Επτά χρόνια αφότου μια μυστηριώδης γυναίκα που λεγόταν Μίλο έσωσε εκείνον και τους φίλους του, ο Ντάισκε προπονείται ακόμη για να αντιμετωπίσει την επερχόμενη καταστροφή.

Η Μίλο δεν ξέρει τον Ντάισκε αλλά τον στρατολογεί για να παλέψει με τα Ρεβίζιον που επιτίθενται στο σχολείο. Η αστυνομία της Σιμπούγια θέλει να καταλάβει την κατάσταση.

Βρισκόμαστε στο έτος 2388 και ο κόσμος υποφέρει από μια πανδημία. Η Μίλο λέει στον Ντάισκε και τους φίλους του τι ξέρει για το παρελθόν. Αργότερα, μπλέκουν σε μπελάδες.

Ο Μούτα δηλώνει ότι τα Ρεβίζιον θα στείλουν μερικούς ανθρώπους στο 2017 ως αντάλλαγμα για τις Μαριονέτες. Ο δυστυχισμένος Ντάισκε συναντά ένα Ρεβίζιον.

Με τον Μούτα στη φυλακή και την αστυνομία επικεφαλής, η ΥΑΣ συνεχίζει να προπονείται. Ο Ντάισκε νομίζει ότι ηγείται αλλά ο Κουρόγια θέλει ο Γκάι να πάρει αυτόν τον ρόλο.

Η Μαριμάρι συγκρούεται με τη Μίλο στα ερείπια του πάρτι γενεθλίων της και απαιτεί να μάθει την αλήθεια για τα Ρεβίζιον. Ο θείος του Ντάισκε δραπετεύει.

Με τον Ντάισκε σε ένα κελί, ο Κουρόγια και οι άλλοι μαθαίνουν περισσότερα για τα Ρεβίζιον και για αυτά που ξέρει ο ΑΪΡΒ. Η Μίλο ορκίζεται ότι μπορούν να γυρίσουν σπίτι.

Ο Ντάισκε και η ομάδα ξεκινούν για μια αποστολή διάσωσης ομήρων και να καταστρέψουν τον τεχνητό κβαντικό εγκέφαλο. Αλλά τα Ρεβίζιον τούς περιμένουν...

Η Μίλο ενημερώνει τους πάντες ότι είναι ώρα να επιστρέψει στο 2010, αλλά όχι πριν από τη μάχη εναντίον του Μούκιου στον σταθμό της Σιμπούγια.

Η ομάδα ακούει το μήνυμα της Μίλο που αποκαλύπτει την αλήθεια για τον ΑΪΡΒ. Οι Μαριονέτες ξεμένουν από ενέργεια και οι ελπίδες της Σιμπούγια μειώνονται.

Η Σιμπούγια χαίρεται που λειτουργεί η επιστροφή, η οποία έχει το τίμημά της. Ο Νίκολας πηγαίνει πίσω στον χρόνο και ο Ντάισκε συγκρούεται με αυτόν και τη Μίλο στο 2010.