어느 날, 눈을 뜬 유타는 기억 상실이 되어버렸다. 거울에 비친 자신의 얼굴을 봐도 자신이 누구인지 생각해 내지 못한 채 혼란스러워한다. 거기에 유타를 부르는 소리가 울리고, 그 목소리에 이끌리듯이 나아가자 오래된 컴퓨터가 말을 걸어왔다. 그 정크품의 화면이 빛나며 목소리의 주인이 나타난다. 그것은 하이퍼 월드에서 임무를 수행하기 위해 찾아온 하이퍼 에이전트 그리드맨!
괴수에게 부서진 마을이나 어젯밤의 사건은 뉴스로 보도가 되지 않았고, 유타 일행 이외는 마치 리셋된 것 같은 상황이었다. 방과 후에 사태를 파악하기 위해 다시 그리드맨에게 향하는 유타 일행. 사명을 다하라는 거듭 말하는 그리드맨의 이야기를 듣고, 유타 일행은 어젯밤의 사건으로 무엇이 바뀌었는지 조사하기 시작한다.
나미코와 핫스의 경솔한 행동으로 인해, 남자대학생들과 놀기로 약속을 해버린 릿카와 아카네. 그것을 알게된 유타와 우츠미는 초조한 마음이 들어 릿카 일행을 미행한다. 연상의 남자들을 향해 웃는 릿카에게 형용할 수 없는 마음을 갖는 유타. 한편, 그리드맨에게도 감지하지 못하는 괴수가 암약을 시작하고 있었다.