Le long combat contre la Zsoltgewinn de Miura touche à sa fin tragique, et Gai doit tenir la promesse qu'il a faite à Ichijo.

Bien que Marcus soit satisfait de ses missions pour le Shoshidai et sa relation avec sa petite amie, il sent que quelque chose ne va pas après son rendez-vous avec Aya.

Quand un Busoma rôde à l'extérieur du quartier général du Shoshidai, Kagami réveille trois Chrysalis de leur sommeil afin de neutraliser la menace.

Himiko, chef du Gabi, trouve le Busoma responsable de la mort de son camarade Soin. Kagami reçoit l'ordre de ne pas combattre l'Azoth de Marcus.

Gai reçoit un nouveau bras artificiel et se consacre à la méditation sous l'œil attentif du Gabi. Un enfant victime d'intimidation demande l'aide d'une source inattendue.

Shin se soumet à une opération risquée afin de débarrasser son corps de l'Alme, et Kuromaru s'intéresse à Gai après que ce dernier l'a sauvé d'une attaque.

Le Shoshidai envoie trois Chrysalis détruire la Zsoltgewinn de Miura, mais Kyoka supplie l'organisation d'utiliser le prototype de vaccin sur son père au lieu de le tuer.

La vraie raison de l'hospitalisation de Rie et des autres orchestrée par le Shoshidai est révélée. Shin et Ogata demandent à Kuromaru de les mener jusqu'à Gai.

Shin fait une découverte sinistre à l'hôpital où se trouve Rie. Pendant ce temps, Yasuko et Arnys rendent visite à Issei, qui a quitté le Shoshidai.

Comme sa rancœur envers Gai s'intensifie, Shin décide de se sacrifier, consacrant sa vie à la lutte contre le Busoma en tant que Chrysalis, afin de balayer le mal.

L'éveil de l'autre personnalité de Gai libère le chaos dans le monde. Le Busoma Zsoltgewinn apparaît devant Amon et Kigetsu sous la forme humaine de Miura.