Niles, Jane, Cliff, Rita, Vic och Dorothy är fast i miniatyrstorlek flera veckor efter förra säsongens händelser. Iklädd Cliffs förkrympta racingutstyrsel försöker Dorothy bli vän med både Cliff och Jane.

Cliff, Jane och Rita jagar dr Tyme – och hans tidsförändrande rymdmineral – i sin motvilliga kamp för att hjälpa Niles och Dorothy. På ett stödmöte träffar Vic Roni, en lättretlig veteran som utmanar sina övertygelser.

I kölvattnet efter ett skräckinjagande omen tar sig Niles och Rita in i den ökände Red Jacks interdimensionella palats, där han har tagit Larry tillfånga.

När Dannyzanerna håller en jättefest på Doom Manor för att återuppliva Tegelstenen Danny längtar Dorothy efter att få delta i festligheterna och uppleva livet som vuxen.

Dorothy får äntligen en vän i Baby Doll - tills lekstunden spårar ur. Cliff upptäcker att Niles planerar att ge honom människoliknande uppgraderingar. Vic smider en plan för att vinna tillbaka Roni.

Larry får i uppdrag att leda Niles gamla forskarlag när de tidlösa aeronauterna återvänder från rymden. Niles och Cliff ger sig ut för att hitta den försvunna Dorothy, och en begravning i underjorden upptar Janes tankar.

Miranda hjälper till att skydda Doom Patrol från riktigt förskräckliga idéer när ett mystiskt paket kommer till Doom Manor. Ritas besök hos biodlaren i Cloverton får henne att konfrontera sina kroniska mammaproblem.

Jane är fast besluten att visa vad hon går för i underjorden och tar med sig Larry till Arkansas landsbygd för att hitta ett ovärderligt föremål. Niles ordnar en speciell dag för Dorothy som döljer sin personliga utveckling för sin far som mår allt sämre.

Innan de kan rädda världen från Candlemaker i andra säsongens sista avsnitt måste Doom Patrol först konfrontera sina låtsasvänner från barndomen.