여기는 인간의 몸속. 산소와 이산화탄소를 운반하던 적혈구는 어느 날, 체외에서 침투한 폐렴구균의 습격을 받지만 백혈구(호중구)의 도움으로 위기를 모면한다. 신체라는 세계를 지키기 위해 도망친 폐렴구균을 쫓는 백혈구. 하지만, 적은 의외의 장소에 숨어 있었는데…

평화로운 혈관 내부. 하지만 갑작스러운 생채기로 인해 황색포도구균, 녹농균 등 세균이 신체 내부로 침입하면서 대혼란이 일어난다. 필사적으로 덤비는 세균의 기세에 밀려 호중구들이 고전하고 있던 그때, 귀여운 조력자들이 나타난다.

아직 미숙한 T 세포인 나이브는 정찰 중에 좀비 같은 존재들을 발견하고 도망치다 백혈구의 도움을 받는다. 인플루엔자 바이러스임을 알아챈 마크로파지의 보고로 킬러 T 세포들이 출동하지만, 나이브는 여전히 겁에 질린 채 아무 활약도 하지 못한다.

위장 부근에서 세균이 출현한다. 즉각 현장으로 달려간 호중구. 현장에서는 이미 백혈구의 일종인 호산구가 싸우고 있었으나, 고전을 면치 못한다. 이를 본 주변의 많은 세포들은 그의 나약함을 흉보기 시작하는데…

대량의 삼나무 꽃가루가 몸속으로 침입하자, 호중구는 이를 제거하기 위해 현장으로 달려간다. 그곳에서 맞닥뜨린 것은 항원의 면역을 기억하고 있는 림프구 ‘기억세포’. 기억세포는 현장을 보자마자 당황하며 자신들의 전설을 전해 주는데…

적혈구가 아직 어린 적아구였던 시절. 적아구는 멋진 적혈구가 되기 위해 마크로파지 선생님과 함께 열심히 훈련 하고 있었다. 그러던 어느 날, 세균으로부터 도망치는 훈련을 하던 적아구는 미아가 되어 홀로 남겨지는데…

일반 세포로 변신했던 적이 드디어 그 정체를 드러냈다. 적의 이름은 암세포. 백혈구(호중구)와 킬러 T 세포, NK세포는 이 세계를 지키기 위해 암세포와 대치한다.

적혈구의 중요한 업무는 이산화탄소를 폐에 보내고, 산소를 몸속 세포들에게 전달하는 것. 길치라서 길을 헤매기 일쑤인 적혈구지만, 언제까지고 남에게 의존할 수만은 없는 일. 오늘이야말로 혼자서 순환기를 일주하겠다고 결심을 굳히는데…

훈련을 하던 킬러 T 세포는 실수로 부하를 헬퍼 T 세포의 방으로 던지게 되고, 정반대 성격의 두 사람은 언쟁을 벌이고 만다. 지금은 입장이 서로 다른 두 사람이지만, 수지상세포의 설명에 의하면 둘은 흉선학교 동기로, 예전엔 전혀 다른 캐릭터였다는데…

갑작스러운 세균의 공격을 받는 적혈구. 그런 적혈구를 위기에서 구한 것이 가스 마스크에 방호복을 입은 ‘단핵구’이다. 이 단핵구 또한 백혈구의 일종으로 면역세포라고 한다. 심기일전해서 비공으로 산소를 배달하러 간 적혈구는 또 다시 세균과 맞닥뜨리고 마는데…

찜통더위에 휩싸인 몸속 세계. 발한을 해도 체온 냉각이 제대로 이루어지지 않는다. 비정상적인 혈류 증가, 계속해서 올라가는 체온... 몸속 세계는 열사병에 걸린 것이다. 이 틈을 타 침입한 세레우스균이 날뛰기 시작하지만, 더위에 지친 백혈구는 제대로 힘을 발휘하지 못한다.

신참 적혈구의 교육을 담당하게 된 적혈구. 선배다운 모습을 보여주고자 의욕에 불타지만, 여전히길을 헤매고 다른 세포에게 혼나는 등 마음먹은 대로 되지 않는다. 그러던 중 몸 속 세계를 뒤흔드는 큰 사건이 발생한다.

호중구는 긴급 사태 발생 현장으로 달려가지만 그곳에 있어야 할 혈구들의 모습은 보이지 않는다. 대량 출혈로 인해 이미 엄청난 수의 혈구들이 상처 밖으로 날아가 버린 것. 계속되는 출혈 속에서도 이 세계와 동료들을 구하기 위해, 적혈구는 산소 운반을 멈추지 않는다.

오늘도 어김없이 세균 퇴치에 열심인 호중구. 자비를 모르는 그의 앞에 모자를 거꾸로 쓴 혈소판이 나타났다. 강해지기 위한 훈련 중이라고 말하는 혈소판. 넌 이름이 뭐니?

악몽인가, 예지인가? 불길한 꿈을 꾸고 잠에서 깬 기억세포. 정체 모를 바이러스가 침입하자 꿈은 곧 현실이 된다. 무섭게 증식하는 저 바이러스의 정체는? 기억해라, 기억해!

능력은 출중하지만 민폐의 주범으로 낙인찍힌 마스트 세포. 수많은 민원에 시달리며 의욕이 한풀 꺾인 그 순간, 몸속에 뎅기 바이러스가 침투한다. 마스트 세포의 선택은?

사건이 터지면 영웅처럼 나타나 멋지게 바이러스를 물리치는 면역세포. 그런 면역세포를 부러워하는 일반 세포 앞에 귀염뽀짝한 세균들이 나타난다. 나, 집사로 간택된 건가?

수로에 빠진 유산균이 제거될지도 모른다는 말에 일반 세포는 부리나케 유산균을 찾아 헤맨다. 그때 또다시 몸속에 침투한 인플루엔자 바이러스. 사뭇 달라진 놈들의 정체는?

마침내 대장에 도착한 유산균 일행. 유독가스로 황폐해진 이곳에서 호중구와 NK세포는 킬러 T세포와 조우한다. 티격태격하는 3인조를 한층 강력해진 누군가각 지켜보고 있다.

유해균의 공격과 암세포의 부활로 빠르게 폐허가 되어가는 대장. 면역세포 3인조는 몸속 세상을 죽음으로 인도하려는 암세포에 맞서 싸우지만, 제어성 T세포에게 제지당한다.

유해균들에게 붙잡힌 일반 세포. 암세포에게 속수무책으로 당하는 면역세포 3인조. 장내 환경이 위험에 처한 위기의 순간, 건강한 몸을 위해 살신성인하는 세포들의 운명은?