어느 날, 눈을 뜬 유타는 기억 상실이 되어버렸다. 거울에 비친 자신의 얼굴을 봐도 자신이 누구인지 생각해 내지 못한 채 혼란스러워한다. 거기에 유타를 부르는 소리가 울리고, 그 목소리에 이끌리듯이 나아가자 오래된 컴퓨터가 말을 걸어왔다. 그 정크품의 화면이 빛나며 목소리의 주인이 나타난다. 그것은 하이퍼 월드에서 임무를 수행하기 위해 찾아온 하이퍼 에이전트 그리드맨!

아카네의 질문에 위화감을 느낀 유타는 릿카나 우츠미에게 상담하려하나 타이밍이 맞질 않아 혼자 고민하게 된다. 그런 유타 앞에 수상한 여자애가 나타나는데...

아카네가 학교를 쉬는 그대로 괴수도 나타나지 않는 평온한 나날이 계속되었다. 아카네가 만든 마지막 괴수는 허무하게 그리드맨에게 쓰러지고, 꺼림칙하게 서있었다.

도시는 천장에 덮여 평소와 다른 아침을 맞았다.그리드맨을 잃은 채 거리에는 대량의 괴수가 발생하기 시작한다. 아카네는 조용히 거리를 내려다보고 있었다.

하나가 된 유타와 그리드맨은 진정한 모습으로 각성한다. 그리고 모두의 마음을 이어받아, 마지막 싸움에 뛰어든다.