大介是英雄。有著保護大家這一使命。但是卻遭到兒時玩伴的四人所冷眼。你們忘記了嗎？小時候發生的那件綁架事件。以及救了我們的神秘女性·米蘿的話語。在2017年的某一天，大介他們所居住的澀谷，被傳送到了200年後的未來——

以大介為中心的“提線木偶”小隊，即是SDS結成了。為了提高戰力，他們前往澀谷外面的廢墟區域。在那裡有著米蘿所屬的未來人組織AHRV所留給他們的兩台提線木偶——

澀谷區臨時政府總理·牟田由於與revisions的秘密交涉，提出了回去原本時代的返程計劃。在那份返程者名單上有大介的好友·慶作的名字。牟田甚至還謀劃著將提線木偶交給敵人的計劃……為之動搖的澀谷。同伴的牽絆正在受到考驗——

SDS成為了澀谷區的英雄。大介的命運，果然和米蘿的預言說的一樣。同伴之間的牽絆也像是回到了以前的模樣。然而，凱和黑岩擔心著大介身上的不安定要素。與此同時，鈴鈴和露正在企劃慶祝大介的生日……

修訂者所操縱的怪物·械居者（Civilian）其實也是人類。在不知不覺中殺害了他人這件事讓SDS的同伴們感到很動搖。在這當中，被抓走的大介的叔父·幹夫得以生還。從叔父那裡得到了情報的大介，與慶作一起，為了拯救慶作的母親而擅自展開了行動——

在與神秘敵人“亡靈（Gespenst）”的戰鬥中木偶遭到嚴重破壞的大介，正在為把居民也捲入戰亂中這件事所問罪。與此同時，修訂者正在逐漸地落實把澀谷傳送這一事情確定為已成事實這一計劃。這樣下去的話就再也無法回到原來的時代了。SDS到底能否保護大家的未來……

大家一致決定要進行起死回生的特攻作戰“拿非利人作戰”。SDS趕往修訂者的據點。目標是人工量子腦。如果破壞了它，澀谷應該就能回到原來的時代。然而，在大介等人的侵入下，修訂者們以殘忍的方式來對待他們。

要守護大家這一命運被打破了。遭受打擊的大介。同伴之間的關係也逐漸惡化。就在這時，澀谷的一部分居民開始造反。他們以露和泉海為人質，要求交換木偶。在人類之間的鬥爭面前，大介感到非常的無力——

修訂者宣言要無差別捕捉澀谷的居民。失去了支柱的澀谷完全沒有沉浸在悲傷之中的時間，被迫要趕緊作出對策。然而木偶的動力已經所剩無幾。而且，米蘿馬上就要進行前往2010年的時間跳躍了。SDS到底能否守住被逼上絕路的澀谷……

米蘿還是走了。木偶也無法行動。澀谷已經沒有希望了。然而大介還是沒有放棄。澀谷居民們也奮起反抗。所有人的心都聯繫在了一起。他們拼盡全力，向最終決戰發起挑戰—！

為了追上令人驚愕地再次相遇了的“朋友”，大介穿過了時空的大門。在那裡是2010年。他被賦予命運般的預言，那個誘拐事件當晚。現在，錯綜複雜的過去和未來得以解明，真相就要浮出水面。還沒有確定下來的過去。在這前方，有著大介他們的未來嗎——？