某天驱除完体内杂菌的白血球，遇见了把帽子戴反的血小板--戴反帽妹妹。戴反帽妹妹为了成为强壮的血小板，瞒着大家偷偷的做训练。但是随着突然发生的地震，体内世界陷入强烈的摇晃。故事舞台是在你的身体当中。体内细胞拟人化动画，众所期盼的第二季，开播！

来自外界的使者，世界的终结。如同记忆细胞梦境看到的内容，体内出现身分不明的敌人！记忆细胞不仅拥有过去的记忆，甚至还有预知未来的能力！ ？究竟是否如记忆细胞的预知一样，这个世界将走向毁灭！ ？

在表皮附近出现有害物质反应！肥大细胞按照工作手册完成工作，却遭到一群受害细胞上门抱怨。因此自暴自弃的肥大细胞大发脾气…就在此时，发生某个物体刺破血管，把血球们吸走的事件……！

体内有状况！免疫细胞及时赶到击败遭病毒感染的细胞！一般细胞一脸无趣的观看这日常光景。一般细胞心想「哪怕是一次也好，希望有人能对我说谢谢你救了我」。就在此时谜样的细菌出现在一般细胞面前……！ ？

某个细胞的抗原情报外泄了。听到NK说的话，白血球(嗜中性球)的表情立刻改变。护送乳酸菌回伙伴的旅程，终于来到了大肠。由于害菌释放有毒气体，导致大肠环境变得混乱，白血球等一行，在此遇见了原为杀手T细胞，后来变更身份的 ...

癌细胞终于复活，再加上被害菌肆虐的肠内环境。体内正遭受前所未有的危机袭击。为了保护这个身体，白血球(嗜中性球)们，正面临一场攸关世界命运的浴血之战。

“打败癌细胞——!!!”，为了守护身体，白细胞们与癌细胞对抗。但是，阻挡在与癌细胞战斗的他们面前的，是控制性T细胞!? 这时，以决死的决心拯救乳酸菌的一般细胞也受到了有害菌的魔爪——!! 到底，这个身体，以及等待细胞们的命运是——!?