여기는 인간의 몸속. 산소와 이산화탄소를 운반하던 적혈구는 어느 날, 체외에서 침투한 폐렴구균의 습격을 받지만 백혈구(호중구)의 도움으로 위기를 모면한다. 신체라는 세계를 지키기 위해 도망친 폐렴구균을 쫓는 백혈구. 하지만, 적은 의외의 장소에 숨어 있었는데…

평화로운 혈관 내부. 하지만 갑작스러운 생채기로 인해 황색포도구균, 녹농균 등 세균이 신체 내부로 침입하면서 대혼란이 일어난다. 필사적으로 덤비는 세균의 기세에 밀려 호중구들이 고전하고 있던 그때, 귀여운 조력자들이 나타난다.

아직 미숙한 T 세포인 나이브는 정찰 중에 좀비 같은 존재들을 발견하고 도망치다 백혈구의 도움을 받는다. 인플루엔자 바이러스임을 알아챈 마크로파지의 보고로 킬러 T 세포들이 출동하지만, 나이브는 여전히 겁에 질린 채 아무 활약도 하지 못한다.

위장 부근에서 세균이 출현한다. 즉각 현장으로 달려간 호중구. 현장에서는 이미 백혈구의 일종인 호산구가 싸우고 있었으나, 고전을 면치 못한다. 이를 본 주변의 많은 세포들은 그의 나약함을 흉보기 시작하는데…

적혈구가 아직 어린 적아구였던 시절. 적아구는 멋진 적혈구가 되기 위해 마크로파지 선생님과 함께 열심히 훈련 하고 있었다. 그러던 어느 날, 세균으로부터 도망치는 훈련을 하던 적아구는 미아가 되어 홀로 남겨지는데…

일반 세포로 변신했던 적이 드디어 그 정체를 드러냈다. 적의 이름은 암세포. 백혈구(호중구)와 킬러 T 세포, NK세포는 이 세계를 지키기 위해 암세포와 대치한다.

적혈구의 중요한 업무는 이산화탄소를 폐에 보내고, 산소를 몸속 세포들에게 전달하는 것. 길치라서 길을 헤매기 일쑤인 적혈구지만, 언제까지고 남에게 의존할 수만은 없는 일. 오늘이야말로 혼자서 순환기를 일주하겠다고 결심을 굳히는데…

훈련을 하던 킬러 T 세포는 실수로 부하를 헬퍼 T 세포의 방으로 던지게 되고, 정반대 성격의 두 사람은 언쟁을 벌이고 만다. 지금은 입장이 서로 다른 두 사람이지만, 수지상세포의 설명에 의하면 둘은 흉선학교 동기로, 예전엔 전혀 다른 캐릭터였다는데…

갑작스러운 세균의 공격을 받는 적혈구. 그런 적혈구를 위기에서 구한 것이 가스 마스크에 방호복을 입은 ‘단핵구’이다. 이 단핵구 또한 백혈구의 일종으로 면역세포라고 한다. 심기일전해서 비공으로 산소를 배달하러 간 적혈구는 또 다시 세균과 맞닥뜨리고 마는데…

찜통더위에 휩싸인 몸속 세계. 발한을 해도 체온 냉각이 제대로 이루어지지 않는다. 비정상적인 혈류 증가, 계속해서 올라가는 체온... 몸속 세계는 열사병에 걸린 것이다. 이 틈을 타 침입한 세레우스균이 날뛰기 시작하지만, 더위에 지친 백혈구는 제대로 힘을 발휘하지 못한다.

신참 적혈구의 교육을 담당하게 된 적혈구. 선배다운 모습을 보여주고자 의욕에 불타지만, 여전히길을 헤매고 다른 세포에게 혼나는 등 마음먹은 대로 되지 않는다. 그러던 중 몸 속 세계를 뒤흔드는 큰 사건이 발생한다.

호중구는 긴급 사태 발생 현장으로 달려가지만 그곳에 있어야 할 혈구들의 모습은 보이지 않는다. 대량 출혈로 인해 이미 엄청난 수의 혈구들이 상처 밖으로 날아가 버린 것. 계속되는 출혈 속에서도 이 세계와 동료들을 구하기 위해, 적혈구는 산소 운반을 멈추지 않는다.