ハウスからの脱獄に成功し、ノーマンが残してくれたペンが示した目的地へ向かうエマたち。しかし、その道中で巨大な野良鬼に遭遇してしまう。レイは野良鬼を自分に引き付け罠にかける為、エマ達とは別行動をすることになるが、さらなる窮地へ陥ってしまう。一方、野良鬼から逃れたエマたちだったが、エマの耳の傷が開いてしまい、出血と高熱から意識を失ってしまう。一同の危機を救ったのは、全身を布で包んだ人間らしき謎の少女と大男？だった。

エマたちを救ったのは鬼だった。名前は「ムジカ」と「ソンジュ」。二人は宗教上の理由から、人間を食べないのだという。エマとレイは、他の子供たちが眠っている間にソンジュの元を訪れ、30年前人間に何があったのか。この世界が今どうなっているのかをソンジュに訊ねた。そしてソンジュはこの世界のこと、そして「昔話」と称し、鬼と人間の世界で交わされたとある「約束」について語り始めた。そして、この世界の真相を知ったエマたちは「鬼の世界」からの脱獄を決意する。

この世界で生きていく術を学び、ペンが示す目的地への道案内をしてくれたムジカ、ソンジュと別れたエマたちは、ウィリアム・ミネルヴァが居ると思われる「B06-32」を目指し荒野を進む。目的地であるはずの「B06-32」に到着するが、そこは見渡す限り何もない荒野だった。しかし、ペンに新たにパスワードを入力すると、現在地周辺の地図が表示され地下シェルターへと続く入り口が現れた。シェルター内には充実した設備があり、子どもたちは、久しぶりの安息を得るが、生活していく中で、いくつか不思議な点に遭遇する。

唐突に鳴り響く電話の音。エマは恐る恐る受話器を取ると、それはウィリアム・ミネルヴァからの連絡だった。しかし、その音声は録音されたもので、ミネルヴァから告げられた事実を噛みしめる一同。子供たちは人間の世界を目指すため、ミネルヴァが用意してくれたシェルターで生活基盤を築き、その後GFハウスに戻り、フィル達を救出する計画を立てるのだった。一方、農園本部の地下室には、イザベラの姿があった。脱走者を全員連れ戻すことを条件に、農園からの開放を提案された彼女は、決意の表情とともに、「必ず連れ戻します。」と答える。

シェルターの襲撃から逃れたエマ達は、鬼の集落から少し離れた廃墟の神殿を拠点としていた。しかし、シェルターやGFハウスの時とは違い食料も限られ、生きていくのがやっとの状態だった。エマは妹弟たちの寝顔をみながら、この状況を打開しなければいけないと思いつつも、その方法が見つからず責任を感じてしまう。そんな中、エマたちと一緒に食料調達へ行っていたトーマとラニオンは、帰り道、鬼の集落で人間だと発覚してしまう。

エマとレイの目の前には、出荷されたはずのノーマンがいた。もう叶わないと思っていた再会に涙し、ノーマンに抱き着くエマたち。神殿に戻り、他の子供たちとも念願の再会を噛みしめる。その後、ノーマンは出荷の日からこれまでに、何があったのか語りだす。自分が移送された「ラムダ７２１４」のことや、そこで知った「なぜ鬼が人間を食べる必要があるのか」その真実を。そして、エマの望んだ「食用児が笑って暮らせる未来」を作る為、ノーマンは、鬼を絶滅させ、鬼の世界で食用児が安全に暮らせる世界を作る、と伝える。その作戦を聞き喜ぶ子供たちの中で、エマだけは浮かない顔を見せる。

ノーマンから「邪血の少女」である、ムジカの伝承を聞いたエマとレイ。ムジカの持つ力に驚きつつ、エマはその力に希望を抱く。しかし、ノーマンは自分の作戦に対する危険要素であると考え、ムジカとソンジュを殺すという。エマは、「鬼たちを滅ぼしたくない」と、ノーマンに告げるが、ノーマンも引かず、淡々とエマを説得する。完全に対立してしまった二人だったが、エマは、ノーマンにある取引を提案する。

発作により血を吐くノーマン。ノーマンがラムダで実験をされていないというのは嘘だった。ノーマンは自分に残された時間の中で、生きてエマ達と再会し、エマ達が安心して暮らせる世界を作ることを望み、戦っていた。一方で、エマ、レイ、ドン、ギルダの4人は、ムジカとソンジュと再会を果たし、二人に助けを求めるが、突如爆発音が聞こえる。ノーマンの作戦が実行されたと考えたエマ達は、集落へ急ぐ。

エマたちの帰りを待たずして、作戦を実行したノーマン。ヴィルクとその孫鬼を殺すことを躊躇している中、ノーマンの前にエマとレイ、そしてソンジュが現れた。ノーマンは、「作戦は実行され、もう手遅れだ」と告げる。エマは、今からでも絶滅を止めるようノーマンを説得するが、ノーマンはエマの言葉を聞き入れない。そんなノーマンにエマは、彼の本心を見透かすように声をかける。 一方、農園本部では子供たちがシェルターの無線を使い、農園の定時連絡を傍受していると気づいたイザベラは、GFハウスの食用児全員を出荷するという情報を流す。

ピーター・ラートリーは、ラートリー家の前当主である兄ジェイムズを幼い頃から尊敬していた。しかし、約束を守ることが一族の使命であると信じるピーターは、ジェイムズが、「ウィリアム・ミネルヴァ」と名乗り、食用児を救うための支援者となった事が理解できず、兄を犠牲にしてでも、世界の秩序を保つ道を選んだ。 自分の運命を悟ったピーターは、「自由になろう」と彼に手を差し伸べるエマに穏やかな表情を向け、自ら命を絶った。そして、遂に人間の世界へ繋がる門に到着した一行は、ミネルヴァのペンを使い、その扉を開け先へ進んで行く。しかし、エマ、ノーマン、レイ、シスロ、バーバラ、ザジは鬼の世界に残り、全食用児の救出を目指すのであった。