Sept ans après avoir été sauvé avec ses amis par la mystérieuse Milo, Daisuke continue à s'entraîner en attendant une terrible catastrophe... qui finit par arriver.

Sans le connaître, Milo enrôle Daisuke pour combattre le revision qui attaque le lycée, tandis que les autorités de Shibuya tentent de comprendre ce qui se passe.

En l'an 2388, le monde est décimé par une épidémie. Milo révèle à Daisuke et ses amis ce qu'elle sait du passé, quand soudain le mal attaque.

Muta déclare que les revisions vont envoyer une liste de personnes qui retourneront en 2017 en échange des marionnettes. Choqué, Daisuke rencontre un revision.

Tandis que Muta est en prison et la police au pouvoir, le SDS continue à s'entraîner. Daisuke se veut leader du groupe, mais Kuroiwa souhaite que ce rôle revienne à Gai.

Dans les ruines de la fête d'anniversaire, Marimari fait dire à Milo la vérité sur les revisions. L'oncle de Daisuke s'échappe.

Alors que Daisuke est emprisonné, Kuroiwa et les autres en apprennent davantage sur les revisions et sur ce que sait l'ARVH. Milo jure qu'ils pourront rentrer chez eux.

Daisuke et l'équipe partent en mission pour sauver les otages et détruire le cerveau quantique artificiel, mais les revisions sont à l'affût...

En difficulté à cause de Keisaku, les revisions qui ont survécu se réorganisent. Profitant de la confusion de la DDS, les émules de Muta se lancent dans l'action.

Milo informe tout le monde qu'il est bientôt temps pour elle de se rendre en 2010, mais pas avant de participer au combat contre Mukyu à la gare de Shibuya.

L'équipe écoute le message par lequel Milo révèle la vérité sur l'ARVH. Les Marionnettes n'ont plus d'énergie, et Shibuya perd peu à peu espoir.