어린 시절 유괴된 적이 있는 다이스케. 그를 구해준 수수께끼의 여성은 미래를 예언한다. 그 말대로 재난을 대비해 훈련해온 이 소년. 이제 그 기량을 발휘할 때가 왔다.

정체를 알 수 없는 기계 괴물이 시부야를 공격한다. 그들에 맞서 싸우다가 다이스케 앞에 나타난 미로. 다이스케는 그녀를 알아보지만, 그녀는 그를 기억하지 못한다.

2388년의 시부야 중심부. 350년 전 발생한 유행병 때문에 미래의 세계는 폐허가 되었다. 미로는 다이스케와 친구들에게 과거와 미래에 벌어진 일을 말해준다.

무타는 미래를 장악한 자들과 협력해서 사람들을 다시 2017년으로 되돌려 보내겠다고 선언한다. 그의 계획에 대해서 회의적인 사람들. 다이스케는 한 리비전을 만난다.

무타를 감옥에 가두고 권력을 장악한 경찰들. SDS는 훈련을 계속한다. 자신을 리더라고 생각하는 다이스케. 그러나 구로이와는 가이가 그 역할을 해주길 바란다.

무모한 행동 때문에 감옥에 갇힌 다이스케. 더 많은 이들이 리비전즈의 정체를 알게 된다. 이제 아브도 완전히 믿을 수 없는 사람들. 미로의 말은 모두 사실일까.

다이스케와 친구들 그리고 마리는 리비전즈의 기지로 향한다. 인질을 구출하고 인공 양자 두뇌를 파괴하는 것이 이들의 목표. 하지만 이들 앞엔 커다란 함정이 기다린다.

예상외의 게이사쿠의 반격에, 리비전즈는 전략을 수정한다. 엄청난 혼란 속에서 크게 다투는 SDS 멤버들. 무타는 리비전즈와 협상하기 위해, 다시 행동을 시작한다.

곧 2010년으로 돌아가야 하는 미로. 그녀가 사라져도, 다이스케는 흔들리지 않을 수 있을까. 리비전즈의 무차별 공격이 시작되고, 새로운 결심과 함께 SDS가 출동한다.

작동을 멈춘 퍼펫, 희망이 사라진 시부야. 다시 시작될 리비전즈의 공격을 앞두고, 사람들의 불안은 커져간다. 과거로 간 미로는 SDS에 아브의 진짜 계획을 알린다.

2017년으로 돌아온 시부야. 다이스케의 계획이 성공한 걸까? 시간을 뛰어넘은 니콜라스를 쫓아 2010년으로 간 다이스케. 운명을 건 대결이 시작된다. 모두를 구하라!