외계 물체가 지구에 착륙해 어딘가로 신호를 보낸다. 그 신호를 따라 우주로 떠나는 살바레호. 위험한 임무를 맡은 니코와 대원들은 초반부터 역경과 갈등에 부딪친다.

살바레호의 산소가 고갈되고 있다. 산소를 얻기 위해, 미지의 행성을 탐사하는 대원들. 에릭은 니코의 소식이 끊겨 애태우면서도, 끈질기게 외계 물체의 비밀을 풀려 한다.

몇몇 대원에게 이상한 증세가 나타난다. 떠돌이 행성에서 바이러스가 묻어온 걸까. 고장 난 우주선과 씨름하면서, 원인을 찾으려는 니코. 그녀마저 감염 증세를 보인다.

동면에서 깨어나지 못하는 니코. 시간은 없고 식량은 부족한데, 결단을 내릴 사령관은 악몽 속에서 헤매고 있다. 너무 늦기 전에, 니코는 대원들 곁으로 돌아올 수 있을까.

물과 생명이 있는 위성. 그곳에서 대원들은 또 다른 외계 물체를 발견한다. 그 물체와의 최초 접촉은 자신의 권한이라 주장하는 사샤. 니코는 카스의 비밀을 알게 된다.

윌리엄에게 이상이 생긴다. 급박한 상황에서 우주선과 대원들을 지키려는 니코. 그녀와 카스의 인연은 어떻게 시작됐을까. 사샤는 그에게 말을 거는 환영에 시달린다.

새로운 각도로 외계 물체에 접근하는 에릭. 하지만 뜻밖의 결과가 그를 기다리고 있다. 암흑 물질 영역을 앞둔 살바레호에서는 사샤가 윌리엄에 관한 정보를 캐고 다닌다.

살바레호가 암흑 물질 영역에 진입한다. 그 안에서 격한 감정에 휩쓸리는 대원들. 그사이 사샤는 윌리엄의 약점을 노리고, 지구에서는 에릭이 절망적인 소식을 접한다.

살바레호를 자기 뜻대로 통제하는 사샤. 윌리엄이 없으면 이 위기에서 벗어날 수 없다. 니코의 진심은 윌리엄에게 닿을 수 있을까. 에릭은 하퍼에게서 희망을 발견한다.