ネオ翔龍近郊のバラックで暮らすレオン・ラウは、妹のクロエとともに日々をたくましく過ごしていた。量子リアクター研究者であるレオンは、「翔龍クライシス」によって突如世界に生み出された特異進化生物B.R.A.Iに対抗するべく、独自の研究を続けていた。だが予期せぬ大型B.R.A.Iの襲来が、レオン達の運命を一変させる。

マシンの新たなる力を引き出し、大型B.R.A.Iを圧倒するレオン。ネオ翔龍すら破壊しかねない強大な力は、レオンの研究の成果によるものだという。ハイパードライブ――それは異常な進化を続けるB.R.A.Iに対抗するための最期の切り札。その力を目の当たりにしたケインは、レオンたちにある提案を持ちかける。

ハイパードライブ――それはレオンが生み出したB.R.A.Iに対抗する人類の切り札。大型B.R.A.Iをたった1機で倒した力を目の当たりにした姫は、さっそくシステムの量産化を指示する。だがジェイは、レオンが開発したシステムに懸念を抱いていた。ジェイは厳しい条件を課して、ハイパードライブの導入テストを容認するが……。

数日前に出現した大型B.R.A.Iは、ネオ翔龍に向けて侵攻を開始した。絶対防衛ラインを次々と突破していく強大な力に、総力戦で挑むが為す術もないネオ翔龍軍。いよいよネオ翔龍間近に迫った大型B.R.A.Iに対し、ジェイは超大型量子砲「無極砲」の使用を決断。しかし、レオンはその決定に異を唱え、自らの危険を顧みずMOEVでの出撃を志願する。

ネオ翔龍の大型輸送機が何者かに破壊された。レオンは機体の残骸から、航空機を越える鳥型B.R.A.Iの仕業だと推測。ジェイはその考えを現実的ではないと否定するが、常識を超えるスピードで進化するのがB.R.A.Iだとレオンは説く。その頃、ワン、Mr.ゴールド、ジーク、フォーの4人は、ネオ翔龍への侵攻を開始しようとしていた。

クイニーの仇敵ワンは、飛行型B.R.A.I鳳雛を伴って現れた。これに対抗するため、レオンはハイパードライブによるクイニーの機体の強化を進言する。だがクイニーは、「己の中龍さえ飼い馴らせずにいる」と、この申し出を断るのだった。そのころ鳳雛は傷ついた翼を自ら切り落とし、新たな進化を遂げようとしていた。

ある事件を追って、ネオ翔龍市街へ潜入したパンドーラのメンバーたち。クロエが捜査についてきてしまうというアクシデントはあったものの、個々に捜査を開始する。だが、謎の少女が、彼らの様子を見つめていた。やがてレオンは量子反応を察知して追跡を開始。辿り着いた先に、その少女――フィオナが佇んでいた。

ネオ翔龍で相次ぐ連続狙撃事件。雑踏の中でターゲットだけを正確に撃ち抜くテクニックや、狙撃ポイントが割り出せない点など、凄腕のスナイパーの仕業であることは明らかだった。単なるテロリストではなく、B.R.A.Iの可能性を感じたジェイは、パンドーラに調査を指示。だがダグだけは、どこか乗り気ではない様子で……。

仲間を狙撃した犯人の行方を追い、必死に捜索を行うレオン達。その最中、ケインは、自分の命をあえて奪わなかった凄腕スナイパーのことを思い出す。

姫を葬って街を奪おうと野心を燃やすMr.ゴールド。グレンは街を守りたい一心で、自分の機体にもハイパードライブを搭載するようレオンに頼み込む。

レオンはB.R.A.Iを進化させるダークドライブをテストし、量子リアクター開発の責任者のことを思い出す。彼は、翔龍クライシスで命を落としたのだが…。

ネオ翔龍周辺で謎の疫病が発生し、避難民がネオ翔龍へ押し寄せた。疫病の流入を防ぐべきか、人々を受け入れるべきか、一同は難しい決断を迫られる。

度重なるB.R.A.Iの襲撃で、翔龍リアクターは不安定な状況に。レオンは、リアクターのコアに問題があるせいでエネルギーが漏れているのではと考える。

破壊の限りを尽くすムカデ型B.R.A.Iの猛威を前に、姫は無極砲の使用を決断。レオン達は敵を射線上へとおびき出し、無極砲はついに敵を照準に捉える。

MOEVの応急処置のため、レオンは仲間達と共に以前の住み家へ。レオンはハイパードライブの副作用に襲われる一方、敗北のショックを払拭できずにいた。

強敵を辛くも退け、ネオ翔龍は束の間の平和を取り戻した。レオンは疲れた体で行動を続けていたが、Mr.ゴールドの右腕だった謎の男ジークに遭遇する。

姫が絶対安静で人前に出られないため、ジェイはクイニーを姫の影武者に仕立てることに。姫に成りきるため、クイニーは激しい特訓を重ねるのだが…。

度重なるB.R.A.Iの襲撃により、極度の食糧不足に陥るネオ翔龍。パンドーラは食糧を輸送する部隊の護衛任務に就くが、正体不明の敵に襲われてしまう。

防衛都市の1つが突如として高出力のレーザーで攻撃され、跡形もなく消失。この脅威からネオ翔龍を守るため、パンドーラは直ちに作戦を開始する。

謎のB.R.A.Iの声を聞いたダグは、失った過去に思いを巡らせる。いつか自分がMOEVと同化したらそこに人の意識は宿るのか、ダグはレオンに問いかける。

リアクターを押さえ込んでいたフィオナの気配が、突如として消失。フィオナを救出するため、レオンとクイニーは彼女がまつられている山へと向かう。

大量のハチ型B.R.A.Iがネオ翔龍に侵攻し、グレン率いる都市防衛軍が迎撃を開始。だが、レオンは相手に敵意が無いことを察し、攻撃の中止を願い出る。

レオンの意識は多重次元に取り込まれ、不思議な光景の中をさまよい続ける。レオンを救い出すため、フィオナは意識の中へ飛び込むことを決意する。

ついにジークの恐るべき企みが明らかになり、このままでは世界が終わりを迎えてしまう。姫とパンドーラのメンバーは、世界を守る最後の戦いに挑む。

レオンと仲間達は最終決戦で死力を尽くすものの、ジークが作り出した巨大な敵がネオ翔龍に魔の手を伸ばす。果たして、世界に残された最後の希望とは!?