大正25年的东京，一户没落大户人家久世家的长女久世鸫为拯救家族，准备与并不相恋的人联姻。弟弟久世鹟非常反对这门亲事，将自己关在房间里自杀。面对弟弟的突然死亡，久世鸫陷入深深的自责中。突然有两名自称是“帝国图书情报资产管理局”的男人出现在她眼前，将弟弟久世鹟死亡的真正原因告诉了久世鸫。

久世鸫的弟弟因“稀有之物”而死，目睹了整个事件的她因此变得可以看到“稀有之物”的“灵韵”。鸫决定进入“帝国图书情报资产管理局”工作，管理局的任务是找出还留存在民众家里的“稀有之物”，避免这些危险的书籍伤害到无辜的民众。新加入的鸫还无法习惯管理局的运作，面对民众的不理解和抱怨，她只能忍气吞声。

鸫逐渐意识到自己的能力可以拯救许多人，她与管理局的成员也日渐关系融洽。这天的工作完成后，隼人一行正在餐厅享受美味的晚餐，突然外面吵嚷的声音引起了他们的注意。一伙人喊叫着要将危险的书全部燃烧殆尽，不分青红皂白就将一般市民的书抢夺后当场焚烧。隼人一行赶到时这伙人匆忙逃跑，受害者鹭泽累希望管理局能尽快解决这场骚乱。

鸫的工作逐渐步入正轨，某天她在管理局遇见了一位趾高气扬的男子，男子是首相的儿子鹈饲昌吾，他非常不满鸫将自己认成管理局的一员。昌吾和鹟在同一天自杀未遂，他在房间内企图自缢被佣人发现，暂时送到管理局疗养。昌吾不愿住在管理局，在这里肆意妄为，给大家带来了不小的困扰。

上野公园的树丛中发现了女性的尸体，被害者的口中被塞入了紫丁香的花瓣，身旁还放着一本紫鹤著作的《紫丁香恋之夜》。这已经是第二起杀人事件，作案手法都相同，新闻报道将矛头指向紫鹤，怀疑他可能是犯人。鸫从鹟那里得知紫鹤的老师森恒犀鸟在几年前自杀，森恒犀鸟的小说《炼狱岛杀人事件》里的内容与这两起杀人事件非常类似，不同之处在于书里的死者口中含的是彼岸花而不是紫丁香。

杙梛昨晚错过了一件商品，有人来店里出售线装书，但是因为杙梛不在所以书被卖给了其他书店。据说那本书的作者是一位横滨的艺伎，一般艺伎的出身都比较贫寒，能写出书来实属罕见，所以杙梛对此很感兴趣。鸫与星川听闻这个消息，推测这本线装书很有可能是稀有之物，两人立刻对此展开了调查。

滉突然自曝自己是乌鸦安插在鸱鸺中的间谍，这件事让鸱鸺的成员们受到了不小的打击。四木沼还想将鸫挖角招入乌鸦，为了鸫的安全起见，她暂时都与其他成员一起行动。之后鸫从研究部的隐由鹰那里得知了稀有之物的新情报，即便没有被做成线装本，只要是手写的稿子，一样也会成为稀有之物。

新闻记者苇切拓真是隼人学生时期的前辈，他无意间读了伪装成信件的稀有之物，差点因此丢掉了性命。苇切先生正在调查乌鸦和伪造的稀有之物，鸱鸺猜测这起事件可能是乌鸦所为。鸫觉得这起事件的犯罪者应该另有其人，因为这次她看到的灵韵与之前几次乌鸦制造的稀有之物的灵韵颜色都不一样。

四木沼看上了鸫的出身和鸫能看见灵韵的能力，想强暴鸫让她生下自己的孩子，让四木沼的血脉流传下去。危急关头滉突然现身阻止了四木沼的暴行，鸫趁机逃跑。隼人一行也闯入夜莺来寻找鸫。鸫慌乱之中被人带进了一个房间，这人竟然是四木沼的妻子蔷子。蔷子为丈夫的暴行向鸫道歉，鸫很不解蔷子为何还要向着四木沼说话，蔷子缓缓道出了其中原因。

四木沼被捕，百舌山教授还在与累对峙。百舌山为逃避抓捕，居然自曝自己是累的亲生父亲，而累的亲生母亲，竟然是四木沼的妻子蔷子。蔷子当年被百舌山强暴后不顾家人反对执意生下了累，蔷子的父亲将累送给了鹭泽夫妇当养子。累得知这件事后精神崩溃，他不敢想象这样的人渣竟然是自己的亲生父亲，终于向百舌山举起了枪。

隐说在久世家的书房发现了灵韵，将鸫和鹟带到了书房里。隐将门锁上后神情突变，说出了自己把久世姐弟叫来的真正原因。当年隐到久世家工读，是鸫和鹟给他带去了家的温暖。但隐的身世悲惨，父亲战死沙场，母亲承受不住打击自杀。家庭的悲剧让隐倍感压力，为了压制心中的不满他开始写书，这就是稀有之物的来源。