這裡是人類的體內。某天搬運氧氣與二氧化碳的紅血球，受到自體外入侵的肺炎鏈球菌襲擊，被白血球（嗜中性球）所救。為了守護名為身體的世界，白血球（嗜中性球）追擊肺炎鏈球菌。然而敵人卻藏身在意外的地方。

初始T細胞出動去偵查在體內增殖的流感病毒。但是從未跟敵人作戰的初始T細胞，對敵人感到恐懼不已，完全派不上用場。最後還從白血球（嗜中性球）與前輩殺手T細胞們的作戰戰場中逃跑。初始T細胞感到自責，就在此時樹突狀細胞用溫暖的聲音對他說……

胃的附近出現細菌。白血球（嗜中性球）立刻趕往現場。另一種白血球早已在事發現場應戰，卻陷入苦戰當中。看到能力不足的嗜酸性球，周圍細胞們便在一旁說她的壞話。然而嗜中性球卻說有件工作只有嗜酸性球能辦得到……

大量杉樹花粉入侵體內！為了排除杉樹花粉過敏原，白血球（嗜中性球）緊急趕往現場。在事發現場遇到記憶細胞。記憶細胞是保持免疫記憶的淋巴細胞。他看到現場狀況，不知為何十分慌張。「怎麼會這樣，這麼一來就跟傳說講的一樣了。」記憶細胞所講的「傳說」是……？

「總有一天我要成為了不起的紅血球。」這是紅血球在成為紅血球之前的故事。紅血球母細胞在巨噬細胞的身邊，為了成為獨擋一面的紅血球而拚命努力接受訓練。可是本身是個路痴的紅血球母細胞，經常在訓練當中迷路。有一天，正在接受細菌避難訓練的紅血球母細胞又迷路了……

假裝成一般細胞的敵人，終於現出真面目了。敵人的名字就叫做癌細胞。白血球（嗜中性球）和殺手T細胞，以及自然殺手細胞為了守護這個世界（身體），和逼近的癌細胞對峙當中。

將二氧化碳送至肺部，將氧氣送給體內的細胞們，就是紅血球最重要的工作。紅血球雖然如同往常搞不清楚方向老是迷路，但自己也知道不能一直這樣下去，今天她下定決心，不要依賴學長姊的幫助，獨自走一趟循環器官路線。在她的身邊，出現了為他擔憂的守護者，那就是白血球（嗜中性球）……

訓練中，殺手T細胞把部下扔進輔助性T細胞的辦公室。個性完全相反的兩人起了爭執。現在兩人的立場雖有不同，但按照樹狀細胞所言，其實兩人以前是胸腺學校的同學。而且他們以前跟現在完全不一樣。在生存率只有2～3%的胸腺學校進行地獄特訓，兩人之間所萌生的是……！？

紅血球被細菌襲擊了。從危機中拯救她的是戴著防毒面罩身穿防護服的單核球。單核球這種免疫細胞也是白血球的一種。紅血球打起精神前往鼻腔運送氧氣。結果又再次遇到細菌。細菌的名為金黃色葡萄球菌。金黃色葡萄球菌是常存在於皮膚與毛孔的細菌，但這次似乎有什麼能擊敗免疫細胞的秘密策略。

體內世界被炎熱所包覆。就算出汗了也無法讓體溫冷卻下來。異常增加的血流，持續上升的體溫……沒錯，體內世界中暑了。趁虛而入的蠟樣芽孢桿菌大肆胡作非為。深受信賴的白血球（嗜中性球）也因為高溫變得軟弱無力，無法發揮原來的力量。面對這持續暖化的世界，難道沒有什麼解決的妙招嗎？！

紅血球居然要負責訓練新來的紅血球！紅血球心想必須展現有學姊風範的一面，而慎重看待，可是她卻走錯路，被其他細胞責罵，一直不太順利。就在此時，體內世界發生了驚天動地的大事件。

「確認發生攸關性命的損傷！」收到發生緊急情況信息，白血球（嗜中性球）緊急趕往現場附近。然而應該留守現場的血球們卻不見蹤影……！由於大量出血，已經有相當大量的血球們被迫流出傷口外。而且出血狀況依舊持續當中，嚴峻的現實不斷惡化。為了守護這個世界，為瞭解救細胞夥伴們，紅血球與學妹不停運送氧氣。在逐漸走向毀滅的世界中，細胞們將要面對的命運是！？