Naofumi Iwatani, étudiant et otaku, est envoyé sans prévenir dans un autre monde en tant que héros au bouclier. Il y rencontrera trois autres héros, ayant chacun leur arme et qui auront pour objectif commun de contrer les vagues de calamités.

Dans sa galère, Naofumi n’a plus guère le choix et doit se trouver un camarade en achetant un esclave. Il choisira alors une jeune semi-humaine, Raphtalia, malade et traumatisée par son passé. Le jeune héros la prendra sous son aile.

Plusieurs jours ont passé, et Raphtalia a déjà l’apparence d’une jeune femme. Naofumi souhaite changer leurs équipements, car la prochaine vague de calamités approche à grands pas, et ce sera la première pour le héros au bouclier.

Les héros sont invités à un banquet pour fêter leur victoire à la vague de calamités. Motoyasu apprend que Raphtalia est l’esclave de Naofumi. Il décide alors de provoquer en duel le héros au bouclier.

Assez peu récompensés à la cour, Naofumi et Raphtalia retrouvent le marchand d’esclaves. Le héros au bouclier se prendra au jeu de la loterie et repartira avec un œuf dans lequel peut se trouver un dragon… ou un filorial.

Naofumi cache sa joie d’avoir un nouveau membre dans l’équipe : Le héros au bouclier profitera de son aventure pour se spécialiser dans le commerce. Filo est très surprenant...

Naofumi, Raphtalia et Filo se rendent dans un village ravagé par une mystérieuse plante. Celle-ci avait pour but, à la base, de sauver les villageois de la famine. Très vite, Naofumi prendra la situation en main.

Le trio arrive dans un village où une épidémie fait des ravages. En effet, les villageois souffrent depuis que le héros à l’épée a tué le dragon des alentours. Comme toujours, Naofumi flairera la bonne affaire.

Naofumi décide de partir pour la capitale afin de soigner Raphtalia de la malédiction qui la ronge. Sur leur chemin, ils rencontreront Melty, une jeune fille d’apparence noble, perdue et fan de filoriaux.

Au grand dam de Filo, Naofumi ne veut plus entendre parler de Melty. Des soldats souhaitent rejoindre le héros au bouclier dans sa quête, mais le jeune homme, lassé d’être trahi, ne donnera pas si facilement son accord.

Le groupe de Naofumi s’agrandit. Pas de temps à perdre, la nouvelle vague de calamités est imminente et risque d’être bien plus compliquée que la précédente, surtout que les autres héros n’en feront qu’à leur tête.

Les héros, et notamment Naofumi, ont à peine vaincu le dévoreur d’âmes de la vague qu’ils font la rencontre de Glass. Cette femme obscure se présente comme leur ennemie et va faire preuve d’une puissance hors-norme.

Melty échappe de peu à une tentative d’assassinat, coup monté pour faire porter le chapeau au héros au bouclier. Naofumi récupère donc la princesse en second et n’a d’autre choix que de quitter Melromarc.

Pour débusquer le groupe du héros au bouclier, Myne provoque un immense feu de forêt. Naofumi et ses camarades continueront leur cavale et arriveront sur les terres d’un seigneur que Melty connaît bien et apprécie.

Raphtalia a retrouvé le seigneur qui l’avait réduite en esclave, tout comme ses camarades. Poussée par la douleur, elle se souviendra comment sa vie a été chamboulée suite à la première vague, et comment elle a perdu son amie Liphana.

Dans sa chute, le seigneur Idle a invoqué un monstre ancestral qui ravage déjà la ville. Naofumi et Melty se rendent compte que l’immense dragon est attiré par Filo et élaborent un plan pour essayer de s’en débarrasser.

Fitoria n’a qu’un leitmotiv : éliminer les quatre saints ancestraux si Naofumi refuse de se réconcilier avec les trois autres. Pour appliquer ses menaces, la reine des filoriaux s’en prend dès lors à Melty…

Les groupes de Naofumi et Motoyasu sont pris dans le piège du Pape et ses fidèles. L’Église ne veut faire qu’une bouchée des deux héros restants et usera de son arme secrète, parfaite réplique de celles des quatre héros.

Piégés dans la Cathédrale, le sort le plus puissant du Pape, les quatre héros et leurs camarades seront vite à court d’idées. Naofumi ne voit qu’une solution : le bouclier du courroux. Toutefois, il en connaît aussi les conséquences…

Suite à son attaque contre le Pape, Naofumi est mal-en-point. La reine lui propose alors de la rejoindre au château, dans le seul et unique but de laver l’honneur du héros au bouclier et d’étaler la vérité au grand jour.

Fort de sa nouvelle notoriété, Naofumi en profite pour faire monter de classe Raphtalia et Filo. La reine de Melromarc attend maintenant de pied ferme le héros au bouclier pour lui proposer une réunion avec les autres héros.

Sur le trajet en bateau pour les îles Carmila, Naofumi et les filles font la rencontre de Lark et Tellis, des aventuriers particulièrement puissants. Sur place, tous n’auront qu’un objectif : augmenter leurs niveaux.

Après avoir découvert un sablier du dragon dans un temple sous-marin non loin des îles Carmila, Naofumi se dépêche de prévenir qui de droit : la prochaine vague de calamités est pour dans deux jours seulement.

Lark, Tellis et Glass sont en fait des héros venant d’un autre monde, et par conséquent, les ennemis des quatre saints ancestraux. Naofumi et ses camarades vont devoir les affronter s’ils veulent sauver les leurs.