Dopo aver eliminato la minaccia di Jones, Liz decide di dedicarsi all'insegnamento, con l'intento di voler condurre una vita tranquilla a Roswell. Max, sceriffo ad interim, viene chiamato da Cameron, la sua ex partner passata all'FBI, per indagare su una rapina in banca: lei è convinta che sia opera degli alieni. Tutto sembra procedere nella più completa normalità, quando all'improvviso una strana tempesta fa pensare al peggio.

La dottoressa Shivani, moglie della professoressa di Liz ai tempi del college, arriva a Roswell per proporle una collaborazione nella ricerca sugli alieni. Anatsa inizia ad indagare sulla strana rapina in banca mettendo Isobel in una posizione imbarazzante. Il piano di emergenza di Jones inizia ad attuarsi.

Michael conosce per caso "Bonnie", l'aliena che ha fatto la rapina insieme a "Clyde"; insieme a Liz, Max e Cameron escogita un piano per instaurare un rapporto con i due e infiltrarsi tra loro.

Il lavoro di Liz per scoprire di più su un campione di pelle trovato incontra un ostacolo. Nel frattempo, Michael continua a guadagnarsi la fiducia di Bonnie, ma Clyde non sembra essere così convinto. Inoltre, Isobel trova finalmente il coraggio di essere onesta con Anatsa e Maria subisce una perdita devastante.

Con le fattezze di Cameron, Tezca tenta di insegnare a Max come controllare la fiamma blu e poi brucia il corpo di Jones. Liz cerca di liberare la vera Cameron dal DNA alieno, e capisce che Max le sta nascondendo qualcosa su Tezca. Isobel raggiunge Kyle a Careyes e lì scoprono molte cose sullo schianto del '47 e sugli oggetti alieni. Dallas ricorda che da bambino si trovava già sulla Terra e che, insieme al padre, piantò un albero i cui frutti sono in realtà un tipo di carburante. Michael si fa sempre più coinvolgere da Clyde, finchè non perde i suoi poteri.

Liz collabora con Shivani e tra le due si crea una grande empatia in nome della scienza. Bonnie è detenuta nell'ufficio dello sceriffo e chiede di parlare con Max dal cui vuole protezione. Max ha paura di fare del male a Liz e chiede a Bonnie di togliergli i poteri: basterà un suo bacio perchè Max li perda completamente.

Michael, Bonnie e Max si convincono del fatto che il tassello che manca a Tezca sia la navicella costruita da Nora e credono di poterla trovare all'interno di una proprietà acquistata da Bronson nel '47. Intanto, Isobel aiuta Dallas a recuperare i suoi ricordi. Grazie a lei, riesce finalmente a trovare gli occhiali di suo padre, con cui può decifrare la Bibbia. Alla proprietà di Bronson, Isobel, Max e Michael si battono con Tezca e riescono a rinchiuderla, ma della navicella non c'è traccia. In realtà era una trappola di Clyde e il tassello mancante è un altro. Clyde minaccia di uccidere Bonnie se Dallas non gli darà gli occhiali del padre e la Bibbia.

Dopo aver inalato il composto creato per Michael, Liz entra in coma e finisce nel suo personale spazio mentale in stile Far West, creato da una versione oscura di se stessa. Max e Isobel cercano di entrarle nella mente per salvarla, ma Isobel viene espulsa e Max rimane intrappolato. Al fine di risvegliarsi, Liz deve capire cosa ha paura di affrontare e risolvere la questione. Nel frattempo, nel mondo reale, i suoi amici, con l'aiuto di Heath cercano di tenerla in vita. Alla fine, Liz capisce che la sua più grande paura è quella di non riuscire a salvare Max e le persone che ama all'infinito. Decide quindi di lasciare il controllo alla sua metà oscura, che invece ha le idee chiare su come affrontare la situazione.

Decisa a trovare una cura universale per gli esseri umani, Liz continua ad inalare il composto alieno che ha creato finché, stanca dell'ossessione di Shivani nei riguardi di sua figlia Nicole, decide di proseguire le ricerche per conto suo. Nel frattempo, Michael, Maria e Kyle trovano il modo per comunicare con Bonnie e Dallas, imprigionati in una dimensione "tascabile" creata da Theo.

Liz continua a prendere il composto sperando di riuscire a riprodurre in laboratorio la fiamma blu. Max e i suoi amici cercano di farla disintossicare, ma Clyde la rapisce. L'alieno ha infatti bisogno di Liz per contrastare la tecnologia del suo tatuaggio, che gli impedisce di attraversare i portali di Theo. Nel frattempo, Michael, Dallas e Bonnie ritrovano Alex nella "dimensione tascabile". Mentre Dallas e Bonnie vanno alla ricerca di altri frutti alieni, Alex confessa a Michael che sta morendo a causa delle radiazioni presenti in quella dimensione e gli chiede di sposarlo. Liz riesce a fuggire da Clyde e a iniettargli un siero che lo priva dei poteri. Alla fine, Clyde, ferito, chiederà aiuto a Shivani, promettendole in cambio di riportare in vita sua figlia.

Mentre Liz, nel mondo reale, deve fare i conti con gli effetti collaterali del composto inalato, Max e Isobel si gettano nella dimensione tascabile per soccorrere Dallas, Bonnie, Michael e Alex. Ad attenderli però, c'è anche Clyde diventato ancora più forte grazie al composto.

Max e Isobel cercano di battere Clyde, ma questi è troppo forte e porta via Rosa. Con l'aiuto di Allie Meyers, Liz e Kyle modificano il composto alieno per fare in modo che ripristini il tatuaggio di Clyde. Shivani crede che Clyde voglia usare le proteine di Rosa per salvare Nicole, ma in realtà la tramortisce e le usa per riparare la sua mappa stellare. Grazie alle nuove abilità di Maria, i ragazzi riescono a trovare Rosa, ma Clyde fugge verso il portale. Qui, Liz riesce a iniettargli il composto e Clyde si disintegra mentre cerca di tornare su Oasis. Michael e Alex possono sposarsi e Liz si convince ad accettare la proposta di Max, ma lui decide di andare con Dallas su Oasis per salvare il pianeta. Alla fine Liz va a salutare Max al portale e gli fa promettere di sposarla non appena tornerà.