어느 날, 눈을 뜬 유타는 기억 상실이 되어버렸다. 거울에 비친 자신의 얼굴을 봐도 자신이 누구인지 생각해 내지 못한 채 혼란스러워한다. 거기에 유타를 부르는 소리가 울리고, 그 목소리에 이끌리듯이 나아가자 오래된 컴퓨터가 말을 걸어왔다. 그 정크품의 화면이 빛나며 목소리의 주인이 나타난다. 그것은 하이퍼 월드에서 임무를 수행하기 위해 찾아온 하이퍼 에이전트 그리드맨!

괴수에게 부서진 마을이나 어젯밤의 사건은 뉴스로 보도가 되지 않았고, 유타 일행 이외는 마치 리셋된 것 같은 상황이었다. 방과 후에 사태를 파악하기 위해 다시 그리드맨에게 향하는 유타 일행. 사명을 다하라는 거듭 말하는 그리드맨의 이야기를 듣고, 유타 일행은 어젯밤의 사건으로 무엇이 바뀌었는지 조사하기 시작한다.

우울하게 비 오는 날, 1교시를 땡땡이친 릿카는 공원에서 한 명의 소년과 만난다. 몇 마디 말을 나누었지만, 소년은 어딘가로 사라져 버린다. 그 무렵, 유타에게 괴수의 정체에 관해 이야기하는 우츠미는 한 가지 두려운 일을 지적한다.

나미코와 핫스의 경솔한 행동으로 인해, 남자대학생들과 놀기로 약속을 해버린 릿카와 아카네. 그것을 알게된 유타와 우츠미는 초조한 마음이 들어 릿카 일행을 미행한다. 연상의 남자들을 향해 웃는 릿카에게 형용할 수 없는 마음을 갖는 유타. 한편, 그리드맨에게도 감지하지 못하는 괴수가 암약을 시작하고 있었다.

교외 학습으로 도시의 외부로 간 유타 일행. 기억상실인 유타로서는 첫 교외 학습이기에 들떠있었다. 산간 강변에서 클래스메이트들과 래프팅을 즐기는 유타 일행이었지만...?

아카네의 질문에 위화감을 느낀 유타는 릿카나 우츠미에게 상담하려하나 타이밍이 맞질 않아 혼자 고민하게 된다. 그런 유타 앞에 수상한 여자애가 나타나는데...

이 마을의 진실을 알게 된 유타는 우츠미나 릿카에게 이야기를 하지만 둘 다 믿지 않는다. 그래서 아카네에게도 말을 걸어 보지만...? 그런 가운데, 거리에는 거대한 UFO가 떠 있었다.

츠츠지다이 고등학교에서 몇년 만에 학교축제가 개최하게 되어, 곳곳에서 준비가 진행되고 있었다. 아카네가 알렉시스에게 이용되고 있다고 생각한 유타 일행은 아카네에게 설득을 시도한다.

마을에 나타난 괴수는 아무것도 하지 않는 채, 그저 떠있었다. 아카네는 자기 생각대로 만드는 세계를 되찾기 위해 유타 일행의 시간에 간섭한다. 그리드맨과 단절된 유타 일행에게 최대의 위기가 온다.

도시는 천장에 덮여 평소와 다른 아침을 맞았다.그리드맨을 잃은 채 거리에는 대량의 괴수가 발생하기 시작한다. 아카네는 조용히 거리를 내려다보고 있었다.

하나가 된 유타와 그리드맨은 진정한 모습으로 각성한다. 그리고 모두의 마음을 이어받아, 마지막 싸움에 뛰어든다.