かつて世界的人気を博したMMORPG“ユニオン”で、最強の小学生パーティがあった。名は「スバル」。ある日、スバルの一員の旭姫は、ゲーム内で幼馴染の陽翔にある約束とともに指輪を交換する。だが、その後のダンジョン攻略中に、旭姫は陽翔を守ろうとしてゲームオーバーとなり、現実でも死亡してしまう。ゲームは運営停止、スバルも散り散りとなるが、6年後、新生“リユニオン”にログインした陽翔は、死んだはずの旭姫と再会する…。

死亡してから6年後、リユニオン内に突如現れた旭姫に動揺する陽翔。一方、旭姫は何事もなかったように明るく振る舞うが、ゲームからログアウトすることができない。旭姫の存在に気づいたプレーヤーたちが旭姫を奪取しようとするが、そこにかつてのスバルのメンバー貴法が現れる。貴法は超位ギルド“イルミナティ”を率いるリーダーになっていた。旭姫は、スバルの再結集を訴えるが…。

リユニオン内で旭姫に再会した咲月は、旭姫を失って6年間ふさぎ込んでいた陽翔のことを想い、旭姫に「もう陽翔には関わらないで」と声をかける。しかし、それが6年前に、陽翔と旭姫のある出来事を目撃して以来抱いていた旭姫に対する嫉妬でもあったことに気づき、今度こそ負けないと決心する。旭姫の正体を確かめるため、３人はかつて旭姫がゲームオーバーとなったダンジョンに向かう。

かつて旭姫をゲームオーバーにしたボスキャラ“無垢なる闇”を倒した３人。ドロップアイテムらしき赤い石を見た旭姫たちの脳内に、謎の映像が再生され、旭はそれが自分の６年間なのかも知れないと言う。その謎を解くためにも、まずはスバルの残りのメンバーを探そうとした矢先、３人は旭姫を奪おうとする超位ギルド“サザンクロス”のメンバー1000人に囲まれる。そこに別の超位ギルド“ブリルソサエティ”も介入してきて…。

陽翔に「旭姫を守る資格はない」と言い、貴法は天理のセンスで、モノクロの世界に陽翔と自身を隔離する。リユニオンで旭姫とともに生きていこうとする貴法と、旭姫の願いでもある“スバルの復活”を主張する陽翔が衝突するが、寸前のところで咲月が介入して事なきを得る。陽翔たちはスバルのメンバーだったクライヴを探すが、旭姫を強引に奪取しようと２つの超位ギルドと組んだ貴法が再び現れる…。

超位ギルド“サザンクロス”と“ブリルソサエティ”の策略にはまり、旭姫を奪取された貴法。陽翔は、一人で数千もの敵に立ち向かい、旭姫を助けに行くが、さすがに多勢に無勢。そこに咲月と貴法が援護する。ようやく旭姫のもとにたどり着いた３人だったが、そこには旭姫の精神を支配下に置き、旭姫のプロフェアータの力を我が物にするアンゲルスがいた…。

海ではしゃぐ旭姫たちのもとに、一隻の船が。陽翔たちは、海底に刺さる“折れない剣”の噂をきいて、船長アルビダの操る船に乗り、海の難所に向かうことに。その海底にあったのは、陽翔のかつての相棒、プレアデス（七星剣）だったが、剣を抜こうとした瞬間、巨大な蛇型モンスター・エーギルが現れる。一方、現実では、貴法が陽翔と咲月を呼び出し、旭姫の謎について調査した結果を共有する。

心電図の単調な音が響く中、静かに目を開いた陽翔。そこには、旭姫が立っていた。「驚くのも無理ないよね。６年間も眠ってたんだもん。」旭姫に続いて、咲月、貴法も見舞いの品を手に、笑顔で陽翔を囲んでいる。旭姫たちは、陽翔がプルガトリオから希を庇って、ゲームオーバーになったと説明する…。納得いかない陽翔は、リユニオンについて尋ねるが、皆ユニオンはもう運営されていないと言う。そこにエリシアがやってきて…。

ユニオンでスバルメンバーの能力を込めたプレアデス（七星剣）を再び手にした陽翔たち。エリシアから協力を頼まれたというクライヴは、「エリシアは、旭姫の覚醒を狙っているグノーシスを阻止するため、スバルのメンバー全員が覚醒する必要がある、と言っていた」という。そんな中、現実世界では、陽翔と咲月が希と再会する。希にもリユニオンにログインするように頼む陽翔たちだったが、６年経った希は…。

陽翔に振られた咲月は、気まずそうな陽翔に「別に幼馴染までやめたわけじゃないんだから」と、少し気持ちの整理がついたようだった。そんな二人を貴法は呼び出す。現実で、希が突然失踪したというのだ。クライヴの協力も得て、希がリユニオンにログインしていることを知り、陽翔たちは希がいるらしい場所に向かう。しかし、そこにいたのは、貴法と咲月のダンスを目撃して傷つき、グノーシスに取り込まれた希だった。

希奪還に向けて現実世界で合流した陽翔、咲月、貴法の3人を突如襲った異変。3人の傍に佇む謎の男は「絶望の未来を変革するためには、理想の世界を選択する力が必要になる」という意味深な言葉を残して消えた。エリシアの言葉を思い出し、現実世界でリユニオンのセンスが発動されたことを確信した3人は旭姫の身を案じアジトに集合するが、その場所も何者かに強襲されてしまう。緊急脱出を試みたスバルの前に現れたのは…。