La serie segue le avventure dei pinguini Skipper, Kowalski, Rico e Soldato, inquadrati in una sorta di unità militare supertecnologica che si dedica a missioni più o meno improbabili, dalla protezione degli altri animali dello zoo di Central Park, come ad esempio quando arriva un nuovo ospite che minaccia le abitudini degli animali, al rimediare ai pericoli provocati da malfunzionamenti delle invenzioni dello scienziato del gruppo (macchine del tempo, nanorobot, congegni per far spostare gli oggetti a distanza ecc.). Il gruppo dovrà anche vedersela con i guai combinati dal vanaglorioso e pasticcione Re Julien, spedito nello zoo con Maurice e Mortino da una cassa dal Madagascar. Gli altri animali dello zoo (gorilla, scimpanzé, lontre e tanti altri) e di Central Park di New York, il personale e i visitatori abituali del giardino zoologico e il ricco assortimento di antagonisti completano il cast della serie.