Naofumi Iwatani es un joven otaku universitario al que invocan a otro mundo como uno de los cuatro héroes elegidos, aunque para su desgracia, es el héroe menos poderoso de todos. Esto no desanima a Naofumi, quien espera poder apoyar a sus compañeros con su habilidad y confiar en el resto de héroes...

Naofumi cede a las proposiciones del vendedor de esclavos y compra a una joven semihumana con la esperanza de entrenarla y usarla para derrotar a enemigos y así subir de nivel.

La primera de las nuevas Olas se aproxima y Naofumi sigue entrenando con Raphtalia, quien ya se ha convertido en una espada bastante diestra. Pese a la situación de peligro, la relación del héroe del escudo con el resto de héroes no ha cambiado, al igual que tampoco su fama.

La ola se ha ido, pero el alivio de Naofumi dura poco, ya que Motoyasu lo reta a un duelo en medio del banquete de celebración en el castillo de Melromarc. Motoyasu insiste en que poseer un esclavo es impropio de un héroe y que Naofumi libere a Raphtalia de inmediato.

La actuación de Naofumi con la última ola hace que se granjee el aprecio del pueblo que salvó, pero eso no importa demasiado al rey, a Motoyasu o a la pérfida Malty. Intentando conseguir algo de ayuda para Raphtalia, Motoyasu acaba comprando un huevo de monstruo con la intención de criarlo.

Ahora que Filo ha aprendido a convertirse en niña humana, Naofumi busca algo de ropa que pueda servirle aun cuando se transforme y de paso encuentra una nueva forma de hacer dinero que le llevará a un resultado inesperado.

Naofumi sigue una petición de su amigo el comerciante para ir a un pueblo donde necesitan muchos herbicidas, algo que él puede fabricar (y vender) en grandes cantidades. Cuando llega descubre que los problemas allí presentes tienen algo que ver con cierto conocido. Mientras tanto, Raphtalia comienza a preocuparse por el hecho de que Naofumi preste más atención a Filo que a ella.

Cuando Naofumi llega a un pueblo aquejado por una enfermedad, su dura labor como vendedor de medicinas se complicará al aceptar una misión para acabar con el origen de la misma de una vez por todas.

Cuando el trío protagonista encuentra a una niña perdida en el bosque que parece amar a los filolial, Filo hace buenas migas con ella, pero ¿qué hace sola?

La siguiente ola se acerca y Naofumi intenta preparar una estrategia con Filo y Raphtalia, pero antes descubre cierta cosa que debe hacer y puede beneficiarlos.

Llega una nueva ola y Naofumi se prepara para proteger a la gente mientras el resto de héroes se preocupan solo por sus intereses, pero un duro enemigo puede que cambie cómo ven todos las cosas.

Una mujer llamada Glass se presenta ante Naofumi y el resto de héroes como la verdadera batalla de la ola. ¿Qué son las olas en realidad? ¿Y qué interés despertará el poder de Naofumi en el reino?

Tras el ataque a Melty, esta decide quedarse con Naofumi buscando su protección, pero entonces el héroe del escudo es acusado nuevamente de algo que no ha hecho: de secuestra a la princesa.

Huyendo de la primera princesa, Naofumi y su grupo llegan a una región repleta de semihumanos donde un noble que conoce Melty podría darles una mano.

El monstruo que libera Keel para acabar con Naofumi y su grupo es demasiado poderoso como para combatirlo en la ciudad, así que el primer paso es alejarlo de la zona. El problema es que es un enemigo formidable y recurrir al escudo de la ira podría ser la única salvación posible.

Fitoria quiere que Naofumi se reconcilie con el resto de héroes, porque si no lo hace, será más sencillo que mate a los cuatro héroes e invoquen a unos nuevos. Si no pueden reconciliarse como él dice, tendrá que poner a Filo a prueba para que demuestre que podrán sobrevivir a las olas.

Queriendo hacer honor a su promesa con Fitoria, Naofumi se dirige a un paso fronterizo donde se encontrará con alguno de los héroes para intentar pactar una tregua y comenzar desde cero, pero quien se encuentra es la peor opción de todas.

Motoyasu parece haber comprendido que Naofumi no es culpable de nada de lo que fue acusado, aunque la ira que alberga por la muerte de Itsuki y Ren todavía le ciega brevemente. La verdad sobre la Iglesia de los Tres Héroes comienza a salir a la luz.

Con Naofumi y el resto de héroes formando equipo, el objetivo es derrotar al malvado pontífice, pero es demasiado poderoso como para lograrlo por métodos normales.

La reina lleva a Naofumi a la capital y pretende limpiar su nombre públicamente, aunque para ello tenga que hundir en la miseria a los responsables de todo lo ocurrido.

Con el reino cambiando finalmente, la reina reúne a los cuatro héroes para hacerlos hablar, compartir información y colaborar si quieren sobrevivir a la próxima ola.

Nuestros protagonistas se acercan a la isla en la que esperan poder subir de nivel de forma más conveniente, pero el par de pasajeros del barco en el que viajan les hacen cierta propuesta.

Tras detectar la proximidad de una nueva ola cercana a Cal Mira, Naofumi y el resto piden ayuda a la reina para prepararse para lo que probablemente sea un combate en alta mar. Será allí donde Naofumi se lleve una sorpresa con respecto a alguien.

Naofumi debe lidiar con Glass, L'Arc y Therese si quiere proteger el mundo y acabar con la ola, pero ¿no es eso lo que buscan también los héroes del otro mundo? ¿Es correcto condenar un mundo para salvar el mundo que lo trató tan mal?