sans nouvelle de sa grande sœur Kyoko depuis que cette dernière est devenue boursière de la fondation Grad. Elle décide de partir à sa recherche et va tenter de parler à Saori Kido lors de sa venue dans son lycée. C'est aussi le moment que choisit la déesse de la discorde, Éris, pour s'emparer de l'enveloppe charnelle de Shoko. Kyoko apparaît alors pour sauver sa sœur, lui révélant qu'elle fait partie d'un corps secret de guerrières dévouées à la déesse Athéna : les Saintia.

Shoko est toujours sous le choc à cause de l’enlèvement de sa sœur. Lorsqu’elle apprend que les servantes d’Athéna sont autorisées à devenirs des Chevaliers sous certaines conditions, elle décide de devenir une guerrière afin d’aller sauver son aînée. Saori confie la formation de la jeune fille à Mayura, Chevalier d’Argent du Paon. Pendant ce temps, Milo et Aiolia pressentent d’inquiétantes actions de la déesse Eris.

Alors que Shoko débute son entraînement, elle doit maîtriser son cosmos afin de revêtir l'armure de sa sœur. Les Dryades d'Eris s'en prennent directement à Athéna, et Mii fera tout ce qui est en son pouvoir pour la défendre...

Le cosmos de Kyoko s'est éteint dans le sanctuaire d'Eris. Saori est troublée car elle n'a pas pu la sauver. De son côté, Shoko, blessée au combat, n'accepte pas les adieux de Saori. Elle laisse tomber le pendentif que sa sœur lui avait donné. Celui qui le ramasse n'est autre que le jeune Seiya de Pégase...

Suspectée de rébellion envers le sanctuaire par Katya, Saori est attaquée par cette dernière. Shoko se bat aux côtés de Xiao-ling, mais le combat est terrible et ne doit son heureuse issue qu'à Mayura, qui les tire d'affaire. Malgré tout, Aphrodite finit par enlever Saori...

La flèche d’or a touché Saori. Pendant ce temps, Shoko perd connaissance, attaquée par le mal. Les Saintia se battent aux côtés de Mayura, tandis que Seiya et ses compagnons se mettent en route pour le sanctuaire, à la rescousse d’Athéna. La bataille des douze maisons a déjà commencé.

Athéna, frappée par la malédiction d'Éris, est en grand danger. Les Saintia et les chevaliers d'or se rendent au temple d'Éris pour la sauver, mais de vieux fantômes reviennent du passé...

Éris veut faire entrer son temple en collision avec le Sanctuaire d'Athéna... Pendant ce temps, Kyoko affronte Rigel d'Orion, et Aiolia le fantôme de Saga des Gémeaux.

Shoko et les Saintia font face à Eris, et Aiolia affronte le côté maléfique de Saga, mais leurs efforts semblent inutiles. Quel est donc le vrai but d'Eris et Saga ?